Estrutura populacional e diversidade de variações em número de cópias (CNVs) de genes do sistema imune em populações nativas da América do Sul

• Autor(a) principal: Luciana Werneck Zuccherato
• Data de Publicação: 2012
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFMG
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/1843/BUOS-94NH77
• topic: Genética; Sistema Imune; Nativos; América do Sul Nativos; Genética; Genética de populações

Regiões variáveis em número de cópias (CNVRS) são formalmente definidas como segmentos de DNA que variam de um kilobase a vários megabases de tamanho e apresentam variações em número de cópias em relação a uma sequência referência, cujo valor usual de cópias é 2. Essas regiões representam uma parte significativa da variação genética humana, onde os graus de diversidade global e os padrões de estrutura genética se assemelham ao observ/ado em análises de polimorfismos de nucleotídeo único (Single Nucleotide Polymorphisms, SNPS). Podem estar presentes em regiões genômicas que envolvem genes sensíveis a dosagem, cujos impactos funcionais são responsáveis pelas associações entre variantes de número de cópias (CNVS) raras e comuns e uma variedade de doenças genéticas complexas. No presente trabalho nos propusemos a estimar a diversidade de genes que apresentam variação de número de cópias no genoma de populações nativas, cuja amostragem e sempre sub-representada nos grandes estudos genéticos e imitada às populações disponíveis no painel comercia HGDP-CEPH. Analisamos a distribuição de frequência de CNVS muticópias do cluster de beta defensinas, genes CCL3L1/CCL4L1, FCGR3A, FCGR3B e FCGR2C e as variantes alélicas FCGR3B-HNA1a/1b, FCGR2C-Q57X e Clado I e II do gene DEFB103, em um grande conjunto de amostras autóctones de nativos americanos peruanos das populações de Ashaninka, Monte Carmelo, Shimaa e Quéchua, utilizando o técnica de Paralogue Ratio Test. Os resultados foram comparados com dados disponíveis na literatura para se investigar a existência de distribuições diferenciais de diplótipos em nativos sul-americanos, e acrescentar novas informações sobre a diversidade genética de CNVS do continente. Os resultados mostraram que os ameríndios tendem a apresentar uma maior frequência de eventos de deleções no gene FCGR3B, um aumento da frequência do alótipo FCGR3B-HNA1a, assim como de duplicações do número de cópias da região CCL3L1/CCL4L1. Especialmente, a população Shimaa mostra uma maior frequência do diplótipo 7 cópias na região de beta-defensinas. Estes resultados representam possíveis impactos funcionais dos genes envolvidos na resposta imunológica destas populações apresentadas no contexto evolutivo da diversidade genômica gobal, com futuras implicações para estudos epidemiológicos de suscetibilidade a doenças autoimunes e infecciosas.