Genética de populações e inferências sobre a história demográfica de populações nativas sul-americanas

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Main Author: Marilia de Oliveira Scliar
Publication Date: 2012
Format: Doctoral thesis
Language: por
Source: Repositório Institucional da UFMG
Download full: http://hdl.handle.net/1843/BUOS-8WYKCW
Summary: No presente trabalho, geramos, pela primeira vez, dados de ressequenciamento de 10 regiões autossômicas não codificantes (~20000 pb) em 10 indivíduos da maior população andina, os Quechuas, e em 10 indivíduos de uma população machiguenga (comunidade Shimaa) localizada na região conhecida como Selva Alta peruana. Esta ê uma região de transição geográfica entre os Andes e a Amazônia, e por isso, pensamos que suas populações poderiam ser bons alvos na tentativa de elucidar possíveis direções de migraçãoe povoamento entre o Oeste e o Leste do continente.Nós utilizamos duas metodologias bayesianas para inferir os parâmetros de um modelo de isolamento com migração entre populações nativas americanas e entre populações nativas americanas e asiáticas. Uma das metodologias é baseada no cálculo daverossimilhança utilizando simulações IVICIVIC para aproximar uma probabilidade a posteriori (programa IIVI). A outra é o método ABC (Approximate Bayesian Computation, que utilizamos apenas para o modelo de isolamento com migração entre as populaçõesQuechua e Shimaa) que ao invés de calcular a verossimilhança de um dado modelo, aproxima a probabilidade a posteriori através da comparação de estatísticas sumárias estimadas para os dados observados com as estatísticas sumárias computadas para dadossimulados de um determinado modelo (no caso, o modelo de isolamento com migração). Nossos resultados identificaram uma alta diversidade na população Quechua, comparável com a de populações europeias, e uma pequena diversidade nos Shimaas, sendo que esta parece ser uma subamostra da diversidade dos Quechuas. Além disso,estimamos que quando da divergência entre as populações Ouechua e Shimaa, 95% da população ancestral deu origem aos Queohuas, que se manteve até o presente com um grande tamanho efetivo populacional. Estimamos um tempo de divergência menor que cincomil anos entre os Quechuas e os Shimaas, que pode se dizer surpreendente, por se tratar de populações identificadas com duas tradições completamente diferentes, a cultura amazônica associada aos Shimaas, e a cultura andina associada aos Quechuas. Nossasestimativas, entre populações nativas americanas e asiáticas, corroboraram as estimativas anteriores feitas com outros marcadores genéticos, mostrando que nossa população Quechua, na qual subsiste grande parte da variabilidade genética das populações nativasamericanas, é uma e×ce|ente população para se estudar processos evolutivos relativos não só às populações andinas, mas também a todo povoamento da América.
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Esta ê uma região de transição geográfica entre os Andes e a Amazônia, e por isso, pensamos que suas populações poderiam ser bons alvos na tentativa de elucidar possíveis direções de migraçãoe povoamento entre o Oeste e o Leste do continente.Nós utilizamos duas metodologias bayesianas para inferir os parâmetros de um modelo de isolamento com migração entre populações nativas americanas e entre populações nativas americanas e asiáticas. Uma das metodologias é baseada no cálculo daverossimilhança utilizando simulações IVICIVIC para aproximar uma probabilidade a posteriori (programa IIVI). A outra é o método ABC (Approximate Bayesian Computation, que utilizamos apenas para o modelo de isolamento com migração entre as populaçõesQuechua e Shimaa) que ao invés de calcular a verossimilhança de um dado modelo, aproxima a probabilidade a posteriori através da comparação de estatísticas sumárias estimadas para os dados observados com as estatísticas sumárias computadas para dadossimulados de um determinado modelo (no caso, o modelo de isolamento com migração). Nossos resultados identificaram uma alta diversidade na população Quechua, comparável com a de populações europeias, e uma pequena diversidade nos Shimaas, sendo que esta parece ser uma subamostra da diversidade dos Quechuas. Além disso,estimamos que quando da divergência entre as populações Ouechua e Shimaa, 95% da população ancestral deu origem aos Queohuas, que se manteve até o presente com um grande tamanho efetivo populacional. Estimamos um tempo de divergência menor que cincomil anos entre os Quechuas e os Shimaas, que pode se dizer surpreendente, por se tratar de populações identificadas com duas tradições completamente diferentes, a cultura amazônica associada aos Shimaas, e a cultura andina associada aos Quechuas. Nossasestimativas, entre populações nativas americanas e asiáticas, corroboraram as estimativas anteriores feitas com outros marcadores genéticos, mostrando que nossa população Quechua, na qual subsiste grande parte da variabilidade genética das populações nativasamericanas, é uma e×ce|ente população para se estudar processos evolutivos relativos não só às populações andinas, mas também a todo povoamento da América.ABSTRACTIn this study, we generated for the first time, resequencing data for 10 autosomal non-Coding regions (~ 20,000 bp) for 10 individuais of the Iarger Andean population, the Quechua, and for 10 individuais from the |\/Iachiguenga population (Shimaa Community) Iocated in the Selva Alta from Peru. This is a geographical region of transition between theAndes and Amazon, and therefore, we think that their populations could be good targets to elucidate possibie direotions of migration and settlement between the West and the East of the Continent.We used two Bayesian methods to infer the parameters of an isolation model with migration among Native American populations and among Native American and Asian populations. One of the methods is Iikelihood-based and uses Nlarkov Chain Monte Carlo simuiations to approximate the posterior probabiiity (INI program). The other, is the ABCmethod (Approximate Bayesian Computation, we on|y use this method for the isolation model with migration between Shimaa and Quechua populations) that instead of calculating the Iikelihood of a given model, it approximates the posterior probability by Comparing summary statistios estimated for the observed data with the Summary statistics Computed for Simuiated data on a particular modei (in this case the isolation model with migration). Our reSu|tS indioate a high diversity in the Quechua population, Cornparable with that of European populations, and a IittIe diversity in Shimaa, and this seems to be a subset of the diversity of Queohua. Additionally, we estimated that, when the divergence betweenShimaas and Oueohuas oocurred, 95% of the ancestral population gave rise to the Quechua, who remained until the present with a Iarge effective population size. We estimate a sma|| divergence time between the Queohua and Shimaa, you could Say Surprising, beoause the two populations are identified with two Completely different traditions, the Shimaas are associated with the Amazonian Culture, and the Ouechuas are associate with the Andean Cuiture. Our estimates among Asian and Native American popuiations Corroborate previous estimates using other genetic markers, Showing that Our population Quechua, in whichremains much Of the genetic variability of Native American populations, is an excellent population to study evolutionary processes Concerning not only to Andean populations, but also the entire popuiation of America.Universidade Federal de Minas GeraisUFMGDemografia Métodos estatísticosNativosAmérica do Sul NativosEtnologia America da SulGenéticaGenética de populaçõesTeoria bayesiana de decisão estatisticaGenéticaGenética de populações e inferências sobre a história demográfica de populações nativas sul-americanasinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UFMGinstname:Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)instacron:UFMGORIGINALtese_mar_lia_de_oliveira_scliar.pdfapplication/pdf71889https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/BUOS-8WYKCW/1/tese_mar_lia_de_oliveira_scliar.pdf59527074b4c0f63e48fc78593e66a2eaMD51TEXTtese_mar_lia_de_oliveira_scliar.pdf.txttese_mar_lia_de_oliveira_scliar.pdf.txtExtracted texttext/plain5930https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/BUOS-8WYKCW/2/tese_mar_lia_de_oliveira_scliar.pdf.txtc62a624e663932f2f846924bfa917821MD521843/BUOS-8WYKCW2020-01-29 16:43:14.817oai:repositorio.ufmg.br:1843/BUOS-8WYKCWRepositório de PublicaçõesPUBhttps://repositorio.ufmg.br/oaiopendoar:2020-01-29T19:43:14Repositório Institucional da UFMG - Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)false
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