Evolução do IntergenicDB: banco de dados de regiões intergênicas de bactérias gram-negativas
Autor(a) principal: | |
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Data de Publicação: | 2020 |
Tipo de documento: | Trabalho de conclusão de curso |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UCS |
Texto Completo: | https://repositorio.ucs.br/11338/9674 |
Resumo: | O banco de dados IntergenicDB contém informações sobre regiões intergênicas de bactérias gram negativas. Foi desenvolvido pelo grupo de pesquisa em Bioinformática da Universidade de Caxias do Sul, a ferramenta MMDBImportTool foi criada para popular os bancos de dados a partir dos dados extraídos dos bancos de dados públicos Genbank e Kegg. Nos últimos anos ocorreram mudanças no acesso e nos arquivos de bactérias disponibilizados pelo Genbank. Com isso, é preciso verificar se os dados armazenados no IntergenicDB estão coerentes com o GenBank. A partir disso, essa monografia tem como objetivo evoluir a ferramenta de importação MMDBImportTool. Foi verificada a necessidade de remodelagem de alguns processos da ferramenta de importação para que fosse possível a realização de uma nova carga de dados. Após o desenvolvimento e a documentação da MMDBImportTool, foi realizada uma nova carga no banco de dados. Essa nova carga conta com 118 organismos, 18 famílias e 9209 genes. [resumo fornecido pelo autor] |
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Baccega, EsterRibeiro, Helena GraziottinSilva, Scheila de Avila eNotari, Daniel Luís2022-03-16T16:13:42Z2022-03-16T16:13:42Z2020-12-222020-12-03https://repositorio.ucs.br/11338/9674O banco de dados IntergenicDB contém informações sobre regiões intergênicas de bactérias gram negativas. Foi desenvolvido pelo grupo de pesquisa em Bioinformática da Universidade de Caxias do Sul, a ferramenta MMDBImportTool foi criada para popular os bancos de dados a partir dos dados extraídos dos bancos de dados públicos Genbank e Kegg. Nos últimos anos ocorreram mudanças no acesso e nos arquivos de bactérias disponibilizados pelo Genbank. Com isso, é preciso verificar se os dados armazenados no IntergenicDB estão coerentes com o GenBank. A partir disso, essa monografia tem como objetivo evoluir a ferramenta de importação MMDBImportTool. Foi verificada a necessidade de remodelagem de alguns processos da ferramenta de importação para que fosse possível a realização de uma nova carga de dados. Após o desenvolvimento e a documentação da MMDBImportTool, foi realizada uma nova carga no banco de dados. Essa nova carga conta com 118 organismos, 18 famílias e 9209 genes. [resumo fornecido pelo autor]The IntergenicDB database has information about intergenic sequences of gram negative bactérias. It was developed by the research team of Bioinformatics from University of Caxias do Sul, The tool called MMDBImportTool, was created to populate the database with data extracted from the public databases Genbank and Kegg. In the last years, a few changes had occurred on the bacteria's archives available by Genbank. Thereby, there is a need to verify if the data stored in IntergenicDB are consistent. Based on that, this monograph had the objective to develop an evolution of the importation tool MMDBImportTool. It was realized the need to remodel a few procedures of the tool, to be possible to do the new database load. After the development and documentation of the MMDBImportTool, a new data load was made in the database. The new data load has 118 organisms, 18 families and 9209 genes. [resumo fornecido pelo autor]Arquitetura de softwareComputaçãoBanco de dadosEvolução do IntergenicDB: banco de dados de regiões intergênicas de bactérias gram-negativasinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisporreponame:Repositório Institucional da UCSinstname:Universidade de Caxias do Sul (UCS)instacron:UCSinfo:eu-repo/semantics/openAccessUniversidade de Caxias do Sul, Campus Universitário da Região dos Vinhedos - CARVICiência da Computação - BachareladoDalzochio, JovaniCampus Universitário da Região dos Vinhedos2020-12-21ORIGINALTCC Ester Baccega.pdfTCC Ester Baccega.pdfapplication/pdf1966979https://repositorio.ucs.br/xmlui/bitstream/11338/9674/1/TCC%20Ester%20Baccega.pdf602fae315cbc5d81a4d4b9923064d52eMD51TEXTTCC Ester Baccega.pdf.txtTCC Ester Baccega.pdf.txtExtracted texttext/plain83101https://repositorio.ucs.br/xmlui/bitstream/11338/9674/2/TCC%20Ester%20Baccega.pdf.txtce05ab18cd66e1b7f2ab78d27d0a5bc1MD52THUMBNAILTCC Ester Baccega.pdf.jpgTCC Ester Baccega.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1203https://repositorio.ucs.br/xmlui/bitstream/11338/9674/3/TCC%20Ester%20Baccega.pdf.jpg89712bec7d85b76ba8214ddd2e12f164MD5311338/96742022-10-18 18:03:44.999oai:repositorio.ucs.br:11338/9674Repositório de Publicaçõeshttp://repositorio.ucs.br/oai/requestopendoar:2022-10-18T18:03:44Repositório Institucional da UCS - Universidade de Caxias do Sul (UCS)false |
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