Criação e implantação de um Data Warehouse para reformatar o mecanismo de pesquisa do portal IntergenicDB 2.0

• Autor(a) principal: Rosa, Jordan Rui da
• Data de Publicação: 2016
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UCS
• Texto Completo: https://repositorio.ucs.br/handle/11338/1545
• topic: Bioinformática; Banco de dados; Biologia molecular; Armazenamento de dados

A biologia molecular é uma área da biologia que estuda as células em nível molecular, tendo um dogma central focado no estudo da síntese de proteínas. A região intergênica e seus promotores são fatores reguladores no processo, contendo as informações essenciais. Dessa forma, a bioinformática utiliza meios computacionais para solucionar problemas da biologia molecular. Um exemplo disso é o banco de dados PromotoresDB - que armazena sequências de nucleotídeos de regiões promotoras de organismos procariontes - e o portal IntergenicDB - que possui ferramentas de acesso e gestão dos dados. Ambos foram criados para atender às necessidades do grupo de Bioinformática da Universidade de Caxias do Sul. Porém, o portal e a base de dados têm apresentado instabilidades na sua ferramenta de consulta. Outro fator, como a interface, também afeta a ferramenta atualmente utilizada. Diante de tais problemáticas, o objeto desse trabalho é remodelar a ferramenta, fazendo alterações em modelos, banco de dados, código fonte e visual, buscando o melhor desempenho e recursos na ferramenta para realizar consultas à base de dados. Durante a execução da proposta de solução, a equipe realizou uma evolução do sistema, migrando do MySQL para o PostgreSQL e do C# para o PHP, dando origem ao projeto IntergenicDB 2.0, solucionando os problemas detectados. A proposta deste trabalho foi mantida e executada na nova versão como parte da solução. Os tempos de execução através de um Data Warehouse são efetivamente superiores do que a utilização de view. Em bases pequenas, com poucas linhas e tamanho, essa diferença é imperceptível. O PromotoresDB não é uma base com crescimento diário, mas a curva terá um comportamento exponencial quando realizada a inserção de dados. A reformatação da tela de pesquisa possibilita ao usuário refinar as consultas montando graficamente os filtros, resultando numa consulta em SQL ao banco de dados. Requer um conhecimento prévio de operadores lógicos e, se possível, noções de SQL irão permitir uma melhor experiência ao utilizador. A tabela na tela de resultado possui uma formatação minimalista para melhor visualização dos dados, com fundo branco, demais composições em tons de cinza e destaques realizados com o mouse nos tons do tema do portal. O resultado da pesquisa é paginado, conforme parametrizado na tela de pesquisa, permitindo que a navegação seja rápida e eficaz. Em necessidades especificas como formatações e outros tipos de filtros, por exemplo, tem-se a possibilidade de fazer o download de todas as linhas em um arquivo de texto. O formato CSV permite a importação dos dados para outros sistemas e programas como, por exemplo, planilha de cálculo e assim realizar tais manipulações (sic).