Análise do perfil genético de virulência, resistência e relação clonal de isolados clínicos de Proteus mirabilis carreadores e não carreadores do gene blaKPC e blaNDM provenientes de um hospital de Recife-PE

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: BELTRÃO, Elizabeth Maria Bispo
Data de Publicação: 2021
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFPE
dARK ID: ark:/64986/0013000010cqw
Texto Completo: https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/42890
Resumo: Este estudo teve por objetivo caracterizar os genes de virulência, resistência e relação clonal em isolados clínicos de P. mirabilis carreadores e não carreadores do gene blaKPC ou blaNDM provenientes de um hospital público de Recife em 2017 a 2019. Foram coletados 39 isolados clínicos de P. mirabilis, sendo 20 isolados carreadores e 19 não carreadores do gene blaKPC ou blaNDM, provenientes de diferentes sítios de infecção nos pacientes. Os isolados foram identificados por sistema automatizado pelo laboratório de Microbiologia do Hospital do esudo. O DNA total dos isolados foi extraído e submetido a Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) para a investigação de genes de resistência (blaKPC, blaNDM, blaOXA-10, blaOXA- 48, blaOXA-23, blaOXA-58, blaGES, blaIMP, blaVIM e qnrD) e virulência (mrpG, pstS, nrpG, pbtA, ucaA, pmfA,), como também submetido à técnica de tipagem Consenso Intergênico Repetitivo Enterobacteriano-Reação em Cadeia da Polimerase (ERIC-PCR). Os amplicons foram sequenciados pela técnica de Sanger. Foram selecionados dois isolados de P. mirabilis multidroga resistente e carreadores dos genes blaKPC e blaNDM para a extração de DNA plasmidial e posterior sequenciamento por Illumina MiSeq. As sequencias dos plasmídeos foram montadas e analisadas pelos programas Trimmomatic, Velvet, Cap3 e Artemis Sanger. Os resultados mostraram que os isolados apresentaram disseminação multiclonal e alta variabilidade genética, de acordo com a tipagem pela ERIC-PCR. O gene de resistência mais encontrado foi blaOXA-10-like (n = 18), seguido por blaKPC (n = 10) e blaNDM (n = 8). Este é o primeiro relato de blaOXA-10 em P. mirabilis no Brasil, bem como da ocorrência de P. mirabilis co-portador de blaOXA-10/blaKPC e blaOXA-10/blaNDM. Como também o primeiro relato de P. mirabilis albergando o gene blaGES em 3 isolados. Revelando o vasto e variado arsenal genético de resistência dessas cepas bacterianas. Os genes de virulência para adesinas pmfA e mrpG, e o gene para transporte de fosfato pstS foram encontrados em todos os isolados investigados, isso sugere que esses genes são intrínsecos nessa espécie. Por sua vez, os isolados portadores de blaNDM ou blaKPC apresentaram genes de virulência importantes que codificam adesinas fimbriais, como ucaA (n = 8/ 44,4%) e sideróforos, como pbtA (n = 10/55,5%) e nrpG (n = 2/11,1%). Porém, em geral, os isolados não portadores de blaKPC e blaNDM apresentaram maior número de genes de virulência, além disso este grupo apresentou maior frequência em pacientes com mais de 60 anos e os pacientes fizeram uso de mais antimicrobianos quando comparados ao grupo portador. Com relação ao conteúdo plasmidial, o isolado P20-A2 albergava os genes de resistência aph(3')-VI, blaKPC e qnrD1, além disso o isolado albergava os plasmídeos IncQ e Col3M, juntamente com o transposon NTEKPC-IId. Os isolados clínicos de P. mirabilis, além de multirresistentes, apresentam fatores de virulência eficientes que podem estabelecer infecção fora do trato gastrointestinal. Visto que P. mirabilis é um patógeno emergente e frequentemente esquecido, a presença de importantes fatores de resistência e virulência nesse patógeno é alarmante e demonstra a necessidade de estudos epidemiológicos adicionais e monitoramento frequente desse organismo.
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Foram coletados 39 isolados clínicos de P. mirabilis, sendo 20 isolados carreadores e 19 não carreadores do gene blaKPC ou blaNDM, provenientes de diferentes sítios de infecção nos pacientes. Os isolados foram identificados por sistema automatizado pelo laboratório de Microbiologia do Hospital do esudo. O DNA total dos isolados foi extraído e submetido a Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) para a investigação de genes de resistência (blaKPC, blaNDM, blaOXA-10, blaOXA- 48, blaOXA-23, blaOXA-58, blaGES, blaIMP, blaVIM e qnrD) e virulência (mrpG, pstS, nrpG, pbtA, ucaA, pmfA,), como também submetido à técnica de tipagem Consenso Intergênico Repetitivo Enterobacteriano-Reação em Cadeia da Polimerase (ERIC-PCR). Os amplicons foram sequenciados pela técnica de Sanger. Foram selecionados dois isolados de P. mirabilis multidroga resistente e carreadores dos genes blaKPC e blaNDM para a extração de DNA plasmidial e posterior sequenciamento por Illumina MiSeq. As sequencias dos plasmídeos foram montadas e analisadas pelos programas Trimmomatic, Velvet, Cap3 e Artemis Sanger. Os resultados mostraram que os isolados apresentaram disseminação multiclonal e alta variabilidade genética, de acordo com a tipagem pela ERIC-PCR. O gene de resistência mais encontrado foi blaOXA-10-like (n = 18), seguido por blaKPC (n = 10) e blaNDM (n = 8). Este é o primeiro relato de blaOXA-10 em P. mirabilis no Brasil, bem como da ocorrência de P. mirabilis co-portador de blaOXA-10/blaKPC e blaOXA-10/blaNDM. Como também o primeiro relato de P. mirabilis albergando o gene blaGES em 3 isolados. Revelando o vasto e variado arsenal genético de resistência dessas cepas bacterianas. Os genes de virulência para adesinas pmfA e mrpG, e o gene para transporte de fosfato pstS foram encontrados em todos os isolados investigados, isso sugere que esses genes são intrínsecos nessa espécie. Por sua vez, os isolados portadores de blaNDM ou blaKPC apresentaram genes de virulência importantes que codificam adesinas fimbriais, como ucaA (n = 8/ 44,4%) e sideróforos, como pbtA (n = 10/55,5%) e nrpG (n = 2/11,1%). Porém, em geral, os isolados não portadores de blaKPC e blaNDM apresentaram maior número de genes de virulência, além disso este grupo apresentou maior frequência em pacientes com mais de 60 anos e os pacientes fizeram uso de mais antimicrobianos quando comparados ao grupo portador. Com relação ao conteúdo plasmidial, o isolado P20-A2 albergava os genes de resistência aph(3')-VI, blaKPC e qnrD1, além disso o isolado albergava os plasmídeos IncQ e Col3M, juntamente com o transposon NTEKPC-IId. Os isolados clínicos de P. mirabilis, além de multirresistentes, apresentam fatores de virulência eficientes que podem estabelecer infecção fora do trato gastrointestinal. Visto que P. mirabilis é um patógeno emergente e frequentemente esquecido, a presença de importantes fatores de resistência e virulência nesse patógeno é alarmante e demonstra a necessidade de estudos epidemiológicos adicionais e monitoramento frequente desse organismo.CAPESThe objective of this study is to characterize the virulence, resistance and clonal relationship genes in clinical isolates of P. mirabilis carreadores in não carreadores do gene blaKPC or blaNDM from a public hospital of Recife in 2017 to 2019. Foram collected 39 clinical isolates of P. mirabilis, being 20 isolated carriers and 19 not carriers of the blaKPC or blaNDM gene, coming from different sites of infection in patients. The isolated foram identified by an automated system by the Hospital Microbiology laboratory. No research laboratory, or two isolates total DNA was extracted and submitted to Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) for investigation of resistance genes (blaKPC, blaNDM, blaOXA-10, blaOXA-48, blaOXA- 23, blaOXA-58, blaGES, blaIMP, blaVIM and qnrD) and virulence (mrpG, pstS, nrpG, pbtA, ucaA and pmfA), as well as subject to the typing technique Repetitive Intergenic Consensus Enterobacteria-Reação em Cadeia da Polimerase (ERIC-PCR). Sequenced foram amplicons by the Sanger technique. We selected two isolates of multidrug resistant P. mirabilis carrying two blaKPC and blaNDM genes for extraction of plasmid DNA and subsequent sequencing by Illumina MiSeq. Thus, two foram plasmids were assembled and analyzed from the Trimmomatic, Velvet, Cap3 and Artemis Sanger programs. The results will show that isolates show multiclonal dissemination and high genetic variability, according to the type of ERIC- PCR. The most resistance gene found for blaOXA-10-like (n = 18), followed by blaKPC (n = 10) and blaNDM (n = 8). This is the first report of blaOXA-10 in P. mirabilis in Brazil, as the occurrence of P. mirabilis co-carrier of blaOXA-10/blaKPC and blaOXA-10/blaNDM. As also the first report of P. mirabilis harboring the blaGES gene in 3 isolates. Revealing the vast and varied genetic arsenal of resistance to these bacterial strains. The virulence genes for adesines pmfA and mrpG, and the gene for phosphate transport pstS foram found in all the isolates investigated, does not suggest that these genes are intrinsic to each species. In turn, isolates carriers of blaNDM or blaKPC show important virulence genes that encode adesines fimbriais, such as ucaA (n = 8 / 44.4%) and siderophores, such as pbtA (n = 10 / 55.5%) and nrpG. (n = 2/11.1%). Therefore, in general, those isolated who do not carry blaKPC and blaNDM show a higher number of virulence genes, also this group shows a higher frequency in patients over 60 years of age and in patients who use more antimicrobials when compared to the carrier group. Relação to the plasmid content, or isolated P20-A2 harbors the resistance genes aph(3')-VI, blaKPC and qnrD1, also dissolated or isolated it harbors the IncQ and Col3M plasmids, together with the transposon NTEKPC-IId. The clinical isolates of P. mirabilis, also multi- resistant, show efficient virulence factors that can establish infection for gastrointestinal treatment. Given that P. mirabilis is an emerging and frequently skeletal pathogen, in the presence of important factors of resistance and virulence, it is an alarming pathogen and demonstrates the need for additional epidemiological studies and frequent monitoring of the organism.porUniversidade Federal de PernambucoPrograma de Pos Graduacao em Medicina TropicalUFPEBrasilProteus mirabilisFatores de Virulênciabeta-LactamasesFatores R.Análise do perfil genético de virulência, resistência e relação clonal de isolados clínicos de Proteus mirabilis carreadores e não carreadores do gene blaKPC e blaNDM provenientes de um hospital de Recife-PEinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisdoutoradoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFPEinstname:Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)instacron:UFPEORIGINALTESE Elizabeth Maria Bispo Beltrão.pdfTESE Elizabeth Maria Bispo Beltrão.pdfapplication/pdf2407104https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/42890/1/TESE%20Elizabeth%20Maria%20Bispo%20Beltr%c3%a3o.pdf1b497992d659e4cf58fe8c3b451f8063MD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82142https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/42890/2/license.txt6928b9260b07fb2755249a5ca9903395MD52TEXTTESE Elizabeth Maria Bispo Beltrão.pdf.txtTESE Elizabeth Maria Bispo Beltrão.pdf.txtExtracted texttext/plain349590https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/42890/3/TESE%20Elizabeth%20Maria%20Bispo%20Beltr%c3%a3o.pdf.txt5728d1eace51f9e64d015efd5d128b6cMD53THUMBNAILTESE Elizabeth Maria Bispo Beltrão.pdf.jpgTESE Elizabeth Maria Bispo Beltrão.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1252https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/42890/4/TESE%20Elizabeth%20Maria%20Bispo%20Beltr%c3%a3o.pdf.jpg6428e16049edf8526a06be12d32d45d9MD54123456789/428902022-02-17 02:14:35.08oai:repositorio.ufpe.br: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ório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufpe.br/oai/requestattena@ufpe.bropendoar:22212022-02-17T05:14:35Repositório Institucional da UFPE - Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)false
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