Análise genética dos determinantes de resistência à colistina em isolado clínico de Citrobacter freundii
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Data de Publicação: | 2018 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFPE |
Texto Completo: | https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/35169 |
Resumo: | O Citrobacter freundii está frequentemente envolvido em infecções nosocomiais e tornando-se cada vez mais resistentes as múltiplas drogas, principalmente aos carbapenêmicos. Diante desse quadro, as polimixinas têm sido usadas, como última opção terapêutica. Contudo, o aumento e o inapropriado uso das polimixinas têm provocado a emergência mundial de bactérias resistentes a este fármaco. Neste trabalho visoudeterminar os fatores envolvidos no desenvolvimento da resistência à colistina no isolado clínico Citrobacter freundii C156, através da análise da estrutura molecular e identificação de possíveis mutações, deleções e/ou inserções nos determinantes genéticos e da associação desses eventos genéticos na resistência á colistina apresentada pela cepa C. freundii C156. O C. freundii C156 foi isolado de paciente de 76 anos do sexo masculino internado em um hospital de referência do Recife-PE. Os determanantes de resistência às polimixinas do C. freundii C156 foram determinados através de sequenciamento de alto rendimento e, em seguida, comparados com sequências relacionadas para enterobactérias, através das ferramentas BLAST e suas variantes. Foram feitas análises funcionais através das ferramentas PROVEAN, para predição do comprometimento da função proteica, e PSORT, SMART E TrSSP para inferência de localização celular, domínio e função transportadora e substrato específico, respectivamente. Por fim, foram analisados o perfil plasmidial e os genes adquiridos de resistência para determinação do resistoma do isolado e suas implicâncias clínicas, através das ferramentas PlasmidFinder e ResFinder. Foi encontrada a única mutação no domínio HAMP do sensor CrrB, A91T na sequência de aminoácidos. A análise do resistoma apresentou genes bem conservados para resistência a aminoglicosídeos, quinolonas e β-lactâmicos compatível com relatos da literatura. A análise plasmidial apresentou plasmídeos com IncHI2 e IncHI2A e ColRNAI cita na literatura com carreadores de genes de resistência compatível com os encontrados na análise dos determinantes de resistência a antimicrobianos. Foi identificado um novo perfil alélico (sequence type - ST) para C. freundii C156, ST117, o que confirma a diversidade genética relatada em pesquisas anteriores. Nenhum determinante de resistência a colistina apresentaram alterações significativas nas suas sequências de aminoácidos. Logo se conclui que a resistência a colistina encontrada em C. freundii C156 pode estar relacionada à mutação detectada no domínio HAMP do sensor CrrB. |
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ARAUJO, Gabriela Ingrid Rodrigues dehttp://lattes.cnpq.br/7342869349014237http://lattes.cnpq.br/3062403698472127http://lattes.cnpq.br/4936583790973623MACIEL, Maria Amélia VieiraXAVIER, Danilo Elias2019-11-06T18:41:05Z2019-11-06T18:41:05Z2018-09-12ARAUJO, Gabriela Ingrid Rodrigues de. Análise genética dos determinantes de resistência à colistina em isolado clínico de Citrobacter freundii. 2018. Dissertação (Mestrado em Medicina Tropical) - Universidade Federal de Pernambuco, Recife, 2018.https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/35169O Citrobacter freundii está frequentemente envolvido em infecções nosocomiais e tornando-se cada vez mais resistentes as múltiplas drogas, principalmente aos carbapenêmicos. Diante desse quadro, as polimixinas têm sido usadas, como última opção terapêutica. Contudo, o aumento e o inapropriado uso das polimixinas têm provocado a emergência mundial de bactérias resistentes a este fármaco. Neste trabalho visoudeterminar os fatores envolvidos no desenvolvimento da resistência à colistina no isolado clínico Citrobacter freundii C156, através da análise da estrutura molecular e identificação de possíveis mutações, deleções e/ou inserções nos determinantes genéticos e da associação desses eventos genéticos na resistência á colistina apresentada pela cepa C. freundii C156. O C. freundii C156 foi isolado de paciente de 76 anos do sexo masculino internado em um hospital de referência do Recife-PE. Os determanantes de resistência às polimixinas do C. freundii C156 foram determinados através de sequenciamento de alto rendimento e, em seguida, comparados com sequências relacionadas para enterobactérias, através das ferramentas BLAST e suas variantes. Foram feitas análises funcionais através das ferramentas PROVEAN, para predição do comprometimento da função proteica, e PSORT, SMART E TrSSP para inferência de localização celular, domínio e função transportadora e substrato específico, respectivamente. Por fim, foram analisados o perfil plasmidial e os genes adquiridos de resistência para determinação do resistoma do isolado e suas implicâncias clínicas, através das ferramentas PlasmidFinder e ResFinder. Foi encontrada a única mutação no domínio HAMP do sensor CrrB, A91T na sequência de aminoácidos. A análise do resistoma apresentou genes bem conservados para resistência a aminoglicosídeos, quinolonas e β-lactâmicos compatível com relatos da literatura. A análise plasmidial apresentou plasmídeos com IncHI2 e IncHI2A e ColRNAI cita na literatura com carreadores de genes de resistência compatível com os encontrados na análise dos determinantes de resistência a antimicrobianos. Foi identificado um novo perfil alélico (sequence type - ST) para C. freundii C156, ST117, o que confirma a diversidade genética relatada em pesquisas anteriores. Nenhum determinante de resistência a colistina apresentaram alterações significativas nas suas sequências de aminoácidos. Logo se conclui que a resistência a colistina encontrada em C. freundii C156 pode estar relacionada à mutação detectada no domínio HAMP do sensor CrrB.CAPESCitrobacter freundii is frequently involved in nosocomial infections and the multiple drugs, especially carbapenems, are becoming increasingly resistant. In view of this situation, polymyxins have been used as the last therapeutic option. However, the increase and inappropriate use of polymyxins has caused the worldwide emergence of polymyxin-resistant bacteria. This study aimed to determine the factors involved in the development of resistance to colistin in the clinical isolate C. freundii C156, by analyzing the molecular structure and identification of possible mutations, deletions and / or insertions in the genetic determinants and the association of these genetic events in resistance to colistin presented by strain C. freundii C156. The strain C156 was isolated from a 76-year-old male patient admitted to a reference hospital in Recife-PE. C. freundii C156 polymyxin resistance detergents were determined by high throughput sequencing and then compared to enterobacteria-related sequences through the BLAST tools and their variants. Functional analyzes were performed using the PROVEAN tools to predict protein function impairment and PSORT, SMART and TrSSP for inference of cell location, domain and carrier function, and specific substrate, respectively. Finally, the plasmid profile and acquired resistance genes for the determination of the resistance of the isolate and its clinical implications were analyzed using the PlasmidFinder and ResFinder tools. As result of this the only study mutation in the HAMP domain of the CrrB sensor, A91T in the amino acid sequence, was found. Resistance analysis showed well-conserved genes for resistance to aminoglycosides, quinolones and β-lactams consistent with reports in the literature. Plasmid analysis showed plasmids with IncHI2 and IncHI2A and ColRNAI cited in the literature as carriers of resistance genes compatible with those found in the analysis of antimicrobial resistance determinants. A new sequence type (ST) for C. freundii C156, ST117 was identified, confirming the genetic diversity reported in previous research. No determinant of resistance to colistin showed significant changes in their amino acid sequences. It is therefore concluded that the resistance to colistin found in strain C156 may be related to the mutation detected in the HAMP domain of the CrrB sensor.porUniversidade Federal de PernambucoPrograma de Pos Graduacao em Medicina TropicalUFPEBrasilAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/embargoedAccessEnterobacteriaceaColistinaResistência a multidrogasAnálise genética dos determinantes de resistência à colistina em isolado clínico de Citrobacter freundiiinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesismestradoreponame:Repositório Institucional da UFPEinstname:Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)instacron:UFPECC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-8811https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/35169/2/license_rdfe39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34MD52LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/35169/3/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD53ORIGINALDISSERTAÇÃO Gabriela Ingrid Rodrigues de Araujo.pdfDISSERTAÇÃO Gabriela Ingrid Rodrigues de Araujo.pdfapplication/pdf1442727https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/35169/1/DISSERTA%c3%87%c3%83O%20Gabriela%20Ingrid%20Rodrigues%20de%20Araujo.pdfa41e267096763aa53ed58c820d25c490MD51TEXTDISSERTAÇÃO Gabriela Ingrid Rodrigues de Araujo.pdf.txtDISSERTAÇÃO Gabriela Ingrid Rodrigues de Araujo.pdf.txtExtracted texttext/plain162589https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/35169/4/DISSERTA%c3%87%c3%83O%20Gabriela%20Ingrid%20Rodrigues%20de%20Araujo.pdf.txtb6f5e30a3675a8714229c4e9d76839b1MD54THUMBNAILDISSERTAÇÃO Gabriela Ingrid Rodrigues de Araujo.pdf.jpgDISSERTAÇÃO Gabriela Ingrid Rodrigues de Araujo.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1269https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/35169/5/DISSERTA%c3%87%c3%83O%20Gabriela%20Ingrid%20Rodrigues%20de%20Araujo.pdf.jpg320a1c2424d1d19df588d634808a81e9MD55123456789/351692019-11-07 02:15:36.369oai:repositorio.ufpe.br:123456789/35169Tk9URTogUExBQ0UgWU9VUiBPV04gTElDRU5TRSBIRVJFClRoaXMgc2FtcGxlIGxpY2Vuc2UgaXMgcHJvdmlkZWQgZm9yIGluZm9ybWF0aW9uYWwgcHVycG9zZXMgb25seS4KCk5PTi1FWENMVVNJVkUgRElTVFJJQlVUSU9OIExJQ0VOU0UKCkJ5IHNpZ25pbmcgYW5kIHN1Ym1pdHRpbmcgdGhpcyBsaWNlbnNlLCB5b3UgKHRoZSBhdXRob3Iocykgb3IgY29weXJpZ2h0Cm93bmVyKSBncmFudHMgdG8gRFNwYWNlIFVuaXZlcnNpdHkgKERTVSkgdGhlIG5vbi1leGNsdXNpdmUgcmlnaHQgdG8gcmVwcm9kdWNlLAp0cmFuc2xhdGUgKGFzIGRlZmluZWQgYmVsb3cpLCBhbmQvb3IgZGlzdHJpYnV0ZSB5b3VyIHN1Ym1pc3Npb24gKGluY2x1ZGluZwp0aGUgYWJzdHJhY3QpIHdvcmxkd2lkZSBpbiBwcmludCBhbmQgZWxlY3Ryb25pYyBmb3JtYXQgYW5kIGluIGFueSBtZWRpdW0sCmluY2x1ZGluZyBidXQgbm90IGxpbWl0ZWQgdG8gYXVkaW8gb3IgdmlkZW8uCgpZb3UgYWdyZWUgdGhhdCBEU1UgbWF5LCB3aXRob3V0IGNoYW5naW5nIHRoZSBjb250ZW50LCB0cmFuc2xhdGUgdGhlCnN1Ym1pc3Npb24gdG8gYW55IG1lZGl1bSBvciBmb3JtYXQgZm9yIHRoZSBwdXJwb3NlIG9mIHByZXNlcnZhdGlvbi4KCllvdSBhbHNvIGFncmVlIHRoYXQgRFNVIG1heSBrZWVwIG1vcmUgdGhhbiBvbmUgY29weSBvZiB0aGlzIHN1Ym1pc3Npb24gZm9yCnB1cnBvc2VzIG9mIHNlY3VyaXR5LCBiYWNrLXVwIGFuZCBwcmVzZXJ2YXRpb24uCgpZb3UgcmVwcmVzZW50IHRoYXQgdGhlIHN1Ym1pc3Npb24gaXMgeW91ciBvcmlnaW5hbCB3b3JrLCBhbmQgdGhhdCB5b3UgaGF2ZQp0aGUgcmlnaHQgdG8gZ3JhbnQgdGhlIHJpZ2h0cyBjb250YWluZWQgaW4gdGhpcyBsaWNlbnNlLiBZb3UgYWxzbyByZXByZXNlbnQKdGhhdCB5b3VyIHN1Ym1pc3Npb24gZG9lcyBub3QsIHRvIHRoZSBiZXN0IG9mIHlvdXIga25vd2xlZGdlLCBpbmZyaW5nZSB1cG9uCmFueW9uZSdzIGNvcHlyaWdodC4KCklmIHRoZSBzdWJtaXNzaW9uIGNvbnRhaW5zIG1hdGVyaWFsIGZvciB3aGljaCB5b3UgZG8gbm90IGhvbGQgY29weXJpZ2h0LAp5b3UgcmVwcmVzZW50IHRoYXQgeW91IGhhdmUgb2J0YWluZWQgdGhlIHVucmVzdHJpY3RlZCBwZXJtaXNzaW9uIG9mIHRoZQpjb3B5cmlnaHQgb3duZXIgdG8gZ3JhbnQgRFNVIHRoZSByaWdodHMgcmVxdWlyZWQgYnkgdGhpcyBsaWNlbnNlLCBhbmQgdGhhdApzdWNoIHRoaXJkLXBhcnR5IG93bmVkIG1hdGVyaWFsIGlzIGNsZWFybHkgaWRlbnRpZmllZCBhbmQgYWNrbm93bGVkZ2VkCndpdGhpbiB0aGUgdGV4dCBvciBjb250ZW50IG9mIHRoZSBzdWJtaXNzaW9uLgoKSUYgVEhFIFNVQk1JU1NJT04gSVMgQkFTRUQgVVBPTiBXT1JLIFRIQVQgSEFTIEJFRU4gU1BPTlNPUkVEIE9SIFNVUFBPUlRFRApCWSBBTiBBR0VOQ1kgT1IgT1JHQU5JWkFUSU9OIE9USEVSIFRIQU4gRFNVLCBZT1UgUkVQUkVTRU5UIFRIQVQgWU9VIEhBVkUKRlVMRklMTEVEIEFOWSBSSUdIVCBPRiBSRVZJRVcgT1IgT1RIRVIgT0JMSUdBVElPTlMgUkVRVUlSRUQgQlkgU1VDSApDT05UUkFDVCBPUiBBR1JFRU1FTlQuCgpEU1Ugd2lsbCBjbGVhcmx5IGlkZW50aWZ5IHlvdXIgbmFtZShzKSBhcyB0aGUgYXV0aG9yKHMpIG9yIG93bmVyKHMpIG9mIHRoZQpzdWJtaXNzaW9uLCBhbmQgd2lsbCBub3QgbWFrZSBhbnkgYWx0ZXJhdGlvbiwgb3RoZXIgdGhhbiBhcyBhbGxvd2VkIGJ5IHRoaXMKbGljZW5zZSwgdG8geW91ciBzdWJtaXNzaW9uLgo=Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufpe.br/oai/requestattena@ufpe.bropendoar:22212019-11-07T05:15:36Repositório Institucional da UFPE - Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)false |
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