Vigilância genômica de variantes de SARS-CoV-2 no estado de Minas Gerais – Brasil

• Autor(a) principal: Hugo José Alves
• Data de Publicação: 2022
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFMG
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/1843/51204; https://orcid.org/ 0000-0003-1450-0148
• topic: COVID-19; Gama; Minas Gerais; SARS-CoV-2; Vigilância; Genômica; Covid-19; Vírus da SARS

A doença do Coronavírus 2019 (COVID-19) é causada pelo vírus da Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). A COVID-19 foi primeiramente identificada em dezembro de 2019 na cidade de Wuhan, China, em um grupo de pacientes com pneumonia até então de causa desconhecida. No Brasil, o primeiro caso suspeito de COVID-19 foi reportado em 27 de janeiro de 2020 e o primeiro caso confirmado por membros do nosso grupo de pesquisa foi em 26 de fevereiro de 2020, em São Paulo, de um paciente que retornou da Itália. As manifestações clínicas da COVID-19 são diversas, indo de sintomas leves a quadros graves. A gravidade dos sintomas pode variar desde os sintomas clássicos febris respiratórios até uma pneumonia viral grave com insuficiência respiratória potencialmente fatal. Logo que a pandemia de COVID-19 mostrou altos números de contágios por todo mundo, começaram a ser desenvolvidas e testadas vacinas que pudessem erradicar a pandemia. O SARS-CoV-2 tem um genoma de RNA de fita positiva de aproximadamente 30.000 bases de comprimento. Sua estrutura genômica é compartilhada com outros β-coronavírus e possui seis janelas abertas de leitura funcionais (ORFs) que são organizadas em ordem de 5' a 3', respectivamente: replicase (ORF1a / ORF1b), spike (S), envelope (E), membrana (M) e nucleocapsídeo (N). A proteína spike (S) é responsável pela interação do envelope viral com o receptor celular ACE2 e o processo de entrada do vírus. Mutações nessa região podem alterar a transmissibilidade do vírus, bem como, a neutralização por anticorpos gerados pelos programas de vacinação. A vigilância genômica viral, pode ser usada por órgãos de saúde pública no controle e prevenção da transmissão, além de identificar regiões críticas para reforço de estruturas hospitalares e vacinação. Nesta dissertação, propomos avaliar a distribuição das linhagens de SARS-CoV-2 através de um programa de vigilância genômica viral e suas consequências no cenário epidemiológico da COVID-19 no estado de Minas Gerais. No capítulo I apresentamos o desenvolvimento e padronização de uma metodologia rápida e eficaz de identificação das variantes de SARS-CoV-2, através da genotipagem das mutações virais definidoras das principais linhagens por PCR em tempo real. Essa metodologia foi eficaz e sensível na identificação das variantes de SARS-CoV-2 confirmada pelo sequenciamento do genoma completo viral o que nos permitiu o estabelecimento do Observatório de Vigilância Genômica – OviGen coordenado pelo nosso grupo de pesquisa em parceria com a Secretaria de Saúde de MG (SES-MG), Prefeitura de Belo Horizonte (PBH) e Fundação Ezequiel Dias (FUNED). No capítulo II, apresentamos os resultados do OviGen através do estudo retrospectivo de base populacional para uma vigilância genômica de variantes do SARS-CoV-2 nas 28 Unidades Regionais de Saúde de MG, no período de março a abril de 2021, período de maior registro de números de casos e óbitos e aumento da prevalência de variantes como Alfa, Gama e Zeta. Também foi possível a identificação de outras variantes, com menor frequência de circulação, que foram classificadas como “outras” linhagens pela genotipagem e confirmadas como variantes B.1.35, B1.1.28, P.4, P.5 e P.7 pelo sequenciamento de genoma completo. Utilizando estratégias de filogenia e filogeografia demonstramos a introdução da VOC Gama no estado de MG na data 07 de janeiro de 2021 e sua dispersão no estado de MG a partir da região sudeste, fronteira com Rio de Janeiro, alcançando cerca de 100% dos casos de infecção por COVID-19 em 27 semanas (julho de 2021). Os nossos resultados demonstraram o aumento da carga viral média entre os pacientes infectados com a variante gama confirmando o impacto da introdução desta VOC e consequente aumento nas taxas de transmissão e severidade de casos de COVID-19, reforçando a importância dos estudos de vigilância genômica viral no controle e transmissão da pandemia.