Classificação estrutural de famílias de proteínas com base em mas de contatos.

• Autor(a) principal: Raquel Cardoso de Melo
• Data de Publicação: 2008
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFMG
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/1843/GRFO-7HAJYA
• topic: Classificação Estrutural de Proteínas; Mapas de Contatos; Bioinformática; Proteínas

O objetivo deste trabalho ´e verificar se ´e poss´ývel classificar estruturas de cadeiasproteicas utilizando apenas os dados das intera¸coes qu´ýmicas entre os seus res´ýduosde amino´acidos. Atrav´es de mapas de contatos gerados a partir de dados do STINGe a utiliza¸cao de tres diferentes m´etricas baseadas em t´ecnicas de processamento deimagens somos capazes de classificar tais estruturas em fam´ýlias de similar estrutura efun¸cao.Fizemos alguns ensaios de varia¸cao de atributos no intuito de encontrar poss´ýveiscomponentes de assinaturas estruturais de cada uma dessas fam´ýlias. Verificamos queexistem alguns tipos de contatos mais relevantes na discrimina¸cao das fam´ýlias (pontesde hidrogenio sem intermedia¸cao de mol´eculas de ´agua, contatos hidrof´obicos e liga¸coes´ýon-´ýon) e outros menos relevantes (pontes de hidrogenio intermediadas por mol´eculasde ´agua). Mostramos tamb´em que contatos entre res´ýduos muito pr´oximos na seq¨uencia(menos de 30 res´ýduos de distancia) nao sao muito ´uteis na classifica¸cao, sendo aparentementeru´ýdos nesse processo. Al´em disto, pelos resultados preliminares, nem s´o osres´ýduos que formam um grande n´umero de contatos sao importantes. Res´ýduos compoucos contatos aparentemente sao imprescind´ýveis na defini¸cao da fam´ýlia estrutural.Mostramos que uma das t´ecnicas de compara¸cao de mapas de contatos desenvolvidapode ser ´util, adicionalmente, no alinhamento de contatos. Atrav´es destes alinhamentospodemos, por exemplo, verificar as altera¸coes conservativas nos contatos de umaprote´ýna mutante em rela¸cao `a selvagem. Pode-se tamb´em, estudar comparativamenteuma mesma prote´ýna de diversas espe´ecies animais.Isto gerou ferramentas muito ´uteis na compara¸cao de prote´ýnas de uma mesmatopologia e diferentes esp´ecies e tamb´em no entendimento das varia¸coes de estabilidadede uma prote´ýna selvagem e seus mutantes.As t´ecnicas desenvolvidas parecem ser ´uteis tamb´em no estudo de padroes de intera¸coes entre diferentes cadeias proteicas. Em ensaios com serino-proteases e seusinibidores, os BPTIs, mostramos ser poss´ývel definir um padrao de contatos potencialmenteimportantes na complexa¸cao do inibidor `a protease.Alguns dos resultados deste trabalho foram implementados e estao dispon´ýveis naiferramenta STING (http://www.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS/). Participamos da concep¸cao e implementa¸cao de tres diferentes m´odulos: PCD ((Protein Contacts Difference)),TopSiMap (Topology Similarity Map) e Topologs (um banco de dados deestruturas similares tomando-se como base apenas contatos).