Análise genômica comparativa de uma linhagem de Klebsiella pneumoniae multirresistente recentemente isolada de um paciente no Brasil

• Autor(a) principal: Rodrigo Profeta Silveira Santos
• Data de Publicação: 2018
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFMG
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/1843/BUOS-B5PHBU
• topic: Patógenos Multiresistentes; Multilocus Sequence Type; Genômica Comparativa; Average Nucleotide Identity; Bioinformática

Klebsiella pneumoniae é uma bactéria Gram-negativa, sem motilidade, em forma de bastonete e encapsulada, que habita vários nichos ecológicos, variando do solo à água. É também um dos patógenos humanos mais importantes, emergindo como agente de graves infecções. Uma análise abrangente do genoma desse microrganismo tem o potencial de fornecer uma melhor compreensão das bases moleculares de sua virulência e patogênese, contribuindo para novas formas de controle da doença. Neste estudo, sequenciamos o genoma de uma linhagem de K. pneumoniae multirresistente, denominada B31, que foi isolada do lavado broncoalveolar de uma paciente admitida em uma unidade de terapia intensiva, no Brasil. As sequências de DNA obtidas da linhagem B31, a partir do sequenciamento Illumina, foram montadas usando uma abordagem ab initio, resultando em um cromossomo de 5,27 Mb. Um multireplicon (IncFIIk / IncFIBk), provavelmente pertencente a um plasmídeo conjugativo, e um replicon IncI1, que pertence a um segundo plasmídeo, foram encontrados usando a ferramenta PlasmidFinder. Comparações genômicas foram conduzidas entre a linhagem B31, outro isolado clínico do Brasil (Kp13), e outros 171 isolados clínicos cujas sequências completas foram recuperadas do banco de dados do NCBI. B31 foi encontrada como sendo pertencente ao Sequence type 15 (ST15), um dos 52 STs encontrados dentre as 173 linhagens analisadas. A busca por genes de resistência revelou que todas as linhagens selecionadas contêm pelo menos um gene codificante de beta-lactamase de espectro estreito (bla). Análises comparativas adicionais foram conduzidas com 44 linhagens representativas de K. pneumoniae, escolhidas com base em resultados filogenômicos e caracterização por MLST. A identificação dos genomas central e acessório foi realizada para caracterizar a conexão entre todas as linhagens analisadas. Este estudo fornece informações genômicas que podem ser úteis para auxiliar na identificação de novas drogas e no desenvolvimento de vacinas contra esse patógeno com implicações na saúde pública.