Optimização de uma aplicação paralela para simulações de dinâmica molecular

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Valdevino, Pedro Miguel dos Santos
Data de Publicação: 2011
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10362/6256
Resumo: Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática
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spelling Optimização de uma aplicação paralela para simulações de dinâmica molecularAMBERComputação paralelaOptimizaçãoDissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia InformáticaHoje em dia é possível encontrar pacotes de software em código aberto para resolução de problemas computacionalmente exigentes (HPC) que podem ser instalados com alguma simplicidade, até por utilizadores não-informáticos. Os desenvolvedores desses pacotes privilegiam,como seria de esperar, a portabilidade do seu software em detrimento de aspectos tais como "ter uma interface utilizador muito cuidada" ou "obter o máximo desempenho". É neste último aspecto que focamos a nossa atenção: propomo-nos desenvolver uma metodologia simples que permita obter ganhos de desempenho satisfatórios em aplicações para as quais o código fonte está disponível, mas é de grande complexidade, não está documentado, não sendo, por isso, possível e/ou desejável modi cá-lo. O presente trabalho é o primeiro passo para veri car a viabilidade de tal propósito; exploram-se as possibilidades de optimização em três dimensões: arquitectura computacional,rede de interligação e software. Como \Caso de Estudo" aplicacional adopta-se o AMBER, um pacote de aplicações de Dinâmica Molecular, não deixando contudo de ensaiar uma outra aplicação similar, o NAMD. Exploram-se as três arquitecturas computacionais representativas do estado-da-arte dos sistemas ao alcance de uma pequena/média instituição de C&T: um cluster, um servidor cc-NUMA e, apenas para uma rápida comparação com as restantes, uma plataforma GPGPU.Faculdade de Ciências e TecnologiaLopes, PauloRUNValdevino, Pedro Miguel dos Santos2011-11-29T12:07:51Z20112011-01-01T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10362/6256porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2024-03-11T03:37:25Zoai:run.unl.pt:10362/6256Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-20T03:16:48.182366Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse
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