Condições de uso do eDNA (environmental DNA) no monitoramento de Prochilodus argenteus

• Autor(a) principal: Camila Guimarães Dergam
• Data de Publicação: 2016
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFMG
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/1843/BUBD-ABZFTW
• topic: Prochilodus argenteus; EDNA; D-loop; Aquário; Genética

O DNA ambiental ou eDNA permite a caracterização e o monitoramento da composição 2 de espécies em ambientes de difícil coleta, como em ambiente aquáticos. Embora a técnica 3 seja potencialmente muito informativa, existem questões relacionadas à quantidade e qualidade 4 de eDNA que pode ser recuperada, envolvendo fatores como a degradação do DNA, inibidores 5 da reação de PCR, captação de DNA, contaminação, etc. Esse trabalho tem como objetivo 6 estabelecer um protocolo em um ambiente tropical controlado: aquários com espécimes da 7 espécie Prochilodus argenteus. Fragmentos da região de controle D-loop do DNA mitocondrial 8 foram amplificados com primers desenhados especificamente para espécies de Prochilodus em 9 duas fases: uma primeira reação simples e uma segunda reação com primers amplicando um 10 fragmento interno (Nested-PCR). As amostras foram extraídas com o kit QIAamp Stool Mini Kit 11 e DNA foi amplificado através da reação de PCR Nested com primers que amplificam DNA da 12 região mitocondrial D-loop. Os protocolos utilizados visaram o teste com águas de diferentes 13 origens para avaliar a ação dos possíveis inibidores na reação de PCR, a eliminação de 14 inibidores da PCR através do uso de purificadores e o teste de filtragem para capturar eDNA de 15 água de um aquário. As águas de diferentes origens resultaram em diferentes interações com a 16 PCR. A PCR feita com 1l de DNA com água ultrapura amplificou até 0,00015 ng/ l de DNA 17 enquanto que as águas dos aquários amplificaram até 0,015 ng/l de DNA e água da Lagoa da 18 Pampulha amplificou 15 ng/l de DNA. Os purificadores usados foram carvão ativado e Chelex 19 100, porém os resultados não foram consistentes ao longo do experimento. O facilitador de 20 PCR BSA 1% foi eficiente pois melhorou a amplificação da banda. Com base nesses 21 resultados, conclui-se que o kit de extração de DNA QIAamp Stool mini kit, desenvolvido para 22 extrair DNA de fezes, foi eficiente na recuperação de eDNA de P. argenteus em condições de 23 aquário e que os inibidores são fatores importantes e devem ser eliminados para evitar uma 24 subdetecção de eDNA. A metodologia de captura de DNA por filtragem aliada à extração feita 25 pelo QIAamp Stool Mini Kit e o uso de primers específicos da região de D-loop de DNA 26 mitocondrial permitiram detecção específica de eDNA da espécie de curimba P. argenteus.