Diversidade nucleotídica de genes envolvidos na biossíntese de açúcares e diterpenos de Coffea spp

• Autor(a) principal: Yanagui, Karina
• Data de Publicação: 2024
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UEL
• Texto Completo: https://repositorio.uel.br/handle/123456789/14924
• topic: Café; Melhoramento genético; Diterpenos; Biossíntese; Marcadores biológicos; Breeding; Diterpenes; Biosynthesis; Coffee

Resumo: A utilização de ferramentas biotecnológicas, como os marcadores moleculares, pode acelerar os programas de melhoramento através da seleção assistida por marcadores Para o café, um planta perene, essa característica é particularmente desejável devido ao tempo e recursos despendidos para o lançamento de uma nova cultivar Contudo, para Coffea arabica, a principal espécie de importância econômica do gênero Coffea, o número de marcadores polimórficos disponíveis é muito baixo comparado a outras importantes culturas Muitos estudos foram realizados para tentar acessar a variabilidade da espécie e a despeito de alguns polimorfismos serem encontrados, estes foram pouco eficientes para a discriminação genotípica e mapeamento genético Neste contexto, o presente estudo buscou acessar a diversidade nucleotídica pela detecção de SNPs, em uma população do centro de origem de C arabica onde se espera encontrar a maior diversidade da espécie Foram selecionados oito genes envolvidos na biossíntese de açúcares e diterpenos bem como um gene cloroplastídico e um de álcool desidrogenase (ADH) Fragmentos dos respectivos genes de 12 genótipos de C arabica (oito do centro de origem e quatro comerciais), oito de Coffea canephora e um de Coffea eugenioides foram amplificados e sequenciados O alinhamento das sequências e a detecção manual dos polimorfismos foram realizados pelo programa Codon Code Aligner Como resultado, nove kb foram sequenciados e analisados neste trabalho, possibilitando a detecção de 36 polimorfismos entre C arabica e seus ancestrais, C canephora e C eugenioides Destes, 142 eram polimorfismos intraespecíficos de C arabica: a maioria (82%), como descrito em estudos anteriores, era relacionada a diferenças entre os subgenomas ancestrais Entretanto, 25 SNPs (18% do total) corresponderam a diferenças intraespecíficas, não observadas em C canephora e C eugenioides: 13 destes eram fixados entre os genótipos e 12 mostraram variabilidade entre os genótipos Esses 12 SNPs evidenciam a existência de variabilidade intraespecífica, ainda que em frequência reduzida, que pode ser aplicada para genotipagem e estudos de mapeamento Os resultados demonstram a importância de utilizar genótipos do centro de origem de C arabica para detecção de SNPs e são relevantes para nortear futuros trabalhos de caracterização da variabilidade genética da espécie