Avaliação da estabilidade genética da uva cultivar itália (Vitis Vinifera L.)

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Strioto, Danuza Kelly
Data de Publicação: 2014
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da Universidade Estadual de Maringá (RI-UEM)
Texto Completo: http://repositorio.uem.br:8080/jspui/handle/1/1359
Resumo: The genus Vitis L. is not only highly diverse but is also distributed in many temperate and subtropical regions. The cultivar Italia (Vitis vinifera L.) by cross-breeding between Bicane and Moscatel de Hamburgo. Although grapes of the cultivar Italia are vegetally propagated, somatic mutations are rather frequent, with great genetic variability. Current research evaluated the genetic stability of the cultivar Italia by analyzing two different classes of DNA sequences, namely, the microsatellites or simple repeated sequences (SSR), and the regions between the simple repeated sequences (ISSR) of samples collected in three plantations in the municipality of Marialva and one in Sarandi PR Brazil. The first sequences were evaluated by using 13 pairs of primers. Loci studied registered 27 alleles (2.08 alleles/locus) and evidence of a reduced number of alleles. Polymorphism of the samples under analysis with SSR was 61.54%. Genetic diversity parameters indicated an increase of heterozygotes in the samples of the four accesses the cultivar Italia (negative rates of FIS were reported for 8 out of the 13 loci analyzed), with mean rate of FIS as -0.3404. Since FST rate was 0.0688, a moderate differentiation between accesses was indicated. Genetic similarity rates varied between 0.8516 (between accesses2 and 4) and 0.9884 (between accesses 1 and 3). The analysis of SSR sequences discriminated samples of the cultivar Italia and established the genetic stability of the samples of this cultivar. Fourteen primers were used for the study of ISSR sequences which amplified 135 DNA segments. The polymorphism for this marker was 80%. In spite of this high polymorphism, relationships of similarity and Nei genetic distance between the four accesses indicate low differentiation, with similarity rates ranging between 0.9503 (between accesses 1 and 4) and 0.9801 (between accesses 2 and 3). Genetic similarity rates calculated by the coefficient of Jaccard for 57 samples of the cultivar Italia ranged between 0.8358 and 1.0000. A Bayesian analysis performed for the two markers showed that the 57 plants of the 4 accesses were organized into 3 allele differential groups. Results show that the cultivar Italia has maintained itself genetically stable, provided by the number of alleles in 2006 (2.12 alleles) and in 2012 (2.08 alleles). With our results we cansee that the marker SSR allowed to discriminate the four accesses the cultivar Italy, contrary to the evidence that microsatellite markers are not suitable to discriminate genetically very similar samples, and that despite the high polymorphism present in ISSR sequences, this marker pointed to a low discrimination for plants of the four accesses collected
id UEM-10_cd43df11ebc9e7a67421542bf3f98385
oai_identifier_str oai:localhost:1/1359
network_acronym_str UEM-10
network_name_str Repositório Institucional da Universidade Estadual de Maringá (RI-UEM)
repository_id_str
spelling Avaliação da estabilidade genética da uva cultivar itália (Vitis Vinifera L.)Evaluation of the genetic stability in grape of cultivar Italia (Vitis vinifera L.)Uva Itália (vitis vinifera L.), (Vitaceae) estabilidade e variabilidade genética, Marcadores moleculares em vitis, Microssatélites ou marcadores SSR em vitis, Uva Itália (vitis vinifera L.), (Vitaceae), Estabilidade e variabilidade genética, Marcadores moleculares em vitis, Marcadores ISSR (inter simple sequence repeats) em vitis, Uva, Cultivar itália, Uva, Cultivo, Brasil, Viticultura, Variedades vegetais, Brasil, Uva, Cultivares - BrasilVitis vinifera L.; cultivar Italia; microsatellites; ISSR; genetic stability- BrazilCiências AgráriasAgronomiaThe genus Vitis L. is not only highly diverse but is also distributed in many temperate and subtropical regions. The cultivar Italia (Vitis vinifera L.) by cross-breeding between Bicane and Moscatel de Hamburgo. Although grapes of the cultivar Italia are vegetally propagated, somatic mutations are rather frequent, with great genetic variability. Current research evaluated the genetic stability of the cultivar Italia by analyzing two different classes of DNA sequences, namely, the microsatellites or simple repeated sequences (SSR), and the regions between the simple repeated sequences (ISSR) of samples collected in three plantations in the municipality of Marialva and one in Sarandi PR Brazil. The first sequences were evaluated by using 13 pairs of primers. Loci studied registered 27 alleles (2.08 alleles/locus) and evidence of a reduced number of alleles. Polymorphism of the samples under analysis with SSR was 61.54%. Genetic diversity parameters indicated an increase of heterozygotes in the samples of the four accesses the cultivar Italia (negative rates of FIS were reported for 8 out of the 13 loci analyzed), with mean rate of FIS as -0.3404. Since FST rate was 0.0688, a moderate differentiation between accesses was indicated. Genetic similarity rates varied between 0.8516 (between accesses2 and 4) and 0.9884 (between accesses 1 and 3). The analysis of SSR sequences discriminated samples of the cultivar Italia and established the genetic stability of the samples of this cultivar. Fourteen primers were used for the study of ISSR sequences which amplified 135 DNA segments. The polymorphism for this marker was 80%. In spite of this high polymorphism, relationships of similarity and Nei genetic distance between the four accesses indicate low differentiation, with similarity rates ranging between 0.9503 (between accesses 1 and 4) and 0.9801 (between accesses 2 and 3). Genetic similarity rates calculated by the coefficient of Jaccard for 57 samples of the cultivar Italia ranged between 0.8358 and 1.0000. A Bayesian analysis performed for the two markers showed that the 57 plants of the 4 accesses were organized into 3 allele differential groups. Results show that the cultivar Italia has maintained itself genetically stable, provided by the number of alleles in 2006 (2.12 alleles) and in 2012 (2.08 alleles). With our results we cansee that the marker SSR allowed to discriminate the four accesses the cultivar Italy, contrary to the evidence that microsatellite markers are not suitable to discriminate genetically very similar samples, and that despite the high polymorphism present in ISSR sequences, this marker pointed to a low discrimination for plants of the four accesses collectedO gênero Vitis L. é bastante diverso e se encontra distribuído pelas regiões temperadas e subtropicais do mundo. Dentro da espécie Vitis vinifera L., temos a cultivar Itália, obtida por meio do cruzamento de Bicane com Moscatel de Hamburgo. Apesar das uvas da cultivar Itália serem propagadas vegetativamente a ocorrência de mutações somáticas parece ser um evento frequente, promovendo alta variabilidade genética. A proposta do presente estudo foi avaliar a estabilidade genética da cultivar Itália, estudando duas classes diferentes de sequências de DNA, os microssatélites, também chamados de sequências simples repetidas (SSR), e as regiões que estão entre as sequências simples repetidas (ISSR), de amostras coletados em três propriedades do município de Marialva e de uma propriedade do município de Sarandi-PR. Para avaliar as primeiras sequências, foram utilizados 13 pares de primers. Para estes locos estudados, observamos 27 alelos (2,08 alelos/loco) e as evidências são de um número reduzido de alelos. O polimorfismo obtido para as amostras estudadas com SSR foi de 61,54%. Os parâmetros de diversidade genética apontam para um aumento de heterozigotos nas amostras dos quatro acessos da cultivar Itália (valores negativos de FIS foram observados para 8 dos 13 locos analisados), o valor médio do FIS foi de -0,3404. O valor de FST foi de 0,0688, indicando moderada diferenciação entre os acessos. Os valores de similaridade genética variaram de 0,8516 (entre os acessos 2 e 4) a 0,9884 (entre os acessos 1 e 3). A análise das sequências SSR possibilitou a discriminação entre as amostras da cultivar Itália e foi possível constatar que as amostras desta cultivar se mantêm geneticamente estáveis. Para o estudo das sequências ISSR, foram utilizados 14 primers, os quais amplificaram 135 segmentos de DNA. O polimorfismo obtido para este marcador foi de 80%. Apesar do alto polimorfismo, as relações de similaridade e de distância genética de Nei entre os quatro acessos apontam para uma baixa diferenciação entre eles, sendo que os valores de similaridade variaram de 0,9503 (entre os acessos1 e 4) a 0,9801 (entre os acessos 2 e 3). O valor de similaridade genética calculado por meio do coeficiente de Jaccard para as 57 amostras da cultivar Itália variou de 0,8358 a 1,0000. Para os dois marcadores, também foi realizada uma análise bayesiana e os resultados desta análise indicam que as 57 plantas dos quatro acessos foram organizadas em 3 grupos diferenciais de alelos. Os resultados de nosso estudo apontam que a cultivar Itália tem se mantido geneticamente estável. Este fato pode ser constatado pelo número de alelos observados em análise realizada em 2006 (2,12 alelos) e em 2012 (2,08 alelos). Com os nossos resultados, pode-se constatar que o marcador SSR possibilitou discriminar os quatro acessos da cultivar Itália, contrariando as evidências de que os marcadores microssatélites não são adequados para discriminar amostras geneticamente muito similares e que, apesar do alto polimorfismo presente nas sequências ISSR, este marcador apontou para uma baixa discriminação para as plantas dos quatro acessos coletadosxi, 68 fUniversidade Estadual de MaringáBrasilUEMMaringá, PRPrograma de Pós-Graduação em Genética e MelhoramentoClaudete Aparecida MangolinSergio Ruffo Roberto - UELDauri José Tessmann - UEMStrioto, Danuza Kelly2018-04-05T16:59:08Z2018-04-05T16:59:08Z2014info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesishttp://repositorio.uem.br:8080/jspui/handle/1/1359porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da Universidade Estadual de Maringá (RI-UEM)instname:Universidade Estadual de Maringá (UEM)instacron:UEM2018-04-05T16:59:08Zoai:localhost:1/1359Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.uem.br:8080/oai/requestopendoar:2024-04-23T14:54:17.579790Repositório Institucional da Universidade Estadual de Maringá (RI-UEM) - Universidade Estadual de Maringá (UEM)false
dc.title.none.fl_str_mv Avaliação da estabilidade genética da uva cultivar itália (Vitis Vinifera L.)
Evaluation of the genetic stability in grape of cultivar Italia (Vitis vinifera L.)
title Avaliação da estabilidade genética da uva cultivar itália (Vitis Vinifera L.)
spellingShingle Avaliação da estabilidade genética da uva cultivar itália (Vitis Vinifera L.)
Strioto, Danuza Kelly
Uva Itália (vitis vinifera L.), (Vitaceae) estabilidade e variabilidade genética, Marcadores moleculares em vitis, Microssatélites ou marcadores SSR em vitis, Uva Itália (vitis vinifera L.), (Vitaceae), Estabilidade e variabilidade genética, Marcadores moleculares em vitis, Marcadores ISSR (inter simple sequence repeats) em vitis, Uva, Cultivar itália, Uva, Cultivo, Brasil, Viticultura, Variedades vegetais, Brasil, Uva, Cultivares - Brasil
Vitis vinifera L.; cultivar Italia; microsatellites; ISSR; genetic stability
- Brazil
Ciências Agrárias
Agronomia
title_short Avaliação da estabilidade genética da uva cultivar itália (Vitis Vinifera L.)
title_full Avaliação da estabilidade genética da uva cultivar itália (Vitis Vinifera L.)
title_fullStr Avaliação da estabilidade genética da uva cultivar itália (Vitis Vinifera L.)
title_full_unstemmed Avaliação da estabilidade genética da uva cultivar itália (Vitis Vinifera L.)
title_sort Avaliação da estabilidade genética da uva cultivar itália (Vitis Vinifera L.)
author Strioto, Danuza Kelly
author_facet Strioto, Danuza Kelly
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Claudete Aparecida Mangolin
Sergio Ruffo Roberto - UEL
Dauri José Tessmann - UEM
dc.contributor.author.fl_str_mv Strioto, Danuza Kelly
dc.subject.por.fl_str_mv Uva Itália (vitis vinifera L.), (Vitaceae) estabilidade e variabilidade genética, Marcadores moleculares em vitis, Microssatélites ou marcadores SSR em vitis, Uva Itália (vitis vinifera L.), (Vitaceae), Estabilidade e variabilidade genética, Marcadores moleculares em vitis, Marcadores ISSR (inter simple sequence repeats) em vitis, Uva, Cultivar itália, Uva, Cultivo, Brasil, Viticultura, Variedades vegetais, Brasil, Uva, Cultivares - Brasil
Vitis vinifera L.; cultivar Italia; microsatellites; ISSR; genetic stability
- Brazil
Ciências Agrárias
Agronomia
topic Uva Itália (vitis vinifera L.), (Vitaceae) estabilidade e variabilidade genética, Marcadores moleculares em vitis, Microssatélites ou marcadores SSR em vitis, Uva Itália (vitis vinifera L.), (Vitaceae), Estabilidade e variabilidade genética, Marcadores moleculares em vitis, Marcadores ISSR (inter simple sequence repeats) em vitis, Uva, Cultivar itália, Uva, Cultivo, Brasil, Viticultura, Variedades vegetais, Brasil, Uva, Cultivares - Brasil
Vitis vinifera L.; cultivar Italia; microsatellites; ISSR; genetic stability
- Brazil
Ciências Agrárias
Agronomia
description The genus Vitis L. is not only highly diverse but is also distributed in many temperate and subtropical regions. The cultivar Italia (Vitis vinifera L.) by cross-breeding between Bicane and Moscatel de Hamburgo. Although grapes of the cultivar Italia are vegetally propagated, somatic mutations are rather frequent, with great genetic variability. Current research evaluated the genetic stability of the cultivar Italia by analyzing two different classes of DNA sequences, namely, the microsatellites or simple repeated sequences (SSR), and the regions between the simple repeated sequences (ISSR) of samples collected in three plantations in the municipality of Marialva and one in Sarandi PR Brazil. The first sequences were evaluated by using 13 pairs of primers. Loci studied registered 27 alleles (2.08 alleles/locus) and evidence of a reduced number of alleles. Polymorphism of the samples under analysis with SSR was 61.54%. Genetic diversity parameters indicated an increase of heterozygotes in the samples of the four accesses the cultivar Italia (negative rates of FIS were reported for 8 out of the 13 loci analyzed), with mean rate of FIS as -0.3404. Since FST rate was 0.0688, a moderate differentiation between accesses was indicated. Genetic similarity rates varied between 0.8516 (between accesses2 and 4) and 0.9884 (between accesses 1 and 3). The analysis of SSR sequences discriminated samples of the cultivar Italia and established the genetic stability of the samples of this cultivar. Fourteen primers were used for the study of ISSR sequences which amplified 135 DNA segments. The polymorphism for this marker was 80%. In spite of this high polymorphism, relationships of similarity and Nei genetic distance between the four accesses indicate low differentiation, with similarity rates ranging between 0.9503 (between accesses 1 and 4) and 0.9801 (between accesses 2 and 3). Genetic similarity rates calculated by the coefficient of Jaccard for 57 samples of the cultivar Italia ranged between 0.8358 and 1.0000. A Bayesian analysis performed for the two markers showed that the 57 plants of the 4 accesses were organized into 3 allele differential groups. Results show that the cultivar Italia has maintained itself genetically stable, provided by the number of alleles in 2006 (2.12 alleles) and in 2012 (2.08 alleles). With our results we cansee that the marker SSR allowed to discriminate the four accesses the cultivar Italy, contrary to the evidence that microsatellite markers are not suitable to discriminate genetically very similar samples, and that despite the high polymorphism present in ISSR sequences, this marker pointed to a low discrimination for plants of the four accesses collected
publishDate 2014
dc.date.none.fl_str_mv 2014
2018-04-05T16:59:08Z
2018-04-05T16:59:08Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://repositorio.uem.br:8080/jspui/handle/1/1359
url http://repositorio.uem.br:8080/jspui/handle/1/1359
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade Estadual de Maringá
Brasil
UEM
Maringá, PR
Programa de Pós-Graduação em Genética e Melhoramento
publisher.none.fl_str_mv Universidade Estadual de Maringá
Brasil
UEM
Maringá, PR
Programa de Pós-Graduação em Genética e Melhoramento
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da Universidade Estadual de Maringá (RI-UEM)
instname:Universidade Estadual de Maringá (UEM)
instacron:UEM
instname_str Universidade Estadual de Maringá (UEM)
instacron_str UEM
institution UEM
reponame_str Repositório Institucional da Universidade Estadual de Maringá (RI-UEM)
collection Repositório Institucional da Universidade Estadual de Maringá (RI-UEM)
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da Universidade Estadual de Maringá (RI-UEM) - Universidade Estadual de Maringá (UEM)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1813258639902769152