MALDI-TOF MS para diferenciação de isolados de Corynebacterium pseudotuberculosis biovar Ovis e Equi, e caracterização de uma nova espécie de Dietzia

• Autor(a) principal: Roselane Gonçalves dos Santos
• Data de Publicação: 2023
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFMG
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/1843/64212; https://orcid.org/0000-0001-7821-1471
• topic: Corynebacterium pseudotuberculosis; Dietzia,; Identificação bacteriana; MALDI TOF; genômica comparativa; diversidade genômica, taxonomia; Bioinformática; Actinomycetales; Corynebacterium pseudotuberculosis; Genômica

Corynebacterineae é uma subordem de bactérias bacilares Gram-positivas, ácido-álcool resistentes, geralmente aeróbias, da ordem dos Actinomycetales, que inclui diversos gêneros como Corynebacterium e Dietzia. Corynebacterium pseudotuberculosis é uma bactéria de grande importância veterinária que leva a grandes prejuízos ao agronegócio, necessitando de melhor conhecimento biológico para se alcançar um controle das doenças. Por outro lado, espécies do gênero Dietzia estão amplamente distribuídas no ambiente, apresentando um papel oportunista, com algumas espécies apresentando taxonomia ainda indeterminada. Métodos bioquímicos, sorológicos e moleculares têm sido desenvolvidos para o diagnóstico laboratorial de doenças causadas por C. pseudotuberculosis, entretanto a identificação do patógeno e a diferenciação dos biovares algumas vezes pode ser imprecisa, e levar a classificações taxonômicas com outras bactérias, ou vice-versa, de forma errônea. Neste estudo realizamos uma análise no MALDI TOF para otimizar a identificação e diferenciação de biovares de C. pseudotuberculosis. Nossos dados mostram que a análise MALDI TOF são úteis para identificar C. pseudotuberculosis em nível de espécie e biovares, bem como para identificar outras cepas pertencendo a outros gêneros/espécies, como foi encontrado neste trabalho. Durante essa otimização recebemos uma cepa identificada como C. pseudotuberculosis, entretanto o resultado do PCR quadruplex, comumente utilizada para identificação de C. pseudotuberculosis, foi negativa, e ao utilizarmos o MALDI TOF para essa identificação, foi possível identificar como uma cepa pertencendo ao gênero Dietzia. Baseado nesses achados, neste trabalho partimos então para a caracterização genômica realizando o sequenciamento do isolado, análises da similaridade genômica entre o nosso isolado e as espécies de Dietzia disponível em banco de dados públicos, análises fenotípicas da cepa, usando como padrão espécies já descritas para o gênero, bem como algumas análises bioquímicas. Os resultados das análises genômicas, testes fisiológicos e bioquímicos utilizados para a caracterização de uma nova espécie determinaram que essa cepa é diferente das espécies conhecidas do gênero Dietzia. As análises de genômica comparativa fornecem informações sobre a diversidade genômica, taxonomia e adaptação o gênero Dietzia e são um recurso valioso para estudos genômicos funcionais, proporcionando resultados mais abrangentes que o convencional, auxiliando na identificação correta e melhorando o entendimento de sua patologia oportunista. Além disso, os dados deste trabalho sugerem que o isolado seja classificado como representante de uma nova espécie do gênero Dietzia, denominada Dietzia calabriae.