Vigilância genômica para SARS-CoV-2 como ferramenta para monitorizar entradas de variantes: o município de Apodi-RN como modelo

• Autor(a) principal: Freire Neto, Francisco Paulo [UNIFESP]
• Data de Publicação: 2022
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UNIFESP
• Texto Completo: https://repositorio.unifesp.br/11600/65625
• topic: COVID-19; SARS-CoV-2; Vigilância Genômica

Objetivos: O estudo teve como objetivo geral avaliar os aspectos moleculares do SARS-CoV-2 e as características clínicas da COVID-19 em Apodi, Rio Grande do Norte, para entender a dinâmica do vírus, as entradas de variantes e a evolução clínica pós-infeccção em uma população previamente naive. O município de Apodi foi utilizado como modelo para avaliar a circulação viral e as implicações da pandemia por tido sua população monitorizada e testada para Sars-CoV-2. Métodos: Foram avaliadas pessoas com sintomas gripais que procuraram o Centro de Combate a COVID-19 no município de Apodi, no período de abril de 2020 a julho de 2021, os quais tiveram amostras de material nasal coletado para realização de RT-qPCR para SARS-CoV-2. No período de agosto de 2021 a fevereiro de 2022 a maioria das pessoas foi avaliada por testes rápidos de antígenos. Dados clínicos foram analisados. A fim de identificar as linhagens circulantes no município, a cada mês, 5 amostras de SARS-CoV-2 foram selecionadas e sequenciadas respeitando dois requisitos básicos: 1) indivíduos geograficamente distantes entre si e 2) Cts (threshold cycle) menores que 30. Análises filogenéticas e filodinâmicas das sequências foram avaliadas. Resultados e discussão: Um total de 7840 pessoas foram testadas por RT-qPCR, das quais 3391 (43%) foram positivas para SARS-CoV-2, no período de abril de 2020 a julho de 2021 e 7397 testes de rápidos de antígenos foram realizados no período de agosto de 2021 a 10 de fevereiro de 2022, das quais 2205 foram anti-SARS-CoV-2 reagentes. Os meses de maio de 2021 e de janeiro de 2022 apresentaram o maior número de óbitos e de casos da COVID-19, respectivamente. Esses dados sugerem fortemente que o progresso da vacinação proporcionou um declínio acentuado no número de óbitos. Como observado em janeiro de 2022, o pico da doença não foi acompanhado por um elevado número de mortes, pois cerca de 85% da população já se encontrava vacinada, o que não se observava em maio de 2021, quando apenas 10% da população Apodiense com pelo menos uma dose de vacina. Diferenças na sintomatologia também foram observadas durante esses dois períodos, sendo os casos de gravidade evidenciados majoritariamente nos indivíduos antes da vacinação. Análise genômica do vírus mostrou que 14 linhagens foram introduzidas no município, sendo a linhagem P.1 (VOC gamma) a que apresentou a maior incidência. Houve um padrão múltiplo na inserção das variantes acompanhando o comportamento para outras localidades no Brasil e nos demais países do mundo. A VOC Delta foi identificada no mês de julho, entretanto não houve um aumento no número de casos nos meses seguintes. A entrada da P.1 está associada ao aumento no número de casos e de óbitos. Essa variante se mostrou rapidamente a mais prevalente, ficando em torno de 80% dentre as amostras testadas. Além disso, foi visto que as amostras positivas para P.1 mostraram uma capacidade de infecção cerca de 10x maior que as variantes que a precederam, bem como uma capacidade de causar óbitos em indivíduos mais jovens. Conclusões: A entrada da variante P.1 precedeu o aumento no número de casos e de óbitos no decurso de fevereiro de 2021 a junho de 2021 e sua análise filogenética mostrou que a mesma apresentou um padrão de inserção múltiplo na cidade. Em seguida, verificou-se também a entrada das variantes Delta e Ômicron. Apesar de tais variantes apresentarem um alto índice de transmissibilidade, a variante Ômicron destacou-se por promover um recorde no número de casos os quais não foram incididos sobre o número de óbitos, com a maioria dos indivíduos apresentando sintomas leves no trato respiratório superior. Esses dados refletem o papel relevante da proteção vacinal ao longo do ano de 2021. A entrada de variantes, bem como as mutações às quais os vírus estão sujeitos, conforme os estudos realizados em Apodi, mostram a magnitude do problema para controle da disseminação viral. O entendimento, além da antecipação desses eventos, pode ajudar nas estratégias de controle da disseminação do SARS-CoV-2 para ter-se uma chance de evitar a endemização deste vírus. Todos esses dados reforçam ainda mais a importância da vigilância genômica no combate e controle de doenças infecto-contagiosas e o seu potencial para compreender a biologia viral, contribuindo assim para o melhoramento e o desenvolvimento de vacinas e de novos antivirais