Identificação de promotores em sequências de DNA de bactérias Escherichia coli através de máquinas de vetores de suporte

• Autor(a) principal: Wamser, Gustavo Martins
• Data de Publicação: 2020
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UCS
• Texto Completo: https://repositorio.ucs.br/11338/6306
• topic: DNA; Bactérias; Escherichia coli; Máquinas de vetores de suporte

A região promotora, localizada anteriormente à região codificadora dos genes, é essencial para o processo de transcrição presente nas células. Dada a sua importância, a identificação dessas regiões em sequências de DNA é de grande interesse para a comunidade científica. Este trabalho teve como objetivo o desenvolvimento de uma solução para a identificação de regiões promotoras em trechos de DNA de bactérias Escherichia coli. A classificação foi realizada através do método de Máquinas de Vetores de Suporte, fazendo uso da biblioteca LibSVM. Para os treinamentos e validações foram utilizadas sequências de DNA obtidas da base RegulonDB, além de versões embaralhadas dessas mesmas sequências. Os testes foram realizados com diferentes fatores sigma, obtendo-se uma acurácia de 75.6% para o sigma 24, 71.2% para o sigma 28, 71.2% para o sigma 32, 68.4% para o sigma 38, 63.9% para o sigma 54 e 72.2% para o sigma 70 (sic).