Estudo teórico da interação entre ligantes bioativos e o receptor TGF-B tipo 1 (ALK-5) empregando métodos de modelagem molecular

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Almeida, Michell de Oliveira
Data de Publicação: 2018
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFABC
Texto Completo: http://biblioteca.ufabc.edu.br/index.php?codigo_sophia=111332
Resumo: Orientadora: Profa. Dra. Káthia Maria Honório
id UFBC_046358b66721bd20913dc8533964db1d
oai_identifier_str oai:BDTD:111332
network_acronym_str UFBC
network_name_str Repositório Institucional da UFABC
repository_id_str
spelling Estudo teórico da interação entre ligantes bioativos e o receptor TGF-B tipo 1 (ALK-5) empregando métodos de modelagem molecularCÂNCERALK-5MODELAGEM MOLECULARDINÂMICA MOLECULARCANCERMOLECULAR MODELINGMOLECULAR DYNAMICSPROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM CIÊNCIA E TECNOLOGIA/QUÍMICA - UFABCOrientadora: Profa. Dra. Káthia Maria HonórioTese (doutorado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Ciência e Tecnologia/Química, Santo André, 2018.O câncer é caracterizado pela proliferação e crescimento descontrolado de células transformadas. Desta forma, o presente trabalho, tem como objetivo estudar o alvo ALK-5 (alvo relacionado ao câncer de mama) e sua inibição empregando métodos computacionais. Sendo assim, o trabalho realizou simulações computacionais utilizando métodos com o formalismo clássico (acoplamento molecular, dinâmica molecular e cálculos de energia livre) e mecânico quântico (QM/MM, NBO, QTAIM). Os resultados do estudo mostraram que a partir do acoplamento molecular, foi possível obter as possíveis conformações bioativas de seis moléculas inibidoras de ALK-5. Pelas simulações de dinâmica molecular, foi possível verificar o comportamento dinâmico dos seis inibidores no sítio ativo de ALK-5. A partir resultados obtidos pelas simulações de dinâmica molecular, os valores de energia livre foram estimados, sendo que para o inibidor 1 (mais ativo), os valores foram menores: EMM-GBSA = -52,3923 kcal/mol, EMM-PBSA = -37,7624 kcal/mol) e ESIE = -11,56 kcal/mol. O próximo método que foi estudado, foi o ONIOM (B3LYP/ccpVDZ:UFF), onde as conformações baseadas na estrutura eletrônica dos inibidores e os resíduos principais do sítio ativo de ALK-5, foram geradas. Para a análise NBO, os valores de ?E² mostram que a interação de troca de par eletrônico mais intensa ocorre entre os orbitais LP N (inibidor 1) e BD* O-H (Tyr249), sendo que o valor é 11,89 kcal/mol. A interação menos intensa ocorre entre os orbitais LP N (inibidor 4) e BD* N-H (His283), sendo que o valor de ?E² é 0,81 kcal/mol. Para a análise QTAIM, foi possível observar a partir dos valores de ? e ?2? dos BCPs das interações intermoleculares que os inibidores 1, 2 e 3 realizam um número maior de ligações de hidrogênio com os resíduos principais de ALK-5. Portanto, a utilização das dos métodos computacionais que empregaram formalismo clássico e mecânico quântico, que foram empregados nesse trabalho, mostrou-se importante para um maior entendimento sobre a inibição do alvo ALK-5, desta forma, os dados também são importantes no estudo do planejamento de novos inibidores de ALK-5.Cancer is characterized by uncontrolled proliferation and growth of transformed cells. Thus, the present work aims to study the ALK-5 target (target related to breast cancer) and its inhibition using computational methods. Thus, the work performed computational simulations using methods with classical formalism (molecular docking, molecular dynamics and free energy calculations) and quantum mechanics (QM/MM, NBO, QTAIM). The results showed that, from the molecular docking, it was possible to obtain the possible bioactive conformations of six ALK-5 inhibitors. From the molecular dynamics simulations, it was possible to verify the dynamic behavior of the six inhibitors in the active site of ALK-5. From the results obtained from the molecular dynamics simulations, the values of free energy were estimated and, for the inhibitor 1 (the most active), the values were lower: EMM-GBSA = -52,3923 kcal/mol, EMM-PBSA = -37,7624 kcal/mol) and ESIE = -11,56 kcal/mol. The next method employed was ONIOM (B3LYP / cc-pVDZ: UFF), where the conformations based on the electronic structure of the inhibitors and the main residues of the active site of ALK-5 were generated. For the NBO analysis, the values of ?E² showed that the most intense electronic torque exchange interaction occurs between LP N (inhibitor 1) and BD* O-H (Tyr249) orbitals, with a value of 11.89 kcal / mol. The least intense interaction occurs between the LP N (inhibitor 4) and BD * N-H (His283) orbitals, with the value of ?E² = 0,81 kcal/mol. From the QTAIM analysis, it was possible to observe from the values of ? e ?2? of BCPs of intermolecular interactions that the inhibitors 1, 2 and 3 perform a greater number of hydrogen bonds with the major residues of ALK-5. Therefore, the use of the computational methods with classic formalism and quantum mechanics, which were used in this work, proved important for a better understanding of the inhibition of the ALK-5 target, as well as the design of new ALK-5 inhibitors.Honório, Káthia MariaBraga, Ataualpa Albert CarmoPhilot, Eric AllisonSilva, Jeronimo LameiraHomem-de-Mello, PaulaAlmeida, Michell de Oliveira2018info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdf235 f. : il.http://biblioteca.ufabc.edu.br/index.php?codigo_sophia=111332http://biblioteca.ufabc.edu.br/index.php?codigo_sophia=111332&midiaext=76560http://biblioteca.ufabc.edu.br/index.php?codigo_sophia=111332&midiaext=76561Cover: http://biblioteca.ufabc.edu.br/php/capa.php?obra=111332porreponame:Repositório Institucional da UFABCinstname:Universidade Federal do ABC (UFABC)instacron:UFABCinfo:eu-repo/semantics/openAccess2019-04-24T09:18:40Zoai:BDTD:111332Repositório InstitucionalPUBhttp://www.biblioteca.ufabc.edu.br/oai/oai.phpopendoar:2019-04-24T09:18:40Repositório Institucional da UFABC - Universidade Federal do ABC (UFABC)false
dc.title.none.fl_str_mv Estudo teórico da interação entre ligantes bioativos e o receptor TGF-B tipo 1 (ALK-5) empregando métodos de modelagem molecular
title Estudo teórico da interação entre ligantes bioativos e o receptor TGF-B tipo 1 (ALK-5) empregando métodos de modelagem molecular
spellingShingle Estudo teórico da interação entre ligantes bioativos e o receptor TGF-B tipo 1 (ALK-5) empregando métodos de modelagem molecular
Almeida, Michell de Oliveira
CÂNCER
ALK-5
MODELAGEM MOLECULAR
DINÂMICA MOLECULAR
CANCER
MOLECULAR MODELING
MOLECULAR DYNAMICS
PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM CIÊNCIA E TECNOLOGIA/QUÍMICA - UFABC
title_short Estudo teórico da interação entre ligantes bioativos e o receptor TGF-B tipo 1 (ALK-5) empregando métodos de modelagem molecular
title_full Estudo teórico da interação entre ligantes bioativos e o receptor TGF-B tipo 1 (ALK-5) empregando métodos de modelagem molecular
title_fullStr Estudo teórico da interação entre ligantes bioativos e o receptor TGF-B tipo 1 (ALK-5) empregando métodos de modelagem molecular
title_full_unstemmed Estudo teórico da interação entre ligantes bioativos e o receptor TGF-B tipo 1 (ALK-5) empregando métodos de modelagem molecular
title_sort Estudo teórico da interação entre ligantes bioativos e o receptor TGF-B tipo 1 (ALK-5) empregando métodos de modelagem molecular
author Almeida, Michell de Oliveira
author_facet Almeida, Michell de Oliveira
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Honório, Káthia Maria
Braga, Ataualpa Albert Carmo
Philot, Eric Allison
Silva, Jeronimo Lameira
Homem-de-Mello, Paula
dc.contributor.author.fl_str_mv Almeida, Michell de Oliveira
dc.subject.por.fl_str_mv CÂNCER
ALK-5
MODELAGEM MOLECULAR
DINÂMICA MOLECULAR
CANCER
MOLECULAR MODELING
MOLECULAR DYNAMICS
PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM CIÊNCIA E TECNOLOGIA/QUÍMICA - UFABC
topic CÂNCER
ALK-5
MODELAGEM MOLECULAR
DINÂMICA MOLECULAR
CANCER
MOLECULAR MODELING
MOLECULAR DYNAMICS
PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM CIÊNCIA E TECNOLOGIA/QUÍMICA - UFABC
description Orientadora: Profa. Dra. Káthia Maria Honório
publishDate 2018
dc.date.none.fl_str_mv 2018
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://biblioteca.ufabc.edu.br/index.php?codigo_sophia=111332
url http://biblioteca.ufabc.edu.br/index.php?codigo_sophia=111332
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv http://biblioteca.ufabc.edu.br/index.php?codigo_sophia=111332&midiaext=76560
http://biblioteca.ufabc.edu.br/index.php?codigo_sophia=111332&midiaext=76561
Cover: http://biblioteca.ufabc.edu.br/php/capa.php?obra=111332
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
235 f. : il.
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFABC
instname:Universidade Federal do ABC (UFABC)
instacron:UFABC
instname_str Universidade Federal do ABC (UFABC)
instacron_str UFABC
institution UFABC
reponame_str Repositório Institucional da UFABC
collection Repositório Institucional da UFABC
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFABC - Universidade Federal do ABC (UFABC)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1813263947815452672

Registros relacionados