SIMBA: uma ferramenta Web para gerenciamento de montagens de genomas bacterianos

• Autor(a) principal: Diego César Batista Mariano
• Data de Publicação: 2015
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFMG
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/1843/BUBD-A3QNAQ
• topic: SIMBA; Sequenciamento; NGS; Montagem de genomas; Webtool; Bioinformática

A evolução das plataformas de sequenciamento em larga escala vem reduzindo o tempo gasto para o processo de decodificação do DNA a um custo reduzido. Porém, os sequenciadores possuem algumas limitações, como por exemplo, o tamanho máximo dos fragmentos de DNA que são capazes de ler. O que leva a necessidade de fragmentar o DNA em pequenos pedaços antes do sequenciamento, sendo necessário, após essa etapa, reordenar os fragmentos lidos (leituras) de forma que se possa representar o genoma original. Esse processo, conhecido como montagem de genomas, pode ser caracterizado pela sua complexidade e dependência pelas limitações dos sequenciadores, o que evidencia a necessidade do uso de diversos programas computacionais. Nos últimos anos, diversas estratégias para montagem de genomas foram propostas, mas ainda não existe um consenso sobre qual a melhor abordagem. Nesse contexto, propõe-se um pipeline para montagem de genomas bacterianos, que será gerenciado por uma aplicação Web com interface amigável denominada SIMBA (Simple Manager for Bacterial Assemblies). Para avaliar sua performance foram feitas as montagens das linhagens Corynebacterium pseudotuberculosis 1002 (originalmente sequenciada nas plataformas 454 Roche e Sanger) e Corynebacterium pseudotuberculosis 258 (originalmente sequenciada na plataforma SOLiD v3) através de cinco diferentes softwares: Mira3, Mira4, Minia, Newbler e SPAdes. Ambas as linhagens foram ressequenciadas com bibliotecas de fragmentos simples de tamanho aproximado a 200pb na plataforma de semicondutores Ion PGM. Após a montagem, escolheu-se um dos cinco resultados para etapa de fechamento de gaps através de duas abordagens: baseada em referência e baseada em mapeamento óptico. Por fim, observou-se que a ferramenta SIMBA permitiu uma rápida e fácil execução do processo de montagem e curadoria dos genomas. O download da ferramenta foi disponibilizado no website: <http://ufmg-simba.sourceforge.net>.