Avaliação de métodos moleculares para detecção de Acinetobacter baumannii multidroga resistentes recuperados de pacientes com suspeita de pneumonia associada à ventilação mecânica

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Mirna Giselle Moreira
Data de Publicação: 2017
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFMG
Texto Completo: http://hdl.handle.net/1843/BUBD-AUUEN2
Resumo: Infecções Relacionadas à Assistência à Saúde (IRAS) são consideradas um dos maiores problemas de saúde pública em todo o mundo. O gênero Acinetobacter representa um importante patógeno relacionado a infecções hospitalares, principalmente em pneumonia associada à ventilação mecânica (PAV). O objetivo desse trabalho foi avaliar o desempenho de métodos moleculares no diagnóstico laboratorial de Acinetobacter baumannii isolados de lavado broncoalveolar (mini-BAL), obtidos de pacientes adultos com suspeita de PAV em unidade de terapia intensiva do hospital das clínicas de Minas Gerais. A cultura quantitativa das amostras de mini-BAL foi utilizadas como comparação aos resultados obtidos através da avaliação dos resultados das técnicas moleculares sendo elas: FISH, LAMP, PCR convencional, qPCR (SYBR® Green, TaqMan®) e ddPCR. Foram coletadas 44 amostras de mini-BAL e destas, oito foram positivas em cultura para A. baumannii todas elas multidroga resistentes. A técnica de FISH não houve hibridização em concordância quando comparada aos controles utilizados. LAMP a técnica é sensível e versátil, houve sucesso na padronização na pesquisa de blaNDM-1 apresentando uma concordando em 100% com os resultados da PCR convencional, porém para os outros iniciadores pesquisados como; região ITS, blaOXA-51 e blaKPC-2, foram detectados falsos positivos quando comparados com a PCR. Na comparação das três gerações da PCR frente ao alvo testado, a PCR convencional demonstrou boa especificidade e sensibilidade, houve uma correlação de 75% dos produtos amplificados aos resultados de cultura quantitativa. O SYBR® Green demonstrou baixa especificidade ao painel de bactérias testado, tornado a quantificação das amostras de mini-BAL questionáveis. O TaqMan® mostrou boa sensibilidade e especificidade com limite de detecção igual ao obtido com o SYBR® Green, 1,02 pg/µl, porém houve uma discrepância na quantificação das 44 amostras de mini-BAL em comparação com a cultura quantitativa. A sensibilidade e especificidade da técnica de ddPCR se mostrou excelente, houve uma perfeita correlação dos resultados da quantificação absoluta das amostras de mini-BAL, aos resultados de cultura quantitativa demonstrando ser uma técnica precisa e extremamente eficiente. Portanto através dos resultados obtido com a PCR convencional demonstrou ser uma boa técnica para detecção e a ddPCR demonstrou ser mais acurada e sensível podendo ser utilizada como uma ferramenta para acompanhamento do processo infeccioso e para descalonamento da terapia antimicrobiana usada.
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A cultura quantitativa das amostras de mini-BAL foi utilizadas como comparação aos resultados obtidos através da avaliação dos resultados das técnicas moleculares sendo elas: FISH, LAMP, PCR convencional, qPCR (SYBR® Green, TaqMan®) e ddPCR. Foram coletadas 44 amostras de mini-BAL e destas, oito foram positivas em cultura para A. baumannii todas elas multidroga resistentes. A técnica de FISH não houve hibridização em concordância quando comparada aos controles utilizados. LAMP a técnica é sensível e versátil, houve sucesso na padronização na pesquisa de blaNDM-1 apresentando uma concordando em 100% com os resultados da PCR convencional, porém para os outros iniciadores pesquisados como; região ITS, blaOXA-51 e blaKPC-2, foram detectados falsos positivos quando comparados com a PCR. Na comparação das três gerações da PCR frente ao alvo testado, a PCR convencional demonstrou boa especificidade e sensibilidade, houve uma correlação de 75% dos produtos amplificados aos resultados de cultura quantitativa. O SYBR® Green demonstrou baixa especificidade ao painel de bactérias testado, tornado a quantificação das amostras de mini-BAL questionáveis. O TaqMan® mostrou boa sensibilidade e especificidade com limite de detecção igual ao obtido com o SYBR® Green, 1,02 pg/µl, porém houve uma discrepância na quantificação das 44 amostras de mini-BAL em comparação com a cultura quantitativa. A sensibilidade e especificidade da técnica de ddPCR se mostrou excelente, houve uma perfeita correlação dos resultados da quantificação absoluta das amostras de mini-BAL, aos resultados de cultura quantitativa demonstrando ser uma técnica precisa e extremamente eficiente. Portanto através dos resultados obtido com a PCR convencional demonstrou ser uma boa técnica para detecção e a ddPCR demonstrou ser mais acurada e sensível podendo ser utilizada como uma ferramenta para acompanhamento do processo infeccioso e para descalonamento da terapia antimicrobiana usada.Health Care Related Infections (IRAS) are considered one of the biggest public health problems in the world. The genus Acinetobacter represents an important pathogen related to hospital infections, mainly in ventilator-associated pneumonia (VAP). The objective of this study was to evaluate the performance of molecular methods in the laboratory diagnosis of Acinetobacter baumannii isolated from bronchoalveolar lavage (mini-BAL), obtained from adult patients with suspected VAP in an intensive care unit of the hospital of the clinics of Minas Gerais. The quantitative culture of the mini-BAL samples was used to compare the results obtained by evaluating the results of the molecular techniques: FISH, LAMP, conventional PCR, qPCR (SYBR® Green, TaqMan®) and ddPCR. A total of 44 mini-BAL samples were collected and eight of them were culture positive for A. baumannii all of them multidrug-resistant. The FISH technique showed no hybridization in agreement when compared to the controls used. LAMP the technique is sensitive and versatile, there was success in the standardization in the blaNDM-1 research presenting one agreeing in 100% with the results of conventional PCR, however for the other initiators researched as; ITS region, blaOXA-51 and blaKPC-2, false positives were detected when compared to PCR. In the comparison of the three generations of the PCR against the tested target, the conventional PCR showed good specificity and sensitivity, there was a correlation of 75% of the amplified products to the results of quantitative culture. SYBR® Green demonstrated low specificity to the bacterial panel tested, making quantification of questionable miniBAL samples possible. TaqMan® showed good sensitivity and specificity with detection limit equal to that obtained with SYBR® Green, 1.02 pg / ìl, but there was a discrepancy in the quantification of the 44 mini-BAL samples compared to the quantitative culture. The sensitivity and specificity of the ddPCR technique proved to be excellent, there was a perfect correlation of the results of the absolute quantification of the mini-BAL samples, to the quantitative culture results proving to be a precise and extremely efficient technique. Therefore, the results obtained with conventional PCR proved to be a good technique for detection and ddPCR proved to be more accurate and sensitive and could be used as a tool for monitoring the infectious process and for descaling the antimicrobial therapy used.Universidade Federal de Minas GeraisUFMGMicrobiologiaPneumonia Associada à Ventilação MecânicaAcinetobacter baumannii/microbiologiaInfecções hospitalaresMicrobiologiaAvaliação de métodos moleculares para detecção de Acinetobacter baumannii multidroga resistentes recuperados de pacientes com suspeita de pneumonia associada à ventilação mecânicainfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UFMGinstname:Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)instacron:UFMGORIGINALtese_final_mirna_18_12_2017.pdfapplication/pdf2510048https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/BUBD-AUUEN2/1/tese_final_mirna_18_12_2017.pdf64ffff816e5be5f35476c191c186700fMD51TEXTtese_final_mirna_18_12_2017.pdf.txttese_final_mirna_18_12_2017.pdf.txtExtracted texttext/plain198674https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/BUBD-AUUEN2/2/tese_final_mirna_18_12_2017.pdf.txtd76ac57a24e69713216af0a2cc977948MD521843/BUBD-AUUEN22019-11-14 13:02:53.991oai:repositorio.ufmg.br:1843/BUBD-AUUEN2Repositório de PublicaçõesPUBhttps://repositorio.ufmg.br/oaiopendoar:2019-11-14T16:02:53Repositório Institucional da UFMG - Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)false
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