Classificação de Sequências Metagenômicas

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Asseiss Neto, Habib
Data de Publicação: 2012
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFMS
Texto Completo: https://repositorio.ufms.br/handle/123456789/1647
Resumo: Este trabalho discute alguns m etodos para o problema de classi ca c~ao de sequ^encias metagen^omicas, e apresenta um m etodo alternativo baseado em compara c~ao de sequ^encias, montagem de fragmentos e logenia, cuja principal caracter stica e a de agrupar apenas sequ^encias que compartilham similaridade com prote nas conhecidas. O m etodo proposto foi testado com um conjunto de dados metagen^omicos simulados e apresentou resultados satisfat orios, quando comparado com outros. Al em de se mostrar util como m etodo direto de classi ca c~ao, pode tamb em ser utilizado como auxiliar, corrigindo classi ca c~oes erradas feitas por outras metodologias.
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spelling 2012-10-08T12:02:00Z2021-09-30T19:58:02Z2012https://repositorio.ufms.br/handle/123456789/1647Este trabalho discute alguns m etodos para o problema de classi ca c~ao de sequ^encias metagen^omicas, e apresenta um m etodo alternativo baseado em compara c~ao de sequ^encias, montagem de fragmentos e logenia, cuja principal caracter stica e a de agrupar apenas sequ^encias que compartilham similaridade com prote nas conhecidas. O m etodo proposto foi testado com um conjunto de dados metagen^omicos simulados e apresentou resultados satisfat orios, quando comparado com outros. Al em de se mostrar util como m etodo direto de classi ca c~ao, pode tamb em ser utilizado como auxiliar, corrigindo classi ca c~oes erradas feitas por outras metodologias.This work presents a discussion of some methods to the problem of classifying metagenomic sequences, and presents an alternative method based on sequence comparison, fragment assembly and phylogeny, whose the main feature is the grouping of only sequences that share similarity to known proteins. The method has been tested on a simulated set of metagenomic sequences and has shown satisfying results when compared to others. Besides proven useful as a direct method of classi cation, it can also be used as auxiliary one, correcting erroneous classi cations made by other methodologies.porBioinformáticaBioinformaticsBiologia Molecular - processamento de dadosMolecular Biology - data processingGenética Molecular - processamento de dadosMolecular Genetics - data processingEngenharia GenéticaGenetic EngineeringGenômicaGenomicsClassificação de Sequências Metagenômicasinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisAlmeida Jr., Nalvo Franco deAsseiss Neto, Habibinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFMSinstname:Universidade Federal de Mato Grosso do Sul (UFMS)instacron:UFMSTHUMBNAILHabib Asseiss Neto.pdf.jpgHabib Asseiss Neto.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1394https://repositorio.ufms.br/bitstream/123456789/1647/4/Habib%20Asseiss%20Neto.pdf.jpge8f99801eabf1f787405309bcda54357MD54ORIGINALHabib Asseiss Neto.pdfHabib Asseiss Neto.pdfapplication/pdf2593405https://repositorio.ufms.br/bitstream/123456789/1647/1/Habib%20Asseiss%20Neto.pdf4d03e2fb161b1e71fac1ab24c78d01b4MD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://repositorio.ufms.br/bitstream/123456789/1647/2/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD52TEXTHabib Asseiss Neto.pdf.txtHabib Asseiss Neto.pdf.txtExtracted texttext/plain0https://repositorio.ufms.br/bitstream/123456789/1647/3/Habib%20Asseiss%20Neto.pdf.txtd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427eMD53123456789/16472021-09-30 15:58:02.345oai:repositorio.ufms.br:123456789/1647Tk9URTogUExBQ0UgWU9VUiBPV04gTElDRU5TRSBIRVJFClRoaXMgc2FtcGxlIGxpY2Vuc2UgaXMgcHJvdmlkZWQgZm9yIGluZm9ybWF0aW9uYWwgcHVycG9zZXMgb25seS4KCk5PTi1FWENMVVNJVkUgRElTVFJJQlVUSU9OIExJQ0VOU0UKCkJ5IHNpZ25pbmcgYW5kIHN1Ym1pdHRpbmcgdGhpcyBsaWNlbnNlLCB5b3UgKHRoZSBhdXRob3Iocykgb3IgY29weXJpZ2h0Cm93bmVyKSBncmFudHMgdG8gRFNwYWNlIFVuaXZlcnNpdHkgKERTVSkgdGhlIG5vbi1leGNsdXNpdmUgcmlnaHQgdG8gcmVwcm9kdWNlLAp0cmFuc2xhdGUgKGFzIGRlZmluZWQgYmVsb3cpLCBhbmQvb3IgZGlzdHJpYnV0ZSB5b3VyIHN1Ym1pc3Npb24gKGluY2x1ZGluZwp0aGUgYWJzdHJhY3QpIHdvcmxkd2lkZSBpbiBwcmludCBhbmQgZWxlY3Ryb25pYyBmb3JtYXQgYW5kIGluIGFueSBtZWRpdW0sCmluY2x1ZGluZyBidXQgbm90IGxpbWl0ZWQgdG8gYXVkaW8gb3IgdmlkZW8uCgpZb3UgYWdyZWUgdGhhdCBEU1UgbWF5LCB3aXRob3V0IGNoYW5naW5nIHRoZSBjb250ZW50LCB0cmFuc2xhdGUgdGhlCnN1Ym1pc3Npb24gdG8gYW55IG1lZGl1bSBvciBmb3JtYXQgZm9yIHRoZSBwdXJwb3NlIG9mIHByZXNlcnZhdGlvbi4KCllvdSBhbHNvIGFncmVlIHRoYXQgRFNVIG1heSBrZWVwIG1vcmUgdGhhbiBvbmUgY29weSBvZiB0aGlzIHN1Ym1pc3Npb24gZm9yCnB1cnBvc2VzIG9mIHNlY3VyaXR5LCBiYWNrLXVwIGFuZCBwcmVzZXJ2YXRpb24uCgpZb3UgcmVwcmVzZW50IHRoYXQgdGhlIHN1Ym1pc3Npb24gaXMgeW91ciBvcmlnaW5hbCB3b3JrLCBhbmQgdGhhdCB5b3UgaGF2ZQp0aGUgcmlnaHQgdG8gZ3JhbnQgdGhlIHJpZ2h0cyBjb250YWluZWQgaW4gdGhpcyBsaWNlbnNlLiBZb3UgYWxzbyByZXByZXNlbnQKdGhhdCB5b3VyIHN1Ym1pc3Npb24gZG9lcyBub3QsIHRvIHRoZSBiZXN0IG9mIHlvdXIga25vd2xlZGdlLCBpbmZyaW5nZSB1cG9uCmFueW9uZSdzIGNvcHlyaWdodC4KCklmIHRoZSBzdWJtaXNzaW9uIGNvbnRhaW5zIG1hdGVyaWFsIGZvciB3aGljaCB5b3UgZG8gbm90IGhvbGQgY29weXJpZ2h0LAp5b3UgcmVwcmVzZW50IHRoYXQgeW91IGhhdmUgb2J0YWluZWQgdGhlIHVucmVzdHJpY3RlZCBwZXJtaXNzaW9uIG9mIHRoZQpjb3B5cmlnaHQgb3duZXIgdG8gZ3JhbnQgRFNVIHRoZSByaWdodHMgcmVxdWlyZWQgYnkgdGhpcyBsaWNlbnNlLCBhbmQgdGhhdApzdWNoIHRoaXJkLXBhcnR5IG93bmVkIG1hdGVyaWFsIGlzIGNsZWFybHkgaWRlbnRpZmllZCBhbmQgYWNrbm93bGVkZ2VkCndpdGhpbiB0aGUgdGV4dCBvciBjb250ZW50IG9mIHRoZSBzdWJtaXNzaW9uLgoKSUYgVEhFIFNVQk1JU1NJT04gSVMgQkFTRUQgVVBPTiBXT1JLIFRIQVQgSEFTIEJFRU4gU1BPTlNPUkVEIE9SIFNVUFBPUlRFRApCWSBBTiBBR0VOQ1kgT1IgT1JHQU5JWkFUSU9OIE9USEVSIFRIQU4gRFNVLCBZT1UgUkVQUkVTRU5UIFRIQVQgWU9VIEhBVkUKRlVMRklMTEVEIEFOWSBSSUdIVCBPRiBSRVZJRVcgT1IgT1RIRVIgT0JMSUdBVElPTlMgUkVRVUlSRUQgQlkgU1VDSApDT05UUkFDVCBPUiBBR1JFRU1FTlQuCgpEU1Ugd2lsbCBjbGVhcmx5IGlkZW50aWZ5IHlvdXIgbmFtZShzKSBhcyB0aGUgYXV0aG9yKHMpIG9yIG93bmVyKHMpIG9mIHRoZQpzdWJtaXNzaW9uLCBhbmQgd2lsbCBub3QgbWFrZSBhbnkgYWx0ZXJhdGlvbiwgb3RoZXIgdGhhbiBhcyBhbGxvd2VkIGJ5IHRoaXMKbGljZW5zZSwgdG8geW91ciBzdWJtaXNzaW9uLgo=Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufms.br/oai/requestri.prograd@ufms.bropendoar:21242021-09-30T19:58:02Repositório Institucional da UFMS - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul (UFMS)false
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