Teoria do coalescente e Computação Bayesiana aproximada como ferramentas para resolver questões da genética de populaçõeslatino-americanas
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2013 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFMG |
Texto Completo: | http://hdl.handle.net/1843/BUOS-96CJP4 |
Resumo: | No presente trabalho utilizamos a teoria do coalescente e uma nova metodologia estatística conhecida como Aproximação Bayesiana Computacional (Approximate Bayesian Computation - ABC) para simular dados genéticos e inferir parâmetros demográficos associados à história de populações Latino-Americanas. Utilizamos 10 regiôes neutras previamente selecionadas por Frisse, 2001 especificamente para estudar história demográfica humana. Trabalhamos com o modelo genético-demográfico previamente estudado pela Dra. Marília Scliar de divergência populacional seguida de fluxo gênico entre populações nativas peruanas dos Andes (Quechuas) e da Selva Alta Amazônica (Shimaas), no qual inserimos o parâmetro recombinação e uma nova estatística informativa do tempo de divergência. Também utilizamos as populações Quechuas e Shimaas para estudar um modelo mais complexo de povoamento da América por populações Siberianas e divergência entre populações Nativo-Americanas. Além disso, simulamos dados genéticos de populações com uma história demográfica compatível com a formação das populações miscigendas Latino-Americanas, que nos permitirá testar hipóteses genético-populacionais no âmbito do projeto Epigen. Para os dois modelos demográficos estudados encontramos um tempo de divergência menor que 5.000 anos entre as populações Quechuas e Shimaas, o que sugere que a separação entre essas populações ocorreu após a colonização do continente americano. Com o modelo de povoamento da América estimamos o tempo de entrada na América mais provável em torno de 22 mil anos e um número efetivo fundador em torno de 400 indivíduos. |
id |
UFMG_aa31e491dfa1c3194bb8bf844a187870 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:repositorio.ufmg.br:1843/BUOS-96CJP4 |
network_acronym_str |
UFMG |
network_name_str |
Repositório Institucional da UFMG |
repository_id_str |
|
spelling |
Eduardo Martin Tarazona SantosMarília de Oliveira ScliarMateus Henrique Gouveia2019-08-14T09:32:20Z2019-08-14T09:32:20Z2013-01-17http://hdl.handle.net/1843/BUOS-96CJP4No presente trabalho utilizamos a teoria do coalescente e uma nova metodologia estatística conhecida como Aproximação Bayesiana Computacional (Approximate Bayesian Computation - ABC) para simular dados genéticos e inferir parâmetros demográficos associados à história de populações Latino-Americanas. Utilizamos 10 regiôes neutras previamente selecionadas por Frisse, 2001 especificamente para estudar história demográfica humana. Trabalhamos com o modelo genético-demográfico previamente estudado pela Dra. Marília Scliar de divergência populacional seguida de fluxo gênico entre populações nativas peruanas dos Andes (Quechuas) e da Selva Alta Amazônica (Shimaas), no qual inserimos o parâmetro recombinação e uma nova estatística informativa do tempo de divergência. Também utilizamos as populações Quechuas e Shimaas para estudar um modelo mais complexo de povoamento da América por populações Siberianas e divergência entre populações Nativo-Americanas. Além disso, simulamos dados genéticos de populações com uma história demográfica compatível com a formação das populações miscigendas Latino-Americanas, que nos permitirá testar hipóteses genético-populacionais no âmbito do projeto Epigen. Para os dois modelos demográficos estudados encontramos um tempo de divergência menor que 5.000 anos entre as populações Quechuas e Shimaas, o que sugere que a separação entre essas populações ocorreu após a colonização do continente americano. Com o modelo de povoamento da América estimamos o tempo de entrada na América mais provável em torno de 22 mil anos e um número efetivo fundador em torno de 400 indivíduos.In this study we used the coalescent theory and a new statistical methodology known as Approximate Bayesian Computation - ABC to simulate genetic data and to infer demographic parameters associated with the history of Latin American populations. We used ten neutralregions previously selected by Frisse, 2001 specifically to study human demographic history. We used the population-genetic model previously studied by Dr. Marilia Scliar of population divergence followed by gene flow between two populations of native Peruvian Andes (Quechuas) and Selva Alta Amazon (Shimaas), in which we added a recombinationparameter and a new informative statistic to study the divergence time among populations. We also used the Quechuas and Shimaas to study a more complex model of American peopling by Siberian populations and divergence between Native American populations. Furthermore, we simulated genetic data from populations with a demographic history compatible with the formation of Latin American admixed populations, which will allow us testing genetic hypotheses in the context of Epigen project. In the two demographic models proposed we found a divergence time less than 5000 years between the Quechua and Shimaa populations, what suggests that the separation between these populations occurred after the colonization of America. Finally, we estimated most likely time of American peopling of around 22,000 years and a founder effective number about 400 individuals.Universidade Federal de Minas GeraisUFMGGenéticaTeoria bayesiana de decisão estatisticaGenética de populaçõesGenéticaTeoria do coalescente e Computação Bayesiana aproximada como ferramentas para resolver questões da genética de populaçõeslatino-americanasinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UFMGinstname:Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)instacron:UFMGORIGINALDissertação_Mateus_Gouveia.pdfDissertação_Mateus_Gouveia.pdfapplication/pdf2642835https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/BUOS-96CJP4/3/Disserta%c3%a7%c3%a3o_Mateus_Gouveia.pdfccd3b699ede841878e34c561b9b7d0b8MD53TEXTdisserta__o_mateus_gouveia.pdf.txtdisserta__o_mateus_gouveia.pdf.txtExtracted texttext/plain14997https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/BUOS-96CJP4/2/disserta__o_mateus_gouveia.pdf.txtcfb9e24e7a9a47dd4f8e30a1c12f86c5MD521843/BUOS-96CJP42023-02-28 16:04:22.412oai:repositorio.ufmg.br:1843/BUOS-96CJP4Repositório de PublicaçõesPUBhttps://repositorio.ufmg.br/oaiopendoar:2023-02-28T19:04:22Repositório Institucional da UFMG - Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)false |
dc.title.pt_BR.fl_str_mv |
Teoria do coalescente e Computação Bayesiana aproximada como ferramentas para resolver questões da genética de populaçõeslatino-americanas |
title |
Teoria do coalescente e Computação Bayesiana aproximada como ferramentas para resolver questões da genética de populaçõeslatino-americanas |
spellingShingle |
Teoria do coalescente e Computação Bayesiana aproximada como ferramentas para resolver questões da genética de populaçõeslatino-americanas Mateus Henrique Gouveia Genética Genética Teoria bayesiana de decisão estatistica Genética de populações |
title_short |
Teoria do coalescente e Computação Bayesiana aproximada como ferramentas para resolver questões da genética de populaçõeslatino-americanas |
title_full |
Teoria do coalescente e Computação Bayesiana aproximada como ferramentas para resolver questões da genética de populaçõeslatino-americanas |
title_fullStr |
Teoria do coalescente e Computação Bayesiana aproximada como ferramentas para resolver questões da genética de populaçõeslatino-americanas |
title_full_unstemmed |
Teoria do coalescente e Computação Bayesiana aproximada como ferramentas para resolver questões da genética de populaçõeslatino-americanas |
title_sort |
Teoria do coalescente e Computação Bayesiana aproximada como ferramentas para resolver questões da genética de populaçõeslatino-americanas |
author |
Mateus Henrique Gouveia |
author_facet |
Mateus Henrique Gouveia |
author_role |
author |
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv |
Eduardo Martin Tarazona Santos |
dc.contributor.advisor-co1.fl_str_mv |
Marília de Oliveira Scliar |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Mateus Henrique Gouveia |
contributor_str_mv |
Eduardo Martin Tarazona Santos Marília de Oliveira Scliar |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Genética |
topic |
Genética Genética Teoria bayesiana de decisão estatistica Genética de populações |
dc.subject.other.pt_BR.fl_str_mv |
Genética Teoria bayesiana de decisão estatistica Genética de populações |
description |
No presente trabalho utilizamos a teoria do coalescente e uma nova metodologia estatística conhecida como Aproximação Bayesiana Computacional (Approximate Bayesian Computation - ABC) para simular dados genéticos e inferir parâmetros demográficos associados à história de populações Latino-Americanas. Utilizamos 10 regiôes neutras previamente selecionadas por Frisse, 2001 especificamente para estudar história demográfica humana. Trabalhamos com o modelo genético-demográfico previamente estudado pela Dra. Marília Scliar de divergência populacional seguida de fluxo gênico entre populações nativas peruanas dos Andes (Quechuas) e da Selva Alta Amazônica (Shimaas), no qual inserimos o parâmetro recombinação e uma nova estatística informativa do tempo de divergência. Também utilizamos as populações Quechuas e Shimaas para estudar um modelo mais complexo de povoamento da América por populações Siberianas e divergência entre populações Nativo-Americanas. Além disso, simulamos dados genéticos de populações com uma história demográfica compatível com a formação das populações miscigendas Latino-Americanas, que nos permitirá testar hipóteses genético-populacionais no âmbito do projeto Epigen. Para os dois modelos demográficos estudados encontramos um tempo de divergência menor que 5.000 anos entre as populações Quechuas e Shimaas, o que sugere que a separação entre essas populações ocorreu após a colonização do continente americano. Com o modelo de povoamento da América estimamos o tempo de entrada na América mais provável em torno de 22 mil anos e um número efetivo fundador em torno de 400 indivíduos. |
publishDate |
2013 |
dc.date.issued.fl_str_mv |
2013-01-17 |
dc.date.accessioned.fl_str_mv |
2019-08-14T09:32:20Z |
dc.date.available.fl_str_mv |
2019-08-14T09:32:20Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
format |
masterThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
http://hdl.handle.net/1843/BUOS-96CJP4 |
url |
http://hdl.handle.net/1843/BUOS-96CJP4 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Federal de Minas Gerais |
dc.publisher.initials.fl_str_mv |
UFMG |
publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Federal de Minas Gerais |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Repositório Institucional da UFMG instname:Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG) instacron:UFMG |
instname_str |
Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG) |
instacron_str |
UFMG |
institution |
UFMG |
reponame_str |
Repositório Institucional da UFMG |
collection |
Repositório Institucional da UFMG |
bitstream.url.fl_str_mv |
https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/BUOS-96CJP4/3/Disserta%c3%a7%c3%a3o_Mateus_Gouveia.pdf https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/BUOS-96CJP4/2/disserta__o_mateus_gouveia.pdf.txt |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
ccd3b699ede841878e34c561b9b7d0b8 cfb9e24e7a9a47dd4f8e30a1c12f86c5 |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
Repositório Institucional da UFMG - Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG) |
repository.mail.fl_str_mv |
|
_version_ |
1801676959813468160 |