Perfil de metilação de genes de reparo de fita dupla de DNA e sua correlação com a expressão gênica em pacientes com Síndrome Mielodisplásica e agricultores expostos a agrotóxicos
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Data de Publicação: | 2021 |
Tipo de documento: | Tese |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da Universidade Federal do Ceará (UFC) |
Texto Completo: | http://www.repositorio.ufc.br/handle/riufc/63221 |
Resumo: | Myelodysplastic syndromes (MDS) constitute a heterogeneous group of clonal hematopoietic diseases with aberrant methylation patterns described for some genes, being one of the most studied epigenetic mechanisms in the pathophysiology of the disease and its influence on prognosis. Exposure to pesticides is one of the predisposing factors to MDS, as these substances can induce dysregulation in the expression of repair genes, chromosomal abnormalities and alterations in epigenetic mechanisms, including methylation. This work evaluated the methylation profile of genes acting in the DNA double-stranded repair mechanism (ATM, BRCA1, BRCA2, LIG4 and RAD51) and its relationship with gene expression in samples from MDS patients, from farmers exposed to pesticides and from controls without the disease. For this investigation, the pyrosequencing technique was used, which provides quantitative data on methylation at CpG sites. In the analysis of methylation in MDS patients, the ATM gene was the only one that showed significant results, with higher methylation in males (p = 0.037), in patients aged up to 60 years (p = 0.002) and in those who progressed to AML (p = 0.016). When comparing the methylation between the groups of exposed farmers, SMD advanced forms and controls, we detected significant differences, with levels always being higher in the control group: ATM (p=0.037; control group x farmers p= 0.000), BRCA1 (p= 0.001; exposed x control group, p=0.001; MDS x control, p=0.001;), BRCA2 (p=0.006; farmers x control, p=0.027; MDS x control, p=0.004), LIG4 (p=0.009; farmers x control, p=0.001; MDS x control, p=0.012) and RAD51 (p=0.009; farmers x controls, p=0.047). The methylation analysis between groups of unexposed farmers, low-risk MDS and controls also showed higher levels of methylation in the control group, with significant differences for the BRCA1 genes (p=0.001; farmers x controls, p=0.001) BRCA2 (p=0.004; MDS x controls, p=0.004; farmers x controls, p=0.014) and LIG4 (p=0.001, in MDS x controls and farmers x controls). The correlation analysis between methylation and expression showed a positive and strong correlation for LIG4 gene in the Advanced Forms MDS group (p=0.006; ⍴=0.798) and a positive and weak correlation for BRCA1 gene in the exposed farmers group (p= 0.046; ⍴=0.340). This study corroborates the phenomenon of hypermethylation in some DNA repair genes in Myelodysplastic Syndrome and suggests a significant reduction in methylation in farmers exposed to pesticides. |
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Perfil de metilação de genes de reparo de fita dupla de DNA e sua correlação com a expressão gênica em pacientes com Síndrome Mielodisplásica e agricultores expostos a agrotóxicosFazendeirosExposição a PraguicidasExpressão GênicaDNAAgroquímicosMyelodysplastic syndromes (MDS) constitute a heterogeneous group of clonal hematopoietic diseases with aberrant methylation patterns described for some genes, being one of the most studied epigenetic mechanisms in the pathophysiology of the disease and its influence on prognosis. Exposure to pesticides is one of the predisposing factors to MDS, as these substances can induce dysregulation in the expression of repair genes, chromosomal abnormalities and alterations in epigenetic mechanisms, including methylation. This work evaluated the methylation profile of genes acting in the DNA double-stranded repair mechanism (ATM, BRCA1, BRCA2, LIG4 and RAD51) and its relationship with gene expression in samples from MDS patients, from farmers exposed to pesticides and from controls without the disease. For this investigation, the pyrosequencing technique was used, which provides quantitative data on methylation at CpG sites. In the analysis of methylation in MDS patients, the ATM gene was the only one that showed significant results, with higher methylation in males (p = 0.037), in patients aged up to 60 years (p = 0.002) and in those who progressed to AML (p = 0.016). When comparing the methylation between the groups of exposed farmers, SMD advanced forms and controls, we detected significant differences, with levels always being higher in the control group: ATM (p=0.037; control group x farmers p= 0.000), BRCA1 (p= 0.001; exposed x control group, p=0.001; MDS x control, p=0.001;), BRCA2 (p=0.006; farmers x control, p=0.027; MDS x control, p=0.004), LIG4 (p=0.009; farmers x control, p=0.001; MDS x control, p=0.012) and RAD51 (p=0.009; farmers x controls, p=0.047). The methylation analysis between groups of unexposed farmers, low-risk MDS and controls also showed higher levels of methylation in the control group, with significant differences for the BRCA1 genes (p=0.001; farmers x controls, p=0.001) BRCA2 (p=0.004; MDS x controls, p=0.004; farmers x controls, p=0.014) and LIG4 (p=0.001, in MDS x controls and farmers x controls). The correlation analysis between methylation and expression showed a positive and strong correlation for LIG4 gene in the Advanced Forms MDS group (p=0.006; ⍴=0.798) and a positive and weak correlation for BRCA1 gene in the exposed farmers group (p= 0.046; ⍴=0.340). This study corroborates the phenomenon of hypermethylation in some DNA repair genes in Myelodysplastic Syndrome and suggests a significant reduction in methylation in farmers exposed to pesticides.As síndromes mielodisplásicas (SMD) constituem um grupo heterogêneo de doenças clonais hematopoiéticas com padrões aberrantes de metilação descritos para alguns genes, sendo um dos mecanismos epigenéticos mais estudados na fisiopatologia da doença e na influência sobre prognóstico. A exposição a agrotóxicos é um dos fatores predisponentes à SMD, visto que essas substâncias podem induzir desregulação na expressão de genes de reparo, anormalidades cromossômicas e alterações em mecanismos epigenéticos, entre eles a metilação. Este trabalho avaliou o perfil de metilação dos genes atuantes no mecanismo de reparo de fita dupla no DNA (ATM, BRCA1, BRCA2, LIG4 e RAD51) e sua relação com a expressão gênica em amostras de pacientes portadores de SMD, de agricultores expostos a agrotóxicos e de controles sem a doença. Para esta investigação, foi utilizada a técnica de pirosequenciamento, que fornece dados quantitativos de metilação nos sítios CpG. Na análise de metilação em pacientes com SMD, o gene ATM apresentou resultados significantes, com metilação maior no sexo masculino (p = 0,037), em pacientes com idade até 60 anos (p = 0,002) e nos que apresentaram progressão para LMA (p = 0,016). Ao compararmos a metilação entre os grupos de agricultores expostos, SMD formas avançadas e controles, detectamos diferenças significativas, com os níveis sempre maiores no grupo controle: ATM (p=0,037; grupo controle x agricultores p= 0,000), BRCA1 (p=0,001; grupo exposto x controle, p=0,001; SMD x controle, p=0,001;), BRCA2 (p=0,006; agricultores x controle, p=0,027; SMD x controle, p=0,004), LIG4 (p=0,009; agricultores x controle, p=0,001; SMD x controle, p=0,012) e RAD51 (p=0,009; agricultores x controles, p=0,047). A análise de metilação entre os grupos de agricultores não-expostos, SMD de baixo risco e controles também mostrou maiores níveis de metilação no grupo controle, com diferenças significativas para os genes BRCA1 (p=0,001; agricultores x controles, p=0,001), BRCA2 (p=0,004; SMD x controles, p=0,004; agricultores x controles, p=0,014) e LIG4 (p=0,001, em SMD x controles e agricultores x controles). A análise de correlação entre metilação e expressão mostrou uma correlação positiva e forte para o gene LIG4 no grupo SMD Formas Avançadas (p=0,006; ⍴=0,798) e uma correlação positiva e fraca para o gene BRCA1 no grupo de agricultores expostos (p=0,046; ⍴=0,340). Esse estudo corrobora o fenômeno da hipermetilação relativa em alguns genes do reparo do DNA em SMD e sugere uma significativa redução de metilação em agricultores expostos a agrotóxicos.Pinheiro, Ronald FeitosaMonte, Cristiane da Silva2021-12-28T13:24:51Z2021-12-28T13:24:51Z2021-08-03info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfMONTE, C. S. Perfil de metilação de genes de reparo de fita dupla de DNA e sua correlação com a expressão gênica em pacientes com Síndrome Mielodisplásica e agricultores expostos a agrotóxicos. 2021. Tese (Doutorado em Ciências Médicas) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2021. Disponível em: http://www.repositorio.ufc.br/handle/riufc/63221. Acesso em: 28/12/2021.http://www.repositorio.ufc.br/handle/riufc/63221porreponame:Repositório Institucional da Universidade Federal do Ceará (UFC)instname:Universidade Federal do Ceará (UFC)instacron:UFCinfo:eu-repo/semantics/openAccess2021-12-28T13:26:49Zoai:repositorio.ufc.br:riufc/63221Repositório InstitucionalPUBhttp://www.repositorio.ufc.br/ri-oai/requestbu@ufc.br || repositorio@ufc.bropendoar:2024-09-11T18:36:44.988213Repositório Institucional da Universidade Federal do Ceará (UFC) - Universidade Federal do Ceará (UFC)false |
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Myelodysplastic syndromes (MDS) constitute a heterogeneous group of clonal hematopoietic diseases with aberrant methylation patterns described for some genes, being one of the most studied epigenetic mechanisms in the pathophysiology of the disease and its influence on prognosis. Exposure to pesticides is one of the predisposing factors to MDS, as these substances can induce dysregulation in the expression of repair genes, chromosomal abnormalities and alterations in epigenetic mechanisms, including methylation. This work evaluated the methylation profile of genes acting in the DNA double-stranded repair mechanism (ATM, BRCA1, BRCA2, LIG4 and RAD51) and its relationship with gene expression in samples from MDS patients, from farmers exposed to pesticides and from controls without the disease. For this investigation, the pyrosequencing technique was used, which provides quantitative data on methylation at CpG sites. In the analysis of methylation in MDS patients, the ATM gene was the only one that showed significant results, with higher methylation in males (p = 0.037), in patients aged up to 60 years (p = 0.002) and in those who progressed to AML (p = 0.016). When comparing the methylation between the groups of exposed farmers, SMD advanced forms and controls, we detected significant differences, with levels always being higher in the control group: ATM (p=0.037; control group x farmers p= 0.000), BRCA1 (p= 0.001; exposed x control group, p=0.001; MDS x control, p=0.001;), BRCA2 (p=0.006; farmers x control, p=0.027; MDS x control, p=0.004), LIG4 (p=0.009; farmers x control, p=0.001; MDS x control, p=0.012) and RAD51 (p=0.009; farmers x controls, p=0.047). The methylation analysis between groups of unexposed farmers, low-risk MDS and controls also showed higher levels of methylation in the control group, with significant differences for the BRCA1 genes (p=0.001; farmers x controls, p=0.001) BRCA2 (p=0.004; MDS x controls, p=0.004; farmers x controls, p=0.014) and LIG4 (p=0.001, in MDS x controls and farmers x controls). The correlation analysis between methylation and expression showed a positive and strong correlation for LIG4 gene in the Advanced Forms MDS group (p=0.006; ⍴=0.798) and a positive and weak correlation for BRCA1 gene in the exposed farmers group (p= 0.046; ⍴=0.340). This study corroborates the phenomenon of hypermethylation in some DNA repair genes in Myelodysplastic Syndrome and suggests a significant reduction in methylation in farmers exposed to pesticides. |
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