Virtual screeningÂde possÃveis inibidores daÂtrans-enoil-ACP-redutase deÂMycobacterium tuberculosis.

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Sergio Xavier Barbosa AraÃjo
Data de Publicação: 2013
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFC
Texto Completo: http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=10971
Resumo: A tuberculose à uma das principais causas de mortalidade no mundo, porÃm à uma doenÃa negligenciada por ser endÃmica de paÃses em desenvolvimento. Um dos principais pontos de tratamento da tuberculose à a morte do bacilo causador, o Mycobacterium tuberculosis, atravÃs da interrupÃÃo da produÃÃo de Ãcidos micÃlicos, componentes da parede celular do bacilo, usando como um dos alvos a enzima InhA, porÃm esta rota tambÃm à a principal causa de resistÃncia. O presente trabalho se propÃe a estudar a enzima InhA, realizando modelagens in silico de interaÃÃes entre a enzima e ligantes selecionados. Os ligantes estudados fazem parte de duas bibliotecas distintas, sendo uma de compostos orgÃnicos selecionados por sua similaridade com o substrato da enzima. A outra biblioteca à composta de complexos metÃlicos com o nÃcleo pentacianoferrato, variando-se o ligante auxiliar. A justificativa para esta classe de compostos ser utilizada se dà pelo fato de o complexo pentacianoisoniazidaferato (II) ter apresentado atividade anti-tuberculose tanto in vitro como por via oral em ratos. Os ensaios de docking foram realizados utilizando-se duas abordagens, uma completamente rÃgida e outra em que a proteÃna era rÃgida e o ligante era flexÃvel. Ambos os ensaios apresentaram boa correlaÃÃo entre os seus resultados, independentemente da funÃÃo de avaliaÃÃo utilizada. Observou-se que as melhores estruturas em termos de inibiÃÃo possuÃam uma quantidade razoÃvel de interaÃÃes hidrofÃbicas, de modo a manterem-se estÃveis no sÃtio de ligaÃÃo da enzima que possui baixa polaridade.
id UFC_1bb60a1521bb3f3ff2256b21caf256e8
oai_identifier_str oai:www.teses.ufc.br:7495
network_acronym_str UFC
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFC
spelling info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisVirtual screeningÂde possÃveis inibidores daÂtrans-enoil-ACP-redutase deÂMycobacterium tuberculosis.Virtual screening of Mycobacterium tuberculosis trans-enoil-ACP-redutase inhibtors.2013-07-12Luiz Gonzaga de FranÃa Lopes59700920453Pedro de Lima Neto29470293304http://lattes.cnpq.br/2969689646961586Jackson Rodrigues de Sousa41560922320http://lattes.cnpq.br/0168499006683936Carlucio Roberto Alves54822807649http://lattes.cnpq.br/0937331784886630 Francisco das Chagas Alves de Lima7787512539196670347391Sergio Xavier Barbosa AraÃjoUniversidade Federal do CearÃPrograma de PÃs-GraduaÃÃo em QuÃmica UFCBRInhA docking cianoferratos nicotinamidaInhA docking cyanoferrates nicotinamideQUIMICA INORGANICAA tuberculose à uma das principais causas de mortalidade no mundo, porÃm à uma doenÃa negligenciada por ser endÃmica de paÃses em desenvolvimento. Um dos principais pontos de tratamento da tuberculose à a morte do bacilo causador, o Mycobacterium tuberculosis, atravÃs da interrupÃÃo da produÃÃo de Ãcidos micÃlicos, componentes da parede celular do bacilo, usando como um dos alvos a enzima InhA, porÃm esta rota tambÃm à a principal causa de resistÃncia. O presente trabalho se propÃe a estudar a enzima InhA, realizando modelagens in silico de interaÃÃes entre a enzima e ligantes selecionados. Os ligantes estudados fazem parte de duas bibliotecas distintas, sendo uma de compostos orgÃnicos selecionados por sua similaridade com o substrato da enzima. A outra biblioteca à composta de complexos metÃlicos com o nÃcleo pentacianoferrato, variando-se o ligante auxiliar. A justificativa para esta classe de compostos ser utilizada se dà pelo fato de o complexo pentacianoisoniazidaferato (II) ter apresentado atividade anti-tuberculose tanto in vitro como por via oral em ratos. Os ensaios de docking foram realizados utilizando-se duas abordagens, uma completamente rÃgida e outra em que a proteÃna era rÃgida e o ligante era flexÃvel. Ambos os ensaios apresentaram boa correlaÃÃo entre os seus resultados, independentemente da funÃÃo de avaliaÃÃo utilizada. Observou-se que as melhores estruturas em termos de inibiÃÃo possuÃam uma quantidade razoÃvel de interaÃÃes hidrofÃbicas, de modo a manterem-se estÃveis no sÃtio de ligaÃÃo da enzima que possui baixa polaridade.Tuberculosis is found among the main causes of mortality in the World, although is a neglected disease since it is endemic in developing countries. The main route of therapy of tuberculosis is the inhibition of InhA, enzyme that catalyses the production of mycolic acids, which is a component of bacillus cellular wall. This reaction also is the main point of resistance against TB drugs. In this work proposed the study of InhA enzyme, working specifically in silico modeling of enzyme-ligant interactions. These ligands distinguish themselves between two distinct libraries, one of them containing organic compounds selected by its structural similarity with the enzyme substrate, NADH. Due in vitro and orally activity in murine model against tuberculosis exhibited by the compound pentacianoisoniazideferrate (II), another library, containing the pentacianoferrate II moiety bind to an auxiliary ligand studied against que InhA target. The essays realized using ligand rigid and flexible docking both, although the protein always considered rigid. Both essays had acceptable correlation within its results, regardless the scoring function used. The leading inhibitors structures had in common a high stabilization of ligand-enzyme complex due hydrophobic interactions, something expected due polarity of the enzyme binding sitenÃo hÃhttp://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=10971application/pdfinfo:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFCinstname:Universidade Federal do Cearáinstacron:UFC2019-01-21T11:24:13Zmail@mail.com -
dc.title.pt.fl_str_mv Virtual screeningÂde possÃveis inibidores daÂtrans-enoil-ACP-redutase deÂMycobacterium tuberculosis.
dc.title.alternative.en.fl_str_mv Virtual screening of Mycobacterium tuberculosis trans-enoil-ACP-redutase inhibtors.
title Virtual screeningÂde possÃveis inibidores daÂtrans-enoil-ACP-redutase deÂMycobacterium tuberculosis.
spellingShingle Virtual screeningÂde possÃveis inibidores daÂtrans-enoil-ACP-redutase deÂMycobacterium tuberculosis.
Sergio Xavier Barbosa AraÃjo
InhA
docking
cianoferratos
nicotinamida
InhA
docking
cyanoferrates
nicotinamide
QUIMICA INORGANICA
title_short Virtual screeningÂde possÃveis inibidores daÂtrans-enoil-ACP-redutase deÂMycobacterium tuberculosis.
title_full Virtual screeningÂde possÃveis inibidores daÂtrans-enoil-ACP-redutase deÂMycobacterium tuberculosis.
title_fullStr Virtual screeningÂde possÃveis inibidores daÂtrans-enoil-ACP-redutase deÂMycobacterium tuberculosis.
title_full_unstemmed Virtual screeningÂde possÃveis inibidores daÂtrans-enoil-ACP-redutase deÂMycobacterium tuberculosis.
title_sort Virtual screeningÂde possÃveis inibidores daÂtrans-enoil-ACP-redutase deÂMycobacterium tuberculosis.
author Sergio Xavier Barbosa AraÃjo
author_facet Sergio Xavier Barbosa AraÃjo
author_role author
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Luiz Gonzaga de FranÃa Lopes
dc.contributor.advisor1ID.fl_str_mv 59700920453
dc.contributor.referee1.fl_str_mv Pedro de Lima Neto
dc.contributor.referee1ID.fl_str_mv 29470293304
dc.contributor.referee1Lattes.fl_str_mv http://lattes.cnpq.br/2969689646961586
dc.contributor.referee2.fl_str_mv Jackson Rodrigues de Sousa
dc.contributor.referee2ID.fl_str_mv 41560922320
dc.contributor.referee2Lattes.fl_str_mv http://lattes.cnpq.br/0168499006683936
dc.contributor.referee3.fl_str_mv Carlucio Roberto Alves
dc.contributor.referee3ID.fl_str_mv 54822807649
dc.contributor.referee3Lattes.fl_str_mv http://lattes.cnpq.br/0937331784886630
dc.contributor.referee4.fl_str_mv Francisco das Chagas Alves de Lima
dc.contributor.referee4ID.fl_str_mv 77875125391
dc.contributor.authorID.fl_str_mv 96670347391
dc.contributor.author.fl_str_mv Sergio Xavier Barbosa AraÃjo
contributor_str_mv Luiz Gonzaga de FranÃa Lopes
Pedro de Lima Neto
Jackson Rodrigues de Sousa
Carlucio Roberto Alves
Francisco das Chagas Alves de Lima
dc.subject.por.fl_str_mv InhA
docking
cianoferratos
nicotinamida
topic InhA
docking
cianoferratos
nicotinamida
InhA
docking
cyanoferrates
nicotinamide
QUIMICA INORGANICA
dc.subject.eng.fl_str_mv InhA
docking
cyanoferrates
nicotinamide
dc.subject.cnpq.fl_str_mv QUIMICA INORGANICA
dc.description.sponsorship.fl_txt_mv nÃo hÃ
dc.description.abstract.por.fl_txt_mv A tuberculose à uma das principais causas de mortalidade no mundo, porÃm à uma doenÃa negligenciada por ser endÃmica de paÃses em desenvolvimento. Um dos principais pontos de tratamento da tuberculose à a morte do bacilo causador, o Mycobacterium tuberculosis, atravÃs da interrupÃÃo da produÃÃo de Ãcidos micÃlicos, componentes da parede celular do bacilo, usando como um dos alvos a enzima InhA, porÃm esta rota tambÃm à a principal causa de resistÃncia. O presente trabalho se propÃe a estudar a enzima InhA, realizando modelagens in silico de interaÃÃes entre a enzima e ligantes selecionados. Os ligantes estudados fazem parte de duas bibliotecas distintas, sendo uma de compostos orgÃnicos selecionados por sua similaridade com o substrato da enzima. A outra biblioteca à composta de complexos metÃlicos com o nÃcleo pentacianoferrato, variando-se o ligante auxiliar. A justificativa para esta classe de compostos ser utilizada se dà pelo fato de o complexo pentacianoisoniazidaferato (II) ter apresentado atividade anti-tuberculose tanto in vitro como por via oral em ratos. Os ensaios de docking foram realizados utilizando-se duas abordagens, uma completamente rÃgida e outra em que a proteÃna era rÃgida e o ligante era flexÃvel. Ambos os ensaios apresentaram boa correlaÃÃo entre os seus resultados, independentemente da funÃÃo de avaliaÃÃo utilizada. Observou-se que as melhores estruturas em termos de inibiÃÃo possuÃam uma quantidade razoÃvel de interaÃÃes hidrofÃbicas, de modo a manterem-se estÃveis no sÃtio de ligaÃÃo da enzima que possui baixa polaridade.
dc.description.abstract.eng.fl_txt_mv Tuberculosis is found among the main causes of mortality in the World, although is a neglected disease since it is endemic in developing countries. The main route of therapy of tuberculosis is the inhibition of InhA, enzyme that catalyses the production of mycolic acids, which is a component of bacillus cellular wall. This reaction also is the main point of resistance against TB drugs. In this work proposed the study of InhA enzyme, working specifically in silico modeling of enzyme-ligant interactions. These ligands distinguish themselves between two distinct libraries, one of them containing organic compounds selected by its structural similarity with the enzyme substrate, NADH. Due in vitro and orally activity in murine model against tuberculosis exhibited by the compound pentacianoisoniazideferrate (II), another library, containing the pentacianoferrate II moiety bind to an auxiliary ligand studied against que InhA target. The essays realized using ligand rigid and flexible docking both, although the protein always considered rigid. Both essays had acceptable correlation within its results, regardless the scoring function used. The leading inhibitors structures had in common a high stabilization of ligand-enzyme complex due hydrophobic interactions, something expected due polarity of the enzyme binding site
description A tuberculose à uma das principais causas de mortalidade no mundo, porÃm à uma doenÃa negligenciada por ser endÃmica de paÃses em desenvolvimento. Um dos principais pontos de tratamento da tuberculose à a morte do bacilo causador, o Mycobacterium tuberculosis, atravÃs da interrupÃÃo da produÃÃo de Ãcidos micÃlicos, componentes da parede celular do bacilo, usando como um dos alvos a enzima InhA, porÃm esta rota tambÃm à a principal causa de resistÃncia. O presente trabalho se propÃe a estudar a enzima InhA, realizando modelagens in silico de interaÃÃes entre a enzima e ligantes selecionados. Os ligantes estudados fazem parte de duas bibliotecas distintas, sendo uma de compostos orgÃnicos selecionados por sua similaridade com o substrato da enzima. A outra biblioteca à composta de complexos metÃlicos com o nÃcleo pentacianoferrato, variando-se o ligante auxiliar. A justificativa para esta classe de compostos ser utilizada se dà pelo fato de o complexo pentacianoisoniazidaferato (II) ter apresentado atividade anti-tuberculose tanto in vitro como por via oral em ratos. Os ensaios de docking foram realizados utilizando-se duas abordagens, uma completamente rÃgida e outra em que a proteÃna era rÃgida e o ligante era flexÃvel. Ambos os ensaios apresentaram boa correlaÃÃo entre os seus resultados, independentemente da funÃÃo de avaliaÃÃo utilizada. Observou-se que as melhores estruturas em termos de inibiÃÃo possuÃam uma quantidade razoÃvel de interaÃÃes hidrofÃbicas, de modo a manterem-se estÃveis no sÃtio de ligaÃÃo da enzima que possui baixa polaridade.
publishDate 2013
dc.date.issued.fl_str_mv 2013-07-12
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
status_str publishedVersion
format doctoralThesis
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=10971
url http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=10971
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal do CearÃ
dc.publisher.program.fl_str_mv Programa de PÃs-GraduaÃÃo em QuÃmica
dc.publisher.initials.fl_str_mv UFC
dc.publisher.country.fl_str_mv BR
publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal do CearÃ
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFC
instname:Universidade Federal do Ceará
instacron:UFC
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFC
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFC
instname_str Universidade Federal do Ceará
instacron_str UFC
institution UFC
repository.name.fl_str_mv -
repository.mail.fl_str_mv mail@mail.com
_version_ 1643295182422016000