Avaliação da performance de ferramentas de alinhamento de sequências curtas na análise da diversidade genética do complexo NKG2

• Autor(a) principal: Santos, Layla Nechy Rodrigues dos
• Data de Publicação: 2023
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UNESP
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/11449/239624
• topic: NKG2; HLA; NGS; Alinhamento de sequências (bioinformática); Bioinformática

As células Natural Killer (NK) são células com capacidade citolítica e fazem parte do sistema imunológico inato. A atividade das células NK é regulada por uma série de receptores de superfície, que incluem os receptores da família NKG2. Os receptores NKG2 possuem ação inibitória ou ativadora, a depender de sua conformação e de seus ligantes. Os principais ligantes dos receptores NKG2 são as moléculas do Sistema de Antígenos Leucocitários Humano (HLA) expressas na maioria das células somáticas. Os genes que codificam os receptores NKG2 são codificados em um cluster no cromossomo 12 e apresentam elevada similaridade entre si. Esta similaridade de sequência, alinhada com a provável presença de polimorfismos, pode prejudicar o alinhamento de sequências originadas em estudos de sequenciamento de segunda geração, ou NGS. Neste estudo, avaliamos a capacidade dos alinhadores tradicionais, como o BWA MEM, de alinhar corretamente sequências oriundas dos genes NKG2, por meio de simulação de sequenciamentos do tipo paired-end e rastreamento do local de alinhamento de cada read e do gene que deu origem a esta sequência. Os resultados apontam problemas de alinhamento principalmente nos genes KLRC2/NKG2C e KLCR3/NKG2E (alinhamento cruzado) e KLRC4/NKG2F (perda de reads). Portanto, para uma correta genotipagem desses genes, será necessário utilizar uma metodologia que considera todas as sequências conhecidas para cada gene (alinhamento multi-referenciado), assim como a utilizada para os genes HLA.