Avaliação de alterações moleculares em pacientes com Câncer Colorretal (CCR) e aplicabilidade na técnica de Biópsia Líquida

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Bianca Gomes Fernandes
Data de Publicação: 2022
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFMG
Texto Completo: http://hdl.handle.net/1843/55723
Resumo: Colorectal cancer (CRC) is one of the leading causes of morbidity and mortality worldwide. Detection prior to metastasis and ppropriate therapeutic application lead to greater patient survival and quality of life. However, the diagnosis and postoperative surveillance are surrounded by limitations, which contribute to the high computed mortality. The detection of genetic biomarkers and their better applicability in practice are influential factors that contribute to favorable clinical outcomes. To better understand the molecular basis associated with colorectal cancer, we investigated KRAS, NRAS, BRAF, EGFR and TP53 genes in the DNA of tumor and healthy cells using Sanger sequencing. The most frequent alteration, present only in the tumor DNA (somatic), was used to investigate, by Digital PCR (ddPCR), the detection and analysis of circulating tumor DNA (ctDNA) in the plasma. Altogether, 42 subjects made up the study, most of them male (59.5%), with a mean age of 63 years (SD: 10.0; min: 41; max: 83) and tumors located in the right colon ( 21.4%). transversal (2.4%), left (4.8%), sigmoid (33.3%) and straight (38.1%). Germline and somatic allelic variants were found in the KRAS, EGFR and TP53 genes. The most frequent somatic alteration in the study was rs121913529, which showed a statistically significant association with alcohol consumption (p = 0.002). Also involving somatic alterations, it was observed that patients with a somatic mutation in TP53 are ten times more likely to die, compared with the chance of those without a mutation in this tumor suppressor gene (OR 11.2; 95% CI 1.25 - 245). The applicability of these somatic changes in the liquid biopsy technique was demonstrated by the positivity of rs121913529 in plasma ctDNA by ddPCR. Therefore, the results obtained expand the understanding of the molecular basis of CRC and present an optimization of the liquid biopsy technique, timely for clinical practice.
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To better understand the molecular basis associated with colorectal cancer, we investigated KRAS, NRAS, BRAF, EGFR and TP53 genes in the DNA of tumor and healthy cells using Sanger sequencing. The most frequent alteration, present only in the tumor DNA (somatic), was used to investigate, by Digital PCR (ddPCR), the detection and analysis of circulating tumor DNA (ctDNA) in the plasma. Altogether, 42 subjects made up the study, most of them male (59.5%), with a mean age of 63 years (SD: 10.0; min: 41; max: 83) and tumors located in the right colon ( 21.4%). transversal (2.4%), left (4.8%), sigmoid (33.3%) and straight (38.1%). Germline and somatic allelic variants were found in the KRAS, EGFR and TP53 genes. The most frequent somatic alteration in the study was rs121913529, which showed a statistically significant association with alcohol consumption (p = 0.002). Also involving somatic alterations, it was observed that patients with a somatic mutation in TP53 are ten times more likely to die, compared with the chance of those without a mutation in this tumor suppressor gene (OR 11.2; 95% CI 1.25 - 245). The applicability of these somatic changes in the liquid biopsy technique was demonstrated by the positivity of rs121913529 in plasma ctDNA by ddPCR. Therefore, the results obtained expand the understanding of the molecular basis of CRC and present an optimization of the liquid biopsy technique, timely for clinical practice.O câncer colorretal (CCR) é um dos principais responsáveis pelas causas de morbidade e mortalidade no mundo. De forma majoritária, a detecção prévia à metástase e aplicação terapêutica adequada conduzem para maior sobrevida e qualidade de vida dos pacientes. Contudo, o diagnóstico e a vigilância pós-operatória são circundados por limitações, que confluem para a alta mortalidade computada. A detecção de biomarcadores genéticos e melhor aplicabilidade deles na prática são fatores influentes, que contribuem para desfechos clínicos favoráveis. Para entender melhor as bases moleculares associadas ao CCR, investigou-se os genes KRAS, NRAS, BRAF, EGFR e TP53 no DNA de células tumorais e saudáveis, por meio de sequenciamento de Sanger. A alteração mais frequente, presente apenas no DNA tumoral (somática), foi utilizada para averiguar, a partir de PCR Digital (ddPCR), a detecção e análise do DNA tumoral circulante (ctDNA) no plasma. Ao todo, 42 indivíduos compuseram o estudo, sendo eles, majoritariamente, do gênero masculino (59,5%), com idade média de 63 anos (DP: 10,0; mín: 41; máx: 83) e tumores localizados no cólon ascendente (21,4%), transverso (2,4%), descendente (4,8%), sigmóide (33,3%) e no reto (38,1%). Variantes alélicas germinativas e somáticas foram encontradas nos exons KRAS, EGFR e TP53. A alteração somática mais frequente do estudo foi a rs121913529 (KRAS - G12V, G12A e G13D) que demonstrou associação estatisticamente significativa com o etilismo (p = 0,002). Também envolvendo alterações somáticas, observou-se que pacientes com mutação somática em TP53 possuem dez vezes maior chance de irem a óbito, em comparação com a chance daqueles sem mutação nesse gene supressor de tumor (OR 11,2; IC 95% 1,25 - 245). A aplicabilidade dessas alterações somáticas na técnica de biópsia líquida foi demonstrada pela positividade da rs121913529 no ctDNA plasmático, por ddPCR. Por conseguinte, os resultados obtidos ampliam a compreensão das bases moleculares do CCR e apresentam uma otimização da técnica de biópsia líquida, oportuna à prática clínica.CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorUniversidade Federal de Minas GeraisBrasilMEDICINA - FACULDADE DE MEDICINAPrograma de Pós-Graduação em Medicina MolecularUFMGLuciana Bastos Rodrigueshttp://lattes.cnpq.br/5505552571759184Bianca Gomes Fernandes2023-07-04T12:17:33Z2023-07-04T12:17:33Z2022-02-25info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/1843/55723porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFMGinstname:Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)instacron:UFMG2023-07-04T12:17:33Zoai:repositorio.ufmg.br:1843/55723Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufmg.br/oairepositorio@ufmg.bropendoar:2023-07-04T12:17:33Repositório Institucional da UFMG - Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)false
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description Colorectal cancer (CRC) is one of the leading causes of morbidity and mortality worldwide. Detection prior to metastasis and ppropriate therapeutic application lead to greater patient survival and quality of life. However, the diagnosis and postoperative surveillance are surrounded by limitations, which contribute to the high computed mortality. The detection of genetic biomarkers and their better applicability in practice are influential factors that contribute to favorable clinical outcomes. To better understand the molecular basis associated with colorectal cancer, we investigated KRAS, NRAS, BRAF, EGFR and TP53 genes in the DNA of tumor and healthy cells using Sanger sequencing. The most frequent alteration, present only in the tumor DNA (somatic), was used to investigate, by Digital PCR (ddPCR), the detection and analysis of circulating tumor DNA (ctDNA) in the plasma. Altogether, 42 subjects made up the study, most of them male (59.5%), with a mean age of 63 years (SD: 10.0; min: 41; max: 83) and tumors located in the right colon ( 21.4%). transversal (2.4%), left (4.8%), sigmoid (33.3%) and straight (38.1%). Germline and somatic allelic variants were found in the KRAS, EGFR and TP53 genes. The most frequent somatic alteration in the study was rs121913529, which showed a statistically significant association with alcohol consumption (p = 0.002). Also involving somatic alterations, it was observed that patients with a somatic mutation in TP53 are ten times more likely to die, compared with the chance of those without a mutation in this tumor suppressor gene (OR 11.2; 95% CI 1.25 - 245). The applicability of these somatic changes in the liquid biopsy technique was demonstrated by the positivity of rs121913529 in plasma ctDNA by ddPCR. Therefore, the results obtained expand the understanding of the molecular basis of CRC and present an optimization of the liquid biopsy technique, timely for clinical practice.
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