Bacilos Gram-negativos no ambiente de uma unidade de terapia intensiva: ocorrência, resistência a antimicrobianos e análise molecular

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Barbosa, Beathriz Godoy Vilela
Data de Publicação: 2015
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UERJ
Texto Completo: http://www.bdtd.uerj.br/handle/1/14377
Resumo: Contamination of the surfaces and the air from hospital environment is related to multirresistant (MDR) pathogens transmission, specially Gram-negative bacteria producing carbapenemases, wich represents an obstacle to the treatment and control of infections. This study evaluated the occurrence, the susceptibility to antimicrobial compounds and the presence of resistance genes from Gram-negative bacilli (GNB) isolated from the ICU of a university hospital. Between January and July of 2012, six air and surfaces samplings were conducted at selected sites from the ICU s environment. The GNB samples were identified through phenotypic and molecular techniques, Antibiotic susceptibility was determined by disc diffusion and the presence of extended spectrum β-lactamase (ESBL) genes (TEM, CTX) and carbapenemases genes (OXA, KPC) was studied by PCR. Non fermenters Gram-negative bacilli (NFGNB) were predominant at the air samples, notably occurring OXA-51 and OXA-23 Acinetobacter baumannii producers. KPC and ESBL positive K. pneumoniae and ESBL positive K. pneumoniae and Enterobacter cloacae Complex (ECC) were also isolated from the ICU air. The number of NFGNB and enterobacteria isolated from the surfaces was similar, with the presence of both A. baumannii and P. aeruginosa MDR, as well as KPC and ESBL producers K. pneumonie and ECC . The genome of an airborne and antibiotic susceptible Acinetobacter non-baumannii (Anb) carrying blaOXA-58 was sequenced. Several genes related to antibiotics and heavy metals resistance, virulence, persistence and mobile elements were found that may have contributed to its survival at the hospital environment, where this strain may be acting as a resistance reservoir. Microdillution for antibiotis and metals was performed and the strain was was resistant only to arsenic (MIC≥ 2048µg/mL) and copper (MIC= 256µg/mL). The methodologies applied for identification of species trough genome comparison and proteins profile (ANI, snpTree e MALDI-TOF MS) indicated that this strain represents a new species of Acinetobacter. The presence of MDR microrganisms at the hospital environment points out to the relevance of surface contamination and air transmition for infection control. The knowledge about Anb is highly important, as it may reveal resistance genes reservoirs and helps to elucidate resistance genes, inside and outside of the hospital environment.
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Tese (Doutorado em Microbiologia Médica Humana) - Universidade do Estado do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, 2015.http://www.bdtd.uerj.br/handle/1/14377Contamination of the surfaces and the air from hospital environment is related to multirresistant (MDR) pathogens transmission, specially Gram-negative bacteria producing carbapenemases, wich represents an obstacle to the treatment and control of infections. This study evaluated the occurrence, the susceptibility to antimicrobial compounds and the presence of resistance genes from Gram-negative bacilli (GNB) isolated from the ICU of a university hospital. Between January and July of 2012, six air and surfaces samplings were conducted at selected sites from the ICU s environment. The GNB samples were identified through phenotypic and molecular techniques, Antibiotic susceptibility was determined by disc diffusion and the presence of extended spectrum β-lactamase (ESBL) genes (TEM, CTX) and carbapenemases genes (OXA, KPC) was studied by PCR. Non fermenters Gram-negative bacilli (NFGNB) were predominant at the air samples, notably occurring OXA-51 and OXA-23 Acinetobacter baumannii producers. KPC and ESBL positive K. pneumoniae and ESBL positive K. pneumoniae and Enterobacter cloacae Complex (ECC) were also isolated from the ICU air. The number of NFGNB and enterobacteria isolated from the surfaces was similar, with the presence of both A. baumannii and P. aeruginosa MDR, as well as KPC and ESBL producers K. pneumonie and ECC . The genome of an airborne and antibiotic susceptible Acinetobacter non-baumannii (Anb) carrying blaOXA-58 was sequenced. Several genes related to antibiotics and heavy metals resistance, virulence, persistence and mobile elements were found that may have contributed to its survival at the hospital environment, where this strain may be acting as a resistance reservoir. Microdillution for antibiotis and metals was performed and the strain was was resistant only to arsenic (MIC≥ 2048µg/mL) and copper (MIC= 256µg/mL). The methodologies applied for identification of species trough genome comparison and proteins profile (ANI, snpTree e MALDI-TOF MS) indicated that this strain represents a new species of Acinetobacter. The presence of MDR microrganisms at the hospital environment points out to the relevance of surface contamination and air transmition for infection control. The knowledge about Anb is highly important, as it may reveal resistance genes reservoirs and helps to elucidate resistance genes, inside and outside of the hospital environment.A contaminação de superfícies e do ar no ambiente hospitalar está associada à transmissão de patógenos multirresistentes (MDR)- em especial, bacilos Gram-negativos (BGN) produtores de carbapenemases- representando um obstáculo no tratamento e controle de infecções. Este estudo avaliou a ocorrência, sensibilidade a antimicrobianos e a presença de genes de resistência em amostras de BGN isoladas do ambiente do CTI de um hospital universitário. Entre janeiro e julho de 2012, foram realizadas seis coletas de ar e de superfícies em pontos selecionados do ambiente. As amostras de BGN isoladas foram identificadas por métodos fenotípicos e moleculares. O perfil de sensibilidade a antimicrobianos foi determinado por disco-difusão e os genes de β-lactamases de espectro estendido (TEM, CTX) e carbapenemases (OXA e KPC) foram pesquisados por PCR. No ar predominaram bacilos Gram-negativos não fermentadores (BGNNF), destacando-se cepas de Acinetobacter baumannii produtoras de OXA-51 e OXA-23. Dentre as enterobactérias, foram encontradas Klebsiella pneumoniae e Complexo Enterobacter cloacae (CEC) produtores de KPC e/ou ESBL. Nas superfícies, o número de BGNNF e enterobactérias foi equivalente, com ocorrência de A. baumannii e Pseudomonas aeruginosa MDR, além de K. pneumoniae e CEC produtores de KPC e ESBLs. O genoma de uma amostra de Acinetobacter não-baumannii (Anb) isolada do ar, sensível a antimicrobianos e portadora do gene blaOXA-58 foi sequenciado. Verificou-se a presença de genes de resistência a antimicrobianos e metais pesados, e genes relacionados a virulência, persistência e elementos móveis, que podem ter contribuído para sua sobrevivência no ambiente hospitalar, podendo atuar como reservatório de determinantes de resistência. O fenótipo de resistência a antimicrobianos e metais foi determinado por microdiluição e diluição seriada em placa. A cepa foi resistente a arsênico (CIM≥ 2048µg/mL) e cobre (CIM= 256µg/mL), indicando uma elevada exposição a esses metais na sua origem ambiental. Os métodos utilizados para identificação (ANI, snpTree e MALDI-TOF MS) desta cepa indicaram tratar-se de uma nova espécie de Acinetobacter. A presença de micro-organismos MDR no ambiente alerta para a importância das vias de transmissão aérea e por contaminação de superfícies no controle de infecções hospitalares. O conhecimento de espécies de Anb é importante, pois revela fontes de genes de resistência e ajuda a elucidar as características desse gênero, dentro e fora do hospital.Submitted by Boris Flegr (boris@uerj.br) on 2021-01-07T15:14:12Z No. of bitstreams: 1 Beathriz Godoy Vilela Barbosa Tese completa.pdf: 2653060 bytes, checksum: b90b2f1f60c1acbd89db306268682c1d (MD5)Made available in DSpace on 2021-01-07T15:14:12Z (GMT). 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