DeterminaÃÃo da estrutura tridimensional de uma lectina de sementes de Canavalia boliviana por cristalografia de raios X

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Tales Rocha de Moura
Data de Publicação: 2009
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFC
Texto Completo: http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=4131
Resumo: Lectinas de plantas sÃo proteÃnas de origem nÃo-imune contendo pelo menos um domÃnio nÃo-catalÃtico, capaz de se ligar especÃfica e reversivelmente a mono ou oligossacarÃdeos, podendo ou nÃo apresentar sÃtios catalÃticos. As lectinas de planta sÃo o grupo mais estudado dessas proteÃnas. Apesar da alta similaridade dos membros da subtribo Diocleinae, apresentam diferenÃas na especificidade a carboidratos e atividades biolÃgicas variadas. A lectina de sementes de Canavalia boliviana foi purificada utilizando cromatografia de afinidade em matriz de Sephadex G-50 e cristalizada por difusÃo de vapor a 293 K. ApÃs otimizaÃÃes bons cristais foram obtidos utilizando a condiÃÃo de 0,1M de HEPES pH 7,5 com 3,0 M de formato de sÃdio. Os cristais apresentavam o grupo espacial monoclÃnico C2, com parÃmetros de cela de a = 126,70 Ã, b = 66,64 Ã, c = 64,99 à e Ãngulos de α = 90,0 β = 120,8 γ = 90,0Â. Observando a presenÃa de um dÃmero na unidade assimÃtrica foi estimada uma concentraÃÃo de 46% de solvente no cristal. A estrutura foi resolvida a 1,6 à usando substituiÃÃo molecular para resolver o problema das fases e as coordenadas da CGL foram utilizadas como modelo. O refinamento foi satisfatÃrio com Rfator e Rfree 17,89 e 20,71 respectivamente e todos os resÃduos de aminoÃcidos se mostraram em regiÃes permitidas no grÃfico de Ramachandran. A estrutura primaria apresentou identidade de 98% com a ConA e outras lectinas do tipo ConA. A estrutura tridimensional se mostrou semelhante com outras estruturas jà descritas, mas algumas diferenÃas foram observadas principalmente em regiÃes de âloopâ. Essas diferenÃas podem ser responsÃveis pelas diferenÃas nas atividades biolÃgicas dessas proteÃnas
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spelling info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisDeterminaÃÃo da estrutura tridimensional de uma lectina de sementes de Canavalia boliviana por cristalografia de raios XDetermination of three-dimensional structure of a lectin from seeds of Canavalia boliviana by X-ray crystallography2009-08-25Benildo Sousa Cavada24242349068http://lattes.cnpq.br/5029704662813380 61770280391http://lattes.cnpq.br/3800272468123048 Tales Rocha de MouraUniversidade Federal do CearÃPrograma de PÃs-GraduaÃÃo em BioquÃmicaUFCBRLectina Canavalia boliviana Raios X Estrutura tridimensionalLectin X-ray Three-dimensional structureBIOQUIMICALectinas de plantas sÃo proteÃnas de origem nÃo-imune contendo pelo menos um domÃnio nÃo-catalÃtico, capaz de se ligar especÃfica e reversivelmente a mono ou oligossacarÃdeos, podendo ou nÃo apresentar sÃtios catalÃticos. As lectinas de planta sÃo o grupo mais estudado dessas proteÃnas. Apesar da alta similaridade dos membros da subtribo Diocleinae, apresentam diferenÃas na especificidade a carboidratos e atividades biolÃgicas variadas. A lectina de sementes de Canavalia boliviana foi purificada utilizando cromatografia de afinidade em matriz de Sephadex G-50 e cristalizada por difusÃo de vapor a 293 K. ApÃs otimizaÃÃes bons cristais foram obtidos utilizando a condiÃÃo de 0,1M de HEPES pH 7,5 com 3,0 M de formato de sÃdio. Os cristais apresentavam o grupo espacial monoclÃnico C2, com parÃmetros de cela de a = 126,70 Ã, b = 66,64 Ã, c = 64,99 à e Ãngulos de α = 90,0 β = 120,8 γ = 90,0Â. Observando a presenÃa de um dÃmero na unidade assimÃtrica foi estimada uma concentraÃÃo de 46% de solvente no cristal. A estrutura foi resolvida a 1,6 à usando substituiÃÃo molecular para resolver o problema das fases e as coordenadas da CGL foram utilizadas como modelo. O refinamento foi satisfatÃrio com Rfator e Rfree 17,89 e 20,71 respectivamente e todos os resÃduos de aminoÃcidos se mostraram em regiÃes permitidas no grÃfico de Ramachandran. A estrutura primaria apresentou identidade de 98% com a ConA e outras lectinas do tipo ConA. A estrutura tridimensional se mostrou semelhante com outras estruturas jà descritas, mas algumas diferenÃas foram observadas principalmente em regiÃes de âloopâ. Essas diferenÃas podem ser responsÃveis pelas diferenÃas nas atividades biolÃgicas dessas proteÃnasLectins are proteins of non immune origin with non-catalytic site that bind reversibly and specific carbohydrates, containing or not a catalytic-site. Plant lectins are the most studied group of carbohydrate binding proteins. Despite the high similarity between the members of the Diocleinae sub tribe (Leguminosae) group, they present different biological activities. Canavalia boliviana lectin (Cbol) was purified using a Sephadex G-50 column and crystallized in the presence of X-Man by hanging-drop vapor diffusion at 293K. After optimizations crystals suitable for diffraction were obtained under the condition 0.1 M HEPES pH 7.5 and 3.0 M sodium formate. The crystal belongs to the monoclinic space group C2, with unit-cell parameters a = 126.70 Ã, b = 66.64 Ã, c = 64.99 à and the angles α = 90.0 β = 120.8 γ = 90.0Â. A complete data set was collected at 1.5 à resolution. Assuming the presence of a dimmer in the asymmetric unit, the solvent content was estimated to be about 46%. The structure was solved at 1.6 à using molecular replacement to solve the phase problem and CGL coordinates was used as model. The refinement was satisfactory Rfactor and Rfree were respectively 17.98 and 20.71 and all amino acids residues were found in allowed regions. The primary structure showed 98% of identity to ConA and others ConA like lectins. The tridimensional structure observed showed high similarity to others already described structures, but some differences could be observed mainly on loop regions. These differences could be responsible for the distinct biological effects of these proteins CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superiorhttp://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=4131application/pdfinfo:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFCinstname:Universidade Federal do Cearáinstacron:UFC2019-01-21T11:17:12Zmail@mail.com -
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