Avaliação da influência da fonte de carbono sobre a expressão de genes associados à degradação da biomassa vegetal durante o cultivo do fungo Trichoderma Harzianum P49P11 em reator

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Autor(a) principal: Braga, Cleiton Márcio Pinto
Data de Publicação: 2018
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFSCAR
Texto Completo: https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/10688
Resumo: Plant biomass is a renewable resource with great potential for obtaining a variety of products with different applications. The production of biofuels from vegetable biomass is an alternative to increase ethanol supply and thus meet the growing demand in the world. The lignocellulosic material, which makes up the biomass, consists mainly of cellulose, hemicellulose, pectin and lignin, which are arranged in a complex way, reflecting in the difficulty of material degradation. Several groups of enzymes need to be employed so that the complex carbohydrates are converted into fermentable sugars, which can then be transformed into interest products. However, the production costs of these biocatalysts are an obstacle to economic viability of the plant biomass biochemical conversion path. One of the mechanisms to reduce costs is the improvement of producing strains, for example, by the deletion of repressor genes and overexpression of activators related to cellulase production. For the fungus Trichoderma reesei, many works have identified such regulators as the activators xyr1, ace2, ace3 and lae1 and cre1 and ace1 repressors. But, the fungus T. harzianum lacks studies of this category, considering that it is pointed out as a good producer of cellulolytic enzymes. In order to better understand the dynamics of the genes associated with them, initially the profiles of these enzyme production and of regulatory genes (xyr1, ace1, ace2, cre1 and lae1) and hydrolases encoders expression were evaluated, along the bioreactor cultivation using different carbon sources. Expression was found to be significantly higher on cellulosic substrates, which also provided higher levels of enzymatic activity. In addition, a hydrolysis assay suggested that enzyme complex produced by the fungus was specific to the substrate that induced it. Finally, a strategy was set up for the fungus genetic improvement by means of a point mutation in the β-glucosidase cel1a gene.
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The lignocellulosic material, which makes up the biomass, consists mainly of cellulose, hemicellulose, pectin and lignin, which are arranged in a complex way, reflecting in the difficulty of material degradation. Several groups of enzymes need to be employed so that the complex carbohydrates are converted into fermentable sugars, which can then be transformed into interest products. However, the production costs of these biocatalysts are an obstacle to economic viability of the plant biomass biochemical conversion path. One of the mechanisms to reduce costs is the improvement of producing strains, for example, by the deletion of repressor genes and overexpression of activators related to cellulase production. For the fungus Trichoderma reesei, many works have identified such regulators as the activators xyr1, ace2, ace3 and lae1 and cre1 and ace1 repressors. But, the fungus T. harzianum lacks studies of this category, considering that it is pointed out as a good producer of cellulolytic enzymes. In order to better understand the dynamics of the genes associated with them, initially the profiles of these enzyme production and of regulatory genes (xyr1, ace1, ace2, cre1 and lae1) and hydrolases encoders expression were evaluated, along the bioreactor cultivation using different carbon sources. Expression was found to be significantly higher on cellulosic substrates, which also provided higher levels of enzymatic activity. In addition, a hydrolysis assay suggested that enzyme complex produced by the fungus was specific to the substrate that induced it. Finally, a strategy was set up for the fungus genetic improvement by means of a point mutation in the β-glucosidase cel1a gene.A biomassa vegetal é um recurso renovável com grande potencial para a obtenção de uma variedade de produtos, com distintas aplicações. A produção de biocombustíveis a partir da biomassa vegetal consiste em uma alternativa para aumentar a oferta de etanol e, assim, atender à crescente demanda mundial. O material lignocelulósico, que compõe a biomassa, é constituído principalmente por celulose, hemicelulose, pectina e lignina, as quais estão arranjadas de uma forma complexa, refletindo na dificuldade de degradação do material. Diversos grupos de enzimas necessitam ser empregados para que os carboidratos complexos sejam convertidos em açúcares fermentescíveis, os quais podem então ser transformados em produtos de interesse. No entanto, os custos de produção desses biocatalisadores são um obstáculo para a viabilidade econômica da rota bioquímica de conversão da biomassa vegetal. Um dos mecanismos para reduzir os custos é o melhoramento de linhagens produtoras, por exemplo, por meio da deleção de genes repressores e superexpressão de ativadores relacionados à produção das celulases em geral. Para o fungo Trichoderma reesei, muitos trabalhos identificaram tais reguladores, como os ativadores xyr1, ace2, ace3 e lae1 e os repressores cre1 e ace1. Entretanto, o fungo T. harzianum carece de estudos dessa categoria, tendo em vista que é apontado como um bom produtor de enzimas celulolíticas. A fim de melhor entender a dinâmica da expressão de genes associados à produção dessas enzimas, inicialmente, foram avaliados os perfis de produção das mesmas e de expressão de genes reguladores (xyr1, ace1, ace2, cre1 e lae1) e de codificadores de hidrolases, ao longo do cultivo em biorreator, utilizando diferentes fontes de carbono. Verificou-se que a expressão foi significativamente maior em substratos celulósicos, os quais também proporcionaram maiores níveis de atividade enzimática. Além disso, um ensaio de hidrólise sugeriu que o complexo enzimático produzido pelo fungo foi específico ao substrato que o induziu. Por fim, foi montada uma estratégia para o melhoramento genético do fungo, por meio de uma mutação pontual no gene cel1a de β-glucosidase.Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)CAPES: 88882.143386/2014-01CAPES: 88882.143387/2017-01CNPq: 402797/2013-2porUniversidade Federal de São CarlosCâmpus São CarlosPrograma de Pós-Graduação em Biotecnologia - PPGBiotecUFSCarTrichoderma harzianumCelulaseBiomassaBiorreatorMutaçãoCel1aTrichoderma harzianumCellulaseBiomassBioreactorMutationCel1aCIENCIAS BIOLOGICAS::BIOQUIMICA::BIOLOGIA MOLECULARCIENCIAS BIOLOGICAS::BIOQUIMICA::ENZIMOLOGIACIENCIAS BIOLOGICAS::MICROBIOLOGIACIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA MOLECULAR E DE MICROORGANISMOSCIENCIAS BIOLOGICAS::MICROBIOLOGIA::MICROBIOLOGIA APLICADA::MICROBIOLOGIA INDUSTRIAL E DE FERMENTACAOAvaliação da influência da fonte de carbono sobre a expressão de genes associados à degradação da biomassa vegetal durante o cultivo do fungo Trichoderma Harzianum P49P11 em reatorinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisOnline600600dd9ceb6c-d509-421a-a31e-bcb55bb21e02info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFSCARinstname:Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR)instacron:UFSCARORIGINAL2018_Tese_CleitonBraga.pdf2018_Tese_CleitonBraga.pdfapplication/pdf1815695https://repositorio.ufscar.br/bitstream/ufscar/10688/1/2018_Tese_CleitonBraga.pdf5257e9ff4549e46b7878e4165891c0ebMD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81957https://repositorio.ufscar.br/bitstream/ufscar/10688/3/license.txtae0398b6f8b235e40ad82cba6c50031dMD53TEXT2018_Tese_CleitonBraga.pdf.txt2018_Tese_CleitonBraga.pdf.txtExtracted texttext/plain132364https://repositorio.ufscar.br/bitstream/ufscar/10688/4/2018_Tese_CleitonBraga.pdf.txtfe5681b76d15ec434c1eaf1cc2ee48f1MD54THUMBNAIL2018_Tese_CleitonBraga.pdf.jpg2018_Tese_CleitonBraga.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg4570https://repositorio.ufscar.br/bitstream/ufscar/10688/5/2018_Tese_CleitonBraga.pdf.jpg5549f726869bc52e93d7893885da6e1aMD55ufscar/106882023-09-18 18:31:17.842oai:repositorio.ufscar.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufscar.br/oai/requestopendoar:43222023-09-18T18:31:17Repositório Institucional da UFSCAR - Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR)false
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