Primeira lista de plantas tropicais propostas como padrões de referência para estimativa de tamanho do genoma por citometria de fluxo
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Data de Publicação: | 2018 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFPE |
Texto Completo: | https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/33316 |
Resumo: | A citometria de fluxo é o método mais utilizado para quantificação do tamanho do genoma em plantas. O protocolo é baseado na comparação entre a fluorescência média de núcleos corados de uma espécie alvo e um padrão interno com tamanho do genoma conhecido. Os padrões internos tradicionalmente utilizados, propostos principalmente por laboratórios europeus, são cultivares de plantas adaptadas ao clima temperado (por ex., Raphanus sativus L. cv. ‘Saxa’, Glycine max L. cv. ‘Polanka’). A aquisição, propagação e desenvolvimento destas cultivares em laboratórios localizados em regiões tropicais ainda é um desafio para o desenvolvimento da citometria de fluxo em uma escala global. Neste estudo, é apresentada uma lista de padrões internos composta por cultivares brasileiros de plantas comerciais. Estas plantas tiveram seu tamanho do genoma estimado por citometria de fluxo utilizando três diferentes tampões: LB01, Marie e WPB. Foram checadas estatisticamente a qualidade dos histogramas, variação entre medições e repetitividade dos valores estimados. Também foram realizadas análises citogenéticas para avaliar a estabilidade cariotípica das cultivares selecionadas. Por fim, nós recomendamos como uma nova lista de padrões internos para citometria de fluxo: Citrullus lanatus (Thunb.) Matsum. & Nakai cv. Crimson Sweet (2C = 0,87 pg), Vigna unguiculata (L.) Walp. cv. BRS Pujante (2C = 1,36 pg), Lycopersicon esculentum Mill. cv. IPA-6 (2C = 2,05 pg), Petroselinum crispum (Mill.) Fuss cv. Graúda (2C = 4,15 pg), Allium cepa L. cv. IPA-11 (2C = 35,22 pg), e Nothoscordum pulchellum Kunth (2C = 49,09 pg). Este último não é uma planta cultivada, mas pode ser importante como padrão para análise de genomas gigantes (ex: Amaryllidaceae, Loranthaceae etc.). Como as regiões tropicais detém a maior biodiversidade vegetal, esta lista é uma ferramenta útil para o aumento no número de espécies com conteúdo de DNA quantificado em biomas tropicais. |
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COSTA, Lucas Alexandre de Souzahttp://lattes.cnpq.br/2577402607522540http://lattes.cnpq.br/3626102935973855SOUZA, Luiz Gustavo Rodrigues2019-09-19T20:11:08Z2019-09-19T20:11:08Z2018-02-27https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/33316A citometria de fluxo é o método mais utilizado para quantificação do tamanho do genoma em plantas. O protocolo é baseado na comparação entre a fluorescência média de núcleos corados de uma espécie alvo e um padrão interno com tamanho do genoma conhecido. Os padrões internos tradicionalmente utilizados, propostos principalmente por laboratórios europeus, são cultivares de plantas adaptadas ao clima temperado (por ex., Raphanus sativus L. cv. ‘Saxa’, Glycine max L. cv. ‘Polanka’). A aquisição, propagação e desenvolvimento destas cultivares em laboratórios localizados em regiões tropicais ainda é um desafio para o desenvolvimento da citometria de fluxo em uma escala global. Neste estudo, é apresentada uma lista de padrões internos composta por cultivares brasileiros de plantas comerciais. Estas plantas tiveram seu tamanho do genoma estimado por citometria de fluxo utilizando três diferentes tampões: LB01, Marie e WPB. Foram checadas estatisticamente a qualidade dos histogramas, variação entre medições e repetitividade dos valores estimados. Também foram realizadas análises citogenéticas para avaliar a estabilidade cariotípica das cultivares selecionadas. Por fim, nós recomendamos como uma nova lista de padrões internos para citometria de fluxo: Citrullus lanatus (Thunb.) Matsum. & Nakai cv. Crimson Sweet (2C = 0,87 pg), Vigna unguiculata (L.) Walp. cv. BRS Pujante (2C = 1,36 pg), Lycopersicon esculentum Mill. cv. IPA-6 (2C = 2,05 pg), Petroselinum crispum (Mill.) Fuss cv. Graúda (2C = 4,15 pg), Allium cepa L. cv. IPA-11 (2C = 35,22 pg), e Nothoscordum pulchellum Kunth (2C = 49,09 pg). Este último não é uma planta cultivada, mas pode ser importante como padrão para análise de genomas gigantes (ex: Amaryllidaceae, Loranthaceae etc.). Como as regiões tropicais detém a maior biodiversidade vegetal, esta lista é uma ferramenta útil para o aumento no número de espécies com conteúdo de DNA quantificado em biomas tropicais.CAPESFlow cytometry is the most widely used method for genome size quantification in plants. The protocol is based on the comparison between the mean fluorescence of stained nuclei of a target specie and an internal standard with known genome size. The traditionally used internal standards, proposed mainly by European Labs, are cultivars of temperate plants (for ex., Raphanus sativus L. cv. ‘Saxa’, Glycine max L. cv. ‘Polanka’). The acquisition, propagation and development of these cultivars in laboratories based on tropical regions is still a challenge for the development of flow cytometry on a global scale. In this study, we present a list of internal standards composed by Brazilian cultivar of crop plants. These plants had their genome size estimated by flow cytometry using three different buffers: LB01, Marie and WPB. We checked the quality of the histograms, variation between measurements, and repeatability of the values estimated by a statistical approach. We also undertake cytogenetic analysis in order to evaluate karyotype stability of the selected cultivars. In the end, we recommend as a new set of internal standards for flow cytometry: Citrullus lanatus (Thunb.) Matsum. & Nakai cv. Crimson Sweet (2C = 0,87 pg), Vigna unguiculata (L.) Walp. cv. BRS Pujante (2C = 1,36 pg), Lycopersicon esculentum Mill. cv. IPA-6 (2C = 2,05 pg), Petroselinum crispum (Mill.) Fuss cv. Graúda (2C = 4,15 pg), Allium cepa L. cv. IPA-11 (2C = 35,22 pg), and Nothoscordum pulchellum Kunth (2C = 49,09 pg). The last one is not a cultivated plant, but may be an important standard for analysis of giant genomes (ex: Amaryllidaceae, Loranthaceae etc.). As the tropical region holds the greatest vegetal biodiversity, this list is a useful tool and can increase the number of species with the estimated DNA content in tropical biomes.porUniversidade Federal de PernambucoPrograma de Pos Graduacao em Biologia VegetalUFPEBrasilAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/openAccessPlantas tropicaisCitometria de fluxoEstabilidade cariotípicaPrimeira lista de plantas tropicais propostas como padrões de referência para estimativa de tamanho do genoma por citometria de fluxoinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesismestradoreponame:Repositório Institucional da UFPEinstname:Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)instacron:UFPETHUMBNAILDISSERTAÇÃO Lucas Alexandre de Souza Costa.pdf.jpgDISSERTAÇÃO Lucas Alexandre de Souza Costa.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1222https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/33316/5/DISSERTA%c3%87%c3%83O%20Lucas%20Alexandre%20de%20Souza%20Costa.pdf.jpg0782e8aa5d6e0c0e7887ddff5249ea9eMD55ORIGINALDISSERTAÇÃO Lucas Alexandre de Souza Costa.pdfDISSERTAÇÃO Lucas Alexandre de Souza Costa.pdfapplication/pdf2833162https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/33316/1/DISSERTA%c3%87%c3%83O%20Lucas%20Alexandre%20de%20Souza%20Costa.pdf34eecc5bf2369bf897d1a1857e5cd13eMD51CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; 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