Estrutura genética e associação genômica baseada em haplótipos para caracteres agronômicos em soja

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Contreras Soto, Rodrigo Iván, 1988-
Data de Publicação: 2017
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da Universidade Estadual de Maringá (RI-UEM)
Texto Completo: http://repositorio.uem.br:8080/jspui/handle/1/5635
Resumo: Orientador: Prof. Dr. Carlos Alberto Scapim
id UEM-10_2c21f8e04f43a96ef21220153515e1ef
oai_identifier_str oai:localhost:1/5635
network_acronym_str UEM-10
network_name_str Repositório Institucional da Universidade Estadual de Maringá (RI-UEM)
repository_id_str
spelling Estrutura genética e associação genômica baseada em haplótipos para caracteres agronômicos em sojaSoja - Características agronômicasHaplótiposEfeitos pleiotrópicos635.665Ciências AgráriasAgronomiaOrientador: Prof. Dr. Carlos Alberto ScapimTese (doutorado em Genética e Melhoramento)--Universidade Estadual de Maringá, 2017Resumo: A soja (Glycine max L.) é uma espécie autógama, cuja base genética no Brasil é resultado de vários ciclos de seleção e recombinações entre um reduzido número de genótipos selecionados a partir de cultivares dos Estados Unidos. Este freqüente processo de seleção, mistura de populações e cruzamentos de um número reduzido de cultivares poderia conduzir a um incremento no relacionamento genético e afetar os padrões da estrutura populacional. Estes fatores influenciam os padrões dos blocos de desequilíbrio de ligação e podem servir como uma abordagem, visando à busca de loci associados a caracteres de importância agronômica em cultivares de soja tropical. O mapeamento de loci de caracteres quantitativos por meio do uso do desequilíbrio de ligação provê uma valiosa abordagem para o estudo da base genética de caracteres complexos em soja. O mapeamento por associação de genoma amplo baseado em haplótipos tem sido proposto como uma abordagem complementar que intensifica os benefícios do desequilíbrio de ligação e que permite avaliar os determinantes genéticos de caracteres agronômicos complexos. Os objetivos do presente trabalho foram: analisar os blocos em desequilíbrio de ligação, estimar a estrutura populacional e o relacionamento genético, por meio da genotipagem com a plataforma iScan BARCSoy6K da Illumina, em 141 cultivares de soja tropical. O mapeamento por associação de genoma amplo (GWAS) foi utilizado para identificar regiões genômicas que controlam o peso de 100 sementes (SW), altura da planta (PH), rendimento de grãos (SY) e caracteres de floração (dias para floração e maturação, DTF e DTM, respectivamente) em um painel de mapeamento de associação de soja, usando marcadores de polimorfismo de um único nucleotídeo (SNP) e informação de haplótipos. As cultivares de soja (N=141) foram avaliadas em cinco locais do Sul do Brasil, totalizando oito ambientes. Os resultados revelaram fortes correlações positivas e negativas entre floração e maturidade com caracteres de rendimento de grãos e significativas associações, que representam trinta e três, vinte e nove, cinquenta e sete, setenta e dois e quarenta haplótipos baseados em SNPs associados com SY, SW, PH, DTM e DTF, respectivamente, em dois ou mais ambientes. Especificamente, GWAS baseada em haplótipos identificou três haplótipos significativamente coassociados entre DTF, DTM e caracteres relacionados ao rendimento em diferentes e específicos ambientes. Estes resultados sugerem que estas regiões genômicas poderiam conter genes com efeitos pleiotrópicos, controlando caracteres relacionados ao rendimento e ao tempo para floração e maturidade, e estão intimamente ligados a outros múltiplos genes com altas taxas de desequilíbrio de ligaçãoAbstract: Soybean (Glycine max L.) is an annual, self-pollinated species, whose genetic base in Brazil is the result of several cycles of selection and effective recombination among a relatively small number of selected genotypes from the USA cultivars. This frequent selection, admixed population and the crossing of a small number of cultivars can lead to increase the genetic relationship and affect the patterns of population complementary approach to intensify benefits from LD, which enable to assess the genetic determinants of agronomic traits. Thus the objectives of this research were to analyze LD blocks, estimate population structure and relatedness through of genotyping of 141 cultivars of tropical soybean by using a BARCSoy6K of Illumina iScan platform. The GWAS was undertaken to identify genomic regions that control 100-seed weight (SW), plant height (PH), seed yield (SY) and flowering traits (Days to flowering and maturity, DTF and DTM, respectively) in a soybean association mapping panel using single nucleotide polymorphism (SNP) markers and haplotype information. The soybean cultivars (N=141) were field-evaluated across five locations of southern Brazil, eight environments. Our results revealed strong positive and negative correlations of flowering and maturity with yield-related traits and the significant association of thirty-three, twenty-nine, fifty-seven, seventy-two and forty SNP-based haplotypes with SY, SW, PH, DTM and DTF, respectively, in two or more environments. Specifically, haplotype-based GWAS identified three haplotypes (Gm12_Hap12; Gm19_Hap42 and Gm20_Hap32) significantly coassociated with DTF, DTM and yield-related traits in specific and multiple environments. These results indicate that these genomic regions may contain genes with pleiotropic effects controlling traits related to yield and time to flowering and maturity and are tightly linked with others multiple genes with high rates of linkage disequilibriumScapim, Carlos AlbertoSchuster, IvanSanches, Rafael Egéa, 1982-Zeni Neto, Hugo, 1982-Gonçalves, Leandro Simões AzeredoPinto, Ronald José Barth, 1958-Universidade Estadual de MaringáCentro de Ciências AgráriasDepartamento de AgronomiaPrograma de Pós-Graduação em Genética e MelhoramentoContreras Soto, Rodrigo Iván, 1988-2019-11-06T14:31:51Z2019-11-06T14:31:51Z2017info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisx, 137 f. : il. (algumas color).application/pdfCONTRERAS SOTO, Rodrigo Iván. Estrutura genética e associação genômica baseada em haplótipos para caracteres agronômicos em soja. 2017. x, 137 f. Tese (doutorado em Genética e Melhoramento)--Universidade Estadual de Maringá, 2017, Maringá, PR.http://repositorio.uem.br:8080/jspui/handle/1/5635info:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da Universidade Estadual de Maringá (RI-UEM)instname:Universidade Estadual de Maringá (UEM)instacron:UEM2019-11-06T14:34:18Zoai:localhost:1/5635Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.uem.br:8080/oai/requestopendoar:2024-04-23T14:58:45.653711Repositório Institucional da Universidade Estadual de Maringá (RI-UEM) - Universidade Estadual de Maringá (UEM)false
dc.title.none.fl_str_mv Estrutura genética e associação genômica baseada em haplótipos para caracteres agronômicos em soja
title Estrutura genética e associação genômica baseada em haplótipos para caracteres agronômicos em soja
spellingShingle Estrutura genética e associação genômica baseada em haplótipos para caracteres agronômicos em soja
Contreras Soto, Rodrigo Iván, 1988-
Soja - Características agronômicas
Haplótipos
Efeitos pleiotrópicos
635.665
Ciências Agrárias
Agronomia
title_short Estrutura genética e associação genômica baseada em haplótipos para caracteres agronômicos em soja
title_full Estrutura genética e associação genômica baseada em haplótipos para caracteres agronômicos em soja
title_fullStr Estrutura genética e associação genômica baseada em haplótipos para caracteres agronômicos em soja
title_full_unstemmed Estrutura genética e associação genômica baseada em haplótipos para caracteres agronômicos em soja
title_sort Estrutura genética e associação genômica baseada em haplótipos para caracteres agronômicos em soja
author Contreras Soto, Rodrigo Iván, 1988-
author_facet Contreras Soto, Rodrigo Iván, 1988-
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Scapim, Carlos Alberto
Schuster, Ivan
Sanches, Rafael Egéa, 1982-
Zeni Neto, Hugo, 1982-
Gonçalves, Leandro Simões Azeredo
Pinto, Ronald José Barth, 1958-
Universidade Estadual de Maringá
Centro de Ciências Agrárias
Departamento de Agronomia
Programa de Pós-Graduação em Genética e Melhoramento
dc.contributor.author.fl_str_mv Contreras Soto, Rodrigo Iván, 1988-
dc.subject.por.fl_str_mv Soja - Características agronômicas
Haplótipos
Efeitos pleiotrópicos
635.665
Ciências Agrárias
Agronomia
topic Soja - Características agronômicas
Haplótipos
Efeitos pleiotrópicos
635.665
Ciências Agrárias
Agronomia
description Orientador: Prof. Dr. Carlos Alberto Scapim
publishDate 2017
dc.date.none.fl_str_mv 2017
2019-11-06T14:31:51Z
2019-11-06T14:31:51Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv CONTRERAS SOTO, Rodrigo Iván. Estrutura genética e associação genômica baseada em haplótipos para caracteres agronômicos em soja. 2017. x, 137 f. Tese (doutorado em Genética e Melhoramento)--Universidade Estadual de Maringá, 2017, Maringá, PR.
http://repositorio.uem.br:8080/jspui/handle/1/5635
identifier_str_mv CONTRERAS SOTO, Rodrigo Iván. Estrutura genética e associação genômica baseada em haplótipos para caracteres agronômicos em soja. 2017. x, 137 f. Tese (doutorado em Genética e Melhoramento)--Universidade Estadual de Maringá, 2017, Maringá, PR.
url http://repositorio.uem.br:8080/jspui/handle/1/5635
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv x, 137 f. : il. (algumas color).
application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da Universidade Estadual de Maringá (RI-UEM)
instname:Universidade Estadual de Maringá (UEM)
instacron:UEM
instname_str Universidade Estadual de Maringá (UEM)
instacron_str UEM
institution UEM
reponame_str Repositório Institucional da Universidade Estadual de Maringá (RI-UEM)
collection Repositório Institucional da Universidade Estadual de Maringá (RI-UEM)
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da Universidade Estadual de Maringá (RI-UEM) - Universidade Estadual de Maringá (UEM)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1813258680779407360

Registros relacionados