Estudo filogenético e produção de marcadores moleculares in silico para diagnóstico de Fusarium oxysporum f. sp. rapae, in Ipomoea potatoes (L.) Lam.
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Data de Publicação: | 2022 |
Tipo de documento: | Trabalho de conclusão de curso |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFCG |
Texto Completo: | https://dx.doi.org/10.52446/cursoengbiotecnologiaCDSA.2022.tccmon.silva http://dspace.sti.ufcg.edu.br:8080/jspui/handle/riufcg/27202 |
Resumo: | A batata-doce (Ipomoea batatas) é uma hortaliça de importância nacional, uma vez que é a quarta hortaliça mais consumida no Brasil com grande adaptação aos diversos sistemas de climas e solos, possuindo baixo custo de produção. Nacionalmente, as regiões Sul e Nordeste destacam-se por serem responsáveis por grande parte da produção do país. Mas atualmente as plantações vêm sofrendo grande perdas com as infeções de patógenos fúngicos, em destaque a espécie Fusarium Oxysporum. Assim, o presente trabalho teve por objetivo fazer um estudo genético da espécie Fusarium Oxysporum f. sp. rapae, pertencente ao grupo do complexo Fusarium Oxysporum, além de produção de primers para diagnostico molecular com o gene LYS2. Com as buscas das sequencias do gene de interesse utilizando a ferramenta blast da plataforma do NCBI, foram selecionadas 15 sequencias para em seguida gerar a árvore filogenética com as sequencias selecionadas e depois desenhar os marcadores para qPCR e os iniciadores da técnica LAMP. Os resultados obtidos da arvore filogenética, com o método de inferência bootstrap, apresentaram bons resultados de similaridades entre as espécies, resultando em uma boa árvore de espécie com representação de topologia histórica das espécies. Os primers desenhados com a plataforma primer3Plus demonstraram serem bons marcadores, atendendo todos os parâmetros e apenas três dos cinco conjuntos de iniciadores desenhados foram selecionados para técnica LAMP. Os protocolos desenvolvidos (in sílico) foram baseados em técnicas moleculares para diagnosticar o F. oxysporum na batata doce, sendo um protocolo para técnica qPCR e outro protocolo para técnica LAMP. |
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Estudo filogenético e produção de marcadores moleculares in silico para diagnóstico de Fusarium oxysporum f. sp. rapae, in Ipomoea potatoes (L.) Lam.Phylogenetic study and production of molecular markers in silico for the diagnosis of Fusarium oxysporum f. sp. rapae, in Ipomoea potatoes (L.) Lam.Batata doceIpomoea batatasAnálise filogenéticaFusarium oxysporumPatógenos fúngicos – batata doceDiagnóstico molecularGene LYL2. 8. Fungos – batata doceMicologiaTécnicas moleculares – QPCR e LAMPSweet potatoIpomoea batatasAnalysis phylogeneticsFusarium oxysporumPathogens fungi – sweet potatoMolecular diagnosisLYL2 geneFungi – sweet potatoMycologyBlast – MCBIMolecular techniques - QPCR and LAMPA batata-doce (Ipomoea batatas) é uma hortaliça de importância nacional, uma vez que é a quarta hortaliça mais consumida no Brasil com grande adaptação aos diversos sistemas de climas e solos, possuindo baixo custo de produção. Nacionalmente, as regiões Sul e Nordeste destacam-se por serem responsáveis por grande parte da produção do país. Mas atualmente as plantações vêm sofrendo grande perdas com as infeções de patógenos fúngicos, em destaque a espécie Fusarium Oxysporum. Assim, o presente trabalho teve por objetivo fazer um estudo genético da espécie Fusarium Oxysporum f. sp. rapae, pertencente ao grupo do complexo Fusarium Oxysporum, além de produção de primers para diagnostico molecular com o gene LYS2. Com as buscas das sequencias do gene de interesse utilizando a ferramenta blast da plataforma do NCBI, foram selecionadas 15 sequencias para em seguida gerar a árvore filogenética com as sequencias selecionadas e depois desenhar os marcadores para qPCR e os iniciadores da técnica LAMP. Os resultados obtidos da arvore filogenética, com o método de inferência bootstrap, apresentaram bons resultados de similaridades entre as espécies, resultando em uma boa árvore de espécie com representação de topologia histórica das espécies. Os primers desenhados com a plataforma primer3Plus demonstraram serem bons marcadores, atendendo todos os parâmetros e apenas três dos cinco conjuntos de iniciadores desenhados foram selecionados para técnica LAMP. Os protocolos desenvolvidos (in sílico) foram baseados em técnicas moleculares para diagnosticar o F. oxysporum na batata doce, sendo um protocolo para técnica qPCR e outro protocolo para técnica LAMP.Sweet potato (Ipomoea batatas) is a vegetable of national importance, also it is the fourth most consumed vegetable in Brazil with great adaptation to different climates and soils and has a low production cost. Nationally, the south and northeast regions have the title of being responsible for the biggest part of the country's production, but currently the crops have been suffering several damages with the infection of fungal pathogens, especially the species Fusarium Oxysporum. The present work is intended to make a genetic study of the species Fusarium Oxysporum f. sp. rapae, that belongs to the Fusarium Oxysporum genetic complex, and also the production of primers for molecular diagnosis with the LYS2 gene. Researching genetic sequences using the blast tool of the NCBI platform, 15 sequences were selected to form the phylogenetic tree using the selected sequences and then design the primers for qPCR and the primers specific of the LAMP technique. The results obtained from the phylogenetic tree, with the bootstrap inference method, brought forward good results and similarities between species, resulting in a good tree of species with representation of the historical topology of the species. The primers designed with the primer3Plusplatform proved to be good primers, achieving all the parameters and only three of the five primer sets designed were selected for the LAMP technique. The developed protocols (in sílico) were based on molecular techniques to diagnose F. oxysporum in sweet potato, one protocol for qPCR technique and another protocol for LAMP technique.Universidade Federal de Campina GrandeBrasilCentro de Desenvolvimento Sustentável do Semiárido - CDSAUFCGNASCIMENTO, Ana Verônica Silva do.NASCIMENTO, A. V. S.http://lattes.cnpq.br/6761533520481142BARROS, Aldre Jorge Morais.NÓBREGA, Franklin Ferreira de Farias.SILVA, Pedro Victor da.2022-08-302022-09-14T19:09:05Z2022-09-142022-09-14T19:09:05Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesishttps://dx.doi.org/10.52446/cursoengbiotecnologiaCDSA.2022.tccmon.silvahttp://dspace.sti.ufcg.edu.br:8080/jspui/handle/riufcg/27202SILVA, Pedro Victor da. Estudo filogenético e produção de marcadores moleculares in silico para diagnóstico de Fusarium oxysporum f. sp. rapae, in Ipomoea potatoes (L.) Lam. 2022. 55f. Monografia - Universidade Federal de Campina Grande; Centro de Desenvolvimento Sustentável do Semiárido; Curso de Engenharia de Biotecnologia e Bioprocessos. Disponível em: http://dspace.sti.ufcg.edu.br:8080/jspui/handle/riufcg/27202porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFCGinstname:Universidade Federal de Campina Grande (UFCG)instacron:UFCG2023-06-28T17:46:16Zoai:localhost:riufcg/27202Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://bdtd.ufcg.edu.br/PUBhttp://dspace.sti.ufcg.edu.br:8080/oai/requestbdtd@setor.ufcg.edu.br || bdtd@setor.ufcg.edu.bropendoar:48512023-06-28T17:46:16Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFCG - Universidade Federal de Campina Grande (UFCG)false |
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A batata-doce (Ipomoea batatas) é uma hortaliça de importância nacional, uma vez que é a quarta hortaliça mais consumida no Brasil com grande adaptação aos diversos sistemas de climas e solos, possuindo baixo custo de produção. Nacionalmente, as regiões Sul e Nordeste destacam-se por serem responsáveis por grande parte da produção do país. Mas atualmente as plantações vêm sofrendo grande perdas com as infeções de patógenos fúngicos, em destaque a espécie Fusarium Oxysporum. Assim, o presente trabalho teve por objetivo fazer um estudo genético da espécie Fusarium Oxysporum f. sp. rapae, pertencente ao grupo do complexo Fusarium Oxysporum, além de produção de primers para diagnostico molecular com o gene LYS2. Com as buscas das sequencias do gene de interesse utilizando a ferramenta blast da plataforma do NCBI, foram selecionadas 15 sequencias para em seguida gerar a árvore filogenética com as sequencias selecionadas e depois desenhar os marcadores para qPCR e os iniciadores da técnica LAMP. Os resultados obtidos da arvore filogenética, com o método de inferência bootstrap, apresentaram bons resultados de similaridades entre as espécies, resultando em uma boa árvore de espécie com representação de topologia histórica das espécies. Os primers desenhados com a plataforma primer3Plus demonstraram serem bons marcadores, atendendo todos os parâmetros e apenas três dos cinco conjuntos de iniciadores desenhados foram selecionados para técnica LAMP. Os protocolos desenvolvidos (in sílico) foram baseados em técnicas moleculares para diagnosticar o F. oxysporum na batata doce, sendo um protocolo para técnica qPCR e outro protocolo para técnica LAMP. |
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