Estudos de associação genômica ampla para características de qualidade do leite em bovinos da raça holandesa do Brasil

• Autor(a) principal: Gaia, Rita Carolina
• Data de Publicação: 2023
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UEPG
• Texto Completo: http://tede2.uepg.br/jspui/handle/prefix/4144
• topic: CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::ZOOTECNIA; Genes; GWAS; gordura; leite; proteína; Genes; GWAS; fat; milk; protein

Com o desenvolvimento acelerado da indústria visando cada vez mais qualidade e rendimento, foi necessário buscar ferramentas inovadoras para que os rebanhos consigam acompanhar as exigências de mercado com rentabilidade e bem-estar. Com os estudos de associação do genoma (GWAS) há relatos de muitos marcadores moleculares que contribuem para a produção leiteira, e características de gordura e proteína do leite, na Raça Holandesa. Ao longo dos anos, vários estudos de GWAS identificaram genes relevantes para produção de leite e sólidos em diferentes populações da raça Holandesa. Entretanto, ainda não há muitas informações sobre o genoma desses animais no Brasil, onde estes são mantidos sob condições de criação, manejo e clima distintos dos demais locais onde os estudos da genômica já estão mais avançados. Por isso, neste estudo foram encontradas regiões genômicas importantes para porcentagem de gordura e proteína, bem como, produção de gordura de proteína em quilos, nos bovinos da raça Holandesa criados no Brasil. Neste estudo, analisaram-se dados de produção de leite em 2.339 vacas Holandesas em quatro estados brasileiros entre 2021 e 2022, com 84.411 marcadores após controle de qualidade, utilizando o GGP Bovine 100k SNP Chip. A abordagem ssGWAS foi aplicada com a família de programas BLUPF90, seguida pela exploração de regiões genômicas com SNPs significativos (P-value <5x10-8) e identificação de genes associados, complementadas por análises de enriquecimento e redes gênicas utilizando-se as ferramentas DAVID e STRING. Os genes CPSF1, CYHR1, DGAT1, SLC52A2 e TSNARE1 foram encontrados em todas as características analisadas. E os genes que tiveram maior pico nos gráficos de Manhattan Plot foram os genes SLC52A2 e DGAT1. Para produção de proteína em quilos foram encontrados 17 cromossomos em 30 genes diferentes, já para PTAprodução de gordura em quilos foram encontrados 27 genes em 16 cromossomos. No que diz respeito a porcentagem de proteína, foram encontrados 12 genes em 3 cromossomos e para porcentagem de gordura foram encontrados 48 genes em 23 cromossomos. Na análise dos parâmetros funcionais, foi observado que os genes CSN1S1, CSN2, PLEC, SVEP1, MAML3, MRTFA e MRTFB desempenham uma função predominante nos processos biológicos relacionados à característica de proteína em quilos. No que diz respeito à característica de proteína em porcentagem, foram identificados como mais relevantes os genes EPPK1, PLEC, VPS28, ADGRB1, CSN1S1, CSN2, CSN3, MAPK15, TRAPPC9, GHR, HSTN, CPSF1, ZC3H3 e SLC4A4. Para produção de gordura em quilos, foram encontrados 35 genes, sendo o de maior evidencia o gene PLEC e dos 42 genes para porcentagem de gordura os genes com maior incidência foram AGO2 e AGO3. Estes genes podem estar relacionados nas funções dos processos biológicos, funções relacionadas do componente celular e função molecular. Funções diretas ou indiretas, para produção leiteira ainda não foram estabelecidas na literatura para os genes AGO2, AGO3, ARHGAP39, C25H16ORF82, CDH3, CMYA5, DENND3, EEF1D, ENSBTAG00000025756, ENSBTAG00000038214, ENSBTAG00000048091, ENSBTAG00000051599, ENSBTAG00000053188, ENSBTAG00000054671, ENSBTAG00000055067, EXOC3, FBXO43, GLT6D1, GNAI3, GPAA1, GRHL2, GUCA1A, IQANK1, IVNS1APB, KCNA4, KIAA0753, KMT2E, LRRC1, MAF1, MAPK15, MLIP, MRTFB, NADSYN, NCALD, OPCML, OR2D37, OSCP1, OSR2, PIK3C2G, PTK2, PTPN14, RAB2A, RAP1GAP2, RCN3, RERG, RGMA, RNF1144B, RNF19A, RTRAF, SEMA3A, SH2D4B, SPAG1, SPIN1, STK40, TNRC6B, UBXN2A, ZBTB46 e ZNF691. Portanto, estes genes podem colaborar para o melhoramento genético da raça Holandesa do Brasil, sendo expressos nos rebanhos leiteiros criados em ambientes tropicais e sub tropicais. Este estudo desempenhou um papel importante ao investigar a composição genética dos bovinos leiteiros da raça Holandesa criados em condições ambientais brasileiras. Essa pesquisa visou obter um maior conhecimento das variantes genéticas favoráveis que podem contribuir para o aumento da produtividade leiteira nacional.