Papel dos transposons de DNA da superfamília Tc1/mariner (TREM A-H) no reconhecimento de linhagens de fungos patogênicos do gênero Paracoccidioides
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Data de Publicação: | 2012 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFMG |
Texto Completo: | http://hdl.handle.net/1843/41882 |
Resumo: | O gênero Paracoccidioides é agente da paracoccidioidomicose, micose sistêmica de distribuição restrita à América Latina. O polimorfismo genético entre os isolados de Paracoccidioides tem sido extensamente demonstrado por diferentes autores, através de diversas técnicas moleculares. Trabalhos recentes revelaram a existência de duas espécies, P. lutzii e P. brasiliensis, sendo a primeira originalmente caracterizada como uma espécie filogenética denominada “Pb01-like” e a última constituída de três espécies filogenéticas, denominadas S1, PS2 e PS3. Vários tipos de marcadores moleculares vem sendo propostos para a caracterização de espécies filogenéticas no gênero Paracoccidioides. Entretanto, a maioria despende tempo e emprega técnicas bastante laboriosas e/ou caras. Elementos transponíveis tem sido usados no conhecimento da estrutura genética de fungos patogênicos, auxiliando na definição de grupos filogeneticamente relacionados e de importância epidemiológica. Um estudo recente no genoma de Paracoccidioides revelou a presença de oito famílias de transposons de DNA, denominadas TremA-H. Os elementos Trem estão distribuídos de forma desigual no genoma de isolados representativos de três espécies filogenéticas de Paracoccidioides (P. lutzii; PS2 e S1): TremC e H são encontrados em todas as espécies; TremA, B e F, nas espécies filogenéticas PS2 e S1; TremD foi detectado apenas em S1 e TremE somente em P. lutzii. Este trabalho relata o emprego de reações de amplificação em cadeia da polimerase (PCR) para avaliar a utilidade de três marcadores moleculares na discriminação de espécies filogenéticas de Paracoccidioides: 1) par de iniciadores destinados à região de indel do gene hsp70; 2) marcadores microssatélites de DNA; 3) Trem A-H. Foram estudados 48 isolados de Paracoccidioides, sendo trinta previamente classificados segundo a espécie filogenética (10 de P. lutzii, 15 de S1,3 de PS2 e 2 de PS3). 14 isolados puderam ser classificados como P. lutzii por meio do uso dos iniciadores dirigidos ao indel do gene hsp70, sendo os demais 34 isolados classificados como P. brasiliensis. Os marcadores microssatélites utilizados não conseguiram discriminar os isolados entre as três espécies filogenéticas de P. brasiliensis. Os resultados obtidos pelo uso da PCR para detecção de elementos TremA-H mostram que TremA, B, F e G são encontrados apenas em P. brasiliensis(S1, PS2 e PS3); TremE está presente apenas em P. lutzii; TremC e H estão presentes em P. lutzii e P. brasiliensis (S1, PS2 e PS3). É interessante ressaltar que em P. brasiliensis, a amplificação de TremC e TremH mostrou um padrão de duas bandas enquanto que em P. lutzii, observou-se apenas uma banda de aproximadamente 2 kb. Em isolados PS3, TremD mostra um padrão de três bandas. Estes resultados confirmam que os padrões de amplificação observados para os oito elementos TremA-H e seu padrão esperado de bandas, podem ser úteis como marcadores moleculares espécie-específicos no gênero Paracoccidioides. |
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Patrícia Silva Cisalpinohttp://lattes.cnpq.br/1598206078326173Marjorie Mendes Marinihttp://lattes.cnpq.br/7236418429477556Fernanda Lourenço Alves2022-05-23T13:49:09Z2022-05-23T13:49:09Z2012-03-12http://hdl.handle.net/1843/41882O gênero Paracoccidioides é agente da paracoccidioidomicose, micose sistêmica de distribuição restrita à América Latina. O polimorfismo genético entre os isolados de Paracoccidioides tem sido extensamente demonstrado por diferentes autores, através de diversas técnicas moleculares. Trabalhos recentes revelaram a existência de duas espécies, P. lutzii e P. brasiliensis, sendo a primeira originalmente caracterizada como uma espécie filogenética denominada “Pb01-like” e a última constituída de três espécies filogenéticas, denominadas S1, PS2 e PS3. Vários tipos de marcadores moleculares vem sendo propostos para a caracterização de espécies filogenéticas no gênero Paracoccidioides. Entretanto, a maioria despende tempo e emprega técnicas bastante laboriosas e/ou caras. Elementos transponíveis tem sido usados no conhecimento da estrutura genética de fungos patogênicos, auxiliando na definição de grupos filogeneticamente relacionados e de importância epidemiológica. Um estudo recente no genoma de Paracoccidioides revelou a presença de oito famílias de transposons de DNA, denominadas TremA-H. Os elementos Trem estão distribuídos de forma desigual no genoma de isolados representativos de três espécies filogenéticas de Paracoccidioides (P. lutzii; PS2 e S1): TremC e H são encontrados em todas as espécies; TremA, B e F, nas espécies filogenéticas PS2 e S1; TremD foi detectado apenas em S1 e TremE somente em P. lutzii. Este trabalho relata o emprego de reações de amplificação em cadeia da polimerase (PCR) para avaliar a utilidade de três marcadores moleculares na discriminação de espécies filogenéticas de Paracoccidioides: 1) par de iniciadores destinados à região de indel do gene hsp70; 2) marcadores microssatélites de DNA; 3) Trem A-H. Foram estudados 48 isolados de Paracoccidioides, sendo trinta previamente classificados segundo a espécie filogenética (10 de P. lutzii, 15 de S1,3 de PS2 e 2 de PS3). 14 isolados puderam ser classificados como P. lutzii por meio do uso dos iniciadores dirigidos ao indel do gene hsp70, sendo os demais 34 isolados classificados como P. brasiliensis. Os marcadores microssatélites utilizados não conseguiram discriminar os isolados entre as três espécies filogenéticas de P. brasiliensis. Os resultados obtidos pelo uso da PCR para detecção de elementos TremA-H mostram que TremA, B, F e G são encontrados apenas em P. brasiliensis(S1, PS2 e PS3); TremE está presente apenas em P. lutzii; TremC e H estão presentes em P. lutzii e P. brasiliensis (S1, PS2 e PS3). É interessante ressaltar que em P. brasiliensis, a amplificação de TremC e TremH mostrou um padrão de duas bandas enquanto que em P. lutzii, observou-se apenas uma banda de aproximadamente 2 kb. Em isolados PS3, TremD mostra um padrão de três bandas. Estes resultados confirmam que os padrões de amplificação observados para os oito elementos TremA-H e seu padrão esperado de bandas, podem ser úteis como marcadores moleculares espécie-específicos no gênero Paracoccidioides.The genus Paracoccidioides is the agent of paracoccidioidomycosis, a systemic mycosis with restricted distribution to Latin America. Genetic polymorphism among isolates of Paracoccidioides has been widely demonstrated by different authors using different molecular techniques. Recent studies revealed the existence of two species, P. lutzii and P. brasiliensis, the first originally characterized as a phylogenetic species called "PB01-like" and the last consists of three phylogenetic species, called S1, PS2 and PS3. Several types of molecular markers have been proposed for the characterization of phylogenetic species in the genus Paracoccidioides. However, most spend time and employs techniques quite laborious and/or expensive. Transposable elements have been used to understand the genetic structure of pathogenic fungi, helping to define groups phylogenetically related and of epidemiological importance. A recent study in the genome of Paracoccidioides revealed the presence of eight families of DNA transposon, called TremA-H. The distribution of Trem elements varied between the three phylogenetic species of Paracoccidioides used (P. lutzii, PS2 and S1): TremC and H was found in all species, TremA, B and F in the phylogenetic species S1 and PS2; TremD was only detected in S1 and TremE only in P. lutzii. This work reports the use of polymerase chain reaction (PCR) to evaluate the useness of three markers to discriminate between the four phylogenetic species of Paracoccidioides: a) a primer for the indel region of hsp70 gene; 2) DNA microsatellite markers; 3) TremA-H. We studied 48 Paracoccidioides isolates and thirty was previously classified according to the phylogenetic species (10 P. lutzii; 15 S1, 3 PS2 and 2 PS3). 14 isolates could be classified as P. lutzii through the use of primers design to indel hsp70 gene. The other 34 isolates were classified as P. brasiliensis. The microsatellite markers used could not discriminate between the three phylogenetic species of P. brasiliensis. The results obtained by the use of PCR for TremA-H showed that TremA, B, F and G are only found in P. brasiliensis (S1, PS2 and PS3); TremE is present only in P. lutzii; TremC and H are present in P. lutzii and P. brasiliensis (S1, PS2 and PS3). Interestingly, in P. brasiliensis, amplification of TremC and TremH showed a pattern of two bands, whereas in P. lutzii, was only one band of 2 kb. In PS3 isolates, TremD showed a pattern of three bands. These results confirm the amplification patterns previously observed for the Trem elements and some expected pattern of bands can be useful as molecular markers in the genus Paracoccidioides.CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TecnológicoCAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorporUniversidade Federal de Minas GeraisPrograma de Pós-Graduação em MicrobiologiaUFMGBrasilICB - DEPARTAMENTO DE MICROBIOLOGIAMicrobiologiaParacoccidioidesFilogeniaElementos de DNA TransponíveisReação em Cadeia da PolimeraseMicrobiologiaPapel dos transposons de DNA da superfamília Tc1/mariner (TREM A-H) no reconhecimento de linhagens de fungos patogênicos do gênero Paracoccidioidesinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFMGinstname:Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)instacron:UFMGORIGINALDissertaçãofinal.pdfDissertaçãofinal.pdfapplication/pdf1075014https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/41882/1/Disserta%c3%a7%c3%a3ofinal.pdf7a65f5e9adbebb31630c026c23738357MD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82118https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/41882/2/license.txtcda590c95a0b51b4d15f60c9642ca272MD521843/418822022-05-23 10:49:10.435oai:repositorio.ufmg.br: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ório de PublicaçõesPUBhttps://repositorio.ufmg.br/oaiopendoar:2022-05-23T13:49:10Repositório Institucional da UFMG - Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)false |
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