Filogenia molecular e estudos populacionais no gênero Dyckia Schult. & Schult.f. (Bromeliaceae)
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Data de Publicação: | 2013 |
Tipo de documento: | Tese |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFPE |
Texto Completo: | https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/15656 |
Resumo: | O gênero Dyckia Schult & Schult.f. (Pitcairnioideae, Bromeliaceae) compreende aproximadamente 150 espécies, de natureza xerofítica/rupícola, e caracteriza-se por apresentar uma considerável variação morfológica e ocorrência de micro-endemismos, com cerca de 80% de sua ocorrência no território brasileiro. Os estudos filogenéticos (morfológicos e moleculares) prévios apontaram o monofiletismo no grupo, todavia, com relações inter-específicas ainda não esclarecidas. Assim, a reconstrução filogenética em 101 espécimes (ca. 60 spp.) do gênero foram conduzidos, a partir da geração dos marcadores do tipo AFLP (Amplified Fragments Lenght Polymorphism). Quanto às análises populacionais, com o objetivo de revelar os primeiros insights nas populações de Dyckia nos brejos pernambucanos, foram desenvolvidos primers de microssatélites e aplicados em quatro populações de Dyckia pernambucana e uma de D. limae ocorrentes nos Brejos de Altitude do Planalto da Borborema (Pernambuco, Brasil), bem como, três populações de D. dissitiflora, localizadas na região da Chapada Diamantina, totalizando 87 indivíduos. Assim, dados acerca da variabilidade genética e padrões de fluxo gênico, foram obtidas, mediante uso dos marcadores de microssatélites (nucleares e plastidiais) e AFLP. As inferências filogenéticas confirmaram o monofiletismo do grupo, com topologia apresentando elevado suporte na maioria dos nós terminais do dendrogama. Adicionalmente, os dados revelaram a estreita relação de Dyckia com o grupo-irmão Encholirium, no entanto, os índices de consistência e de retenção (CI e RI) revelaram níveis significantes de homoplasia, onde politomias e baixa resolução foram observados, principalmente nos nós mais basais. No entanto o padrão genético/geográfico encontrado corroborou as hipóteses, de irradiação recente, no grupo. A associação dos marcadores revelaram níveis de variabilidade consideráveis para as populações de Pernambuco, provavelmente modeladas por deriva genética, apresentando acentuada riqueza alélica e haplotípica, quando comparadas a outros trabalhos populacionais em Bromeliaceae. Os dados de diferenciação genética revelaram estruturação populacional acentuada, com definida separação entre as populações de D. dissitiflora e do Grupo Pernambuco. Adicionalmente, os dados moleculares em conjunto com os morfológicos não puderam estabelecer a separação de D. limae das demais populações de D. pernambucana, sugerindo que este grupo Pernambuco é composto por apenas uma espécie. |
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PINANGÉ, Diego Sotero de BarrosISEPPON, Ana Maria Benko2016-03-03T17:44:37Z2016-03-03T17:44:37Z2013-08-30https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/15656O gênero Dyckia Schult & Schult.f. (Pitcairnioideae, Bromeliaceae) compreende aproximadamente 150 espécies, de natureza xerofítica/rupícola, e caracteriza-se por apresentar uma considerável variação morfológica e ocorrência de micro-endemismos, com cerca de 80% de sua ocorrência no território brasileiro. Os estudos filogenéticos (morfológicos e moleculares) prévios apontaram o monofiletismo no grupo, todavia, com relações inter-específicas ainda não esclarecidas. Assim, a reconstrução filogenética em 101 espécimes (ca. 60 spp.) do gênero foram conduzidos, a partir da geração dos marcadores do tipo AFLP (Amplified Fragments Lenght Polymorphism). Quanto às análises populacionais, com o objetivo de revelar os primeiros insights nas populações de Dyckia nos brejos pernambucanos, foram desenvolvidos primers de microssatélites e aplicados em quatro populações de Dyckia pernambucana e uma de D. limae ocorrentes nos Brejos de Altitude do Planalto da Borborema (Pernambuco, Brasil), bem como, três populações de D. dissitiflora, localizadas na região da Chapada Diamantina, totalizando 87 indivíduos. Assim, dados acerca da variabilidade genética e padrões de fluxo gênico, foram obtidas, mediante uso dos marcadores de microssatélites (nucleares e plastidiais) e AFLP. As inferências filogenéticas confirmaram o monofiletismo do grupo, com topologia apresentando elevado suporte na maioria dos nós terminais do dendrogama. Adicionalmente, os dados revelaram a estreita relação de Dyckia com o grupo-irmão Encholirium, no entanto, os índices de consistência e de retenção (CI e RI) revelaram níveis significantes de homoplasia, onde politomias e baixa resolução foram observados, principalmente nos nós mais basais. No entanto o padrão genético/geográfico encontrado corroborou as hipóteses, de irradiação recente, no grupo. A associação dos marcadores revelaram níveis de variabilidade consideráveis para as populações de Pernambuco, provavelmente modeladas por deriva genética, apresentando acentuada riqueza alélica e haplotípica, quando comparadas a outros trabalhos populacionais em Bromeliaceae. Os dados de diferenciação genética revelaram estruturação populacional acentuada, com definida separação entre as populações de D. dissitiflora e do Grupo Pernambuco. Adicionalmente, os dados moleculares em conjunto com os morfológicos não puderam estabelecer a separação de D. limae das demais populações de D. pernambucana, sugerindo que este grupo Pernambuco é composto por apenas uma espécie.FACEPEThe xeromorphic genus Dyckia Schult.f. (Pticairnioideae subfamily, Bromeliaceae) currently comprises about 150 species, exhibiting an enormous morphological variability and occurrence of micro-endemisms with about 80% of their occurrence in the Brazilian territory. Previous phylogenetic studies (morphological and molecular) have reported the monophyly of this group, nevertheless, with still unclear interspecific relationships. Thus, the phylogenetic reconstruction, in 101 specimens (ca. 60 spp.), in Dyckia was performed from the amplification of AFLP (Amplified Fragments Lenght Polymorphism) marks. As for population analysis microsatellite primers were developed and apllied in one and four populations of D. limae and D. pernambucana respectively, occurring in the “Brejos de Altitude” of the Borborema Plateau (Pernambuco, Brazil), in order to reveal the first insights in populations of Dyckia in Pernambuco State. Also, populations of D. dissitiflora (considered the closest species of the Pernambuco Group) located in the “Chapada Diamantina”, were collected, with a total of 87 individuals. In order to understand the patterns of gene flow and the genetic variability among populations, both microsatellite loci (nuclear and plastidial) and AFLP markers were employed. The phylogenetic inference has confirmed the monophyly in the genus with high supported topology at terminal nodes of the tree, as well as, a clear genetic/geographic pattern. Additionally, the data has revealed a close relationship with the genus Encholirium, corroborating previous studies. On the other hand the significant levels of homoplasy and politomies, especially at basal nodes, were achieved, in the present work. The association of these markers revealed considerable levels of variability in the Pernambuco populations, probably modeled by genetic drift, presenting accentuated allelic and haplotypic richness when compared to other population’s studies in Bromeliaceae. In relation to the genetic differentiation data, the combined informations of Bayesian clustering, phenetics and inbreeding indices displayed strong population structure with a defined separation between populations of D. dissitiflora and the Pernambuco Group. Moreover, the molecular data together with morphological aspects could not establish the clear separation of D. limae from other populations of D. pernambucana, suggesting that the Pernambuco Group, possibly, consists of a single species.porUniversidade Federal de PernambucoPrograma de Pos Graduacao em Ciencias BiologicasUFPEBrasilAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/openAccessBromeliáceaMata AtlânticaFilogenia molecular e estudos populacionais no gênero Dyckia Schult. & Schult.f. (Bromeliaceae)info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisdoutoradoreponame:Repositório Institucional da UFPEinstname:Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)instacron:UFPETHUMBNAILTese Diego Sotero de Barros Pinangé.pdf.jpgTese Diego Sotero de Barros Pinangé.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1255https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/15656/5/Tese%20Diego%20Sotero%20de%20Barros%20Pinang%c3%a9.pdf.jpg18994e51f1772f926f8ca8aa1695941fMD55ORIGINALTese Diego Sotero de Barros Pinangé.pdfTese Diego Sotero de Barros Pinangé.pdfapplication/pdf25681429https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/15656/1/Tese%20Diego%20Sotero%20de%20Barros%20Pinang%c3%a9.pdfbae364d2ae121e3ea42b974beebadc06MD51CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-81232https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/15656/2/license_rdf66e71c371cc565284e70f40736c94386MD52LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82311https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/15656/3/license.txt4b8a02c7f2818eaf00dcf2260dd5eb08MD53TEXTTese Diego Sotero de Barros Pinangé.pdf.txtTese Diego Sotero de Barros Pinangé.pdf.txtExtracted texttext/plain287182https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/15656/4/Tese%20Diego%20Sotero%20de%20Barros%20Pinang%c3%a9.pdf.txt49603fe2c93352e1f9cc8421486da4ccMD54123456789/156562019-10-25 07:25:08.529oai:repositorio.ufpe.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufpe.br/oai/requestattena@ufpe.bropendoar:22212019-10-25T10:25:08Repositório Institucional da UFPE - Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)false |
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O gênero Dyckia Schult & Schult.f. (Pitcairnioideae, Bromeliaceae) compreende aproximadamente 150 espécies, de natureza xerofítica/rupícola, e caracteriza-se por apresentar uma considerável variação morfológica e ocorrência de micro-endemismos, com cerca de 80% de sua ocorrência no território brasileiro. Os estudos filogenéticos (morfológicos e moleculares) prévios apontaram o monofiletismo no grupo, todavia, com relações inter-específicas ainda não esclarecidas. Assim, a reconstrução filogenética em 101 espécimes (ca. 60 spp.) do gênero foram conduzidos, a partir da geração dos marcadores do tipo AFLP (Amplified Fragments Lenght Polymorphism). Quanto às análises populacionais, com o objetivo de revelar os primeiros insights nas populações de Dyckia nos brejos pernambucanos, foram desenvolvidos primers de microssatélites e aplicados em quatro populações de Dyckia pernambucana e uma de D. limae ocorrentes nos Brejos de Altitude do Planalto da Borborema (Pernambuco, Brasil), bem como, três populações de D. dissitiflora, localizadas na região da Chapada Diamantina, totalizando 87 indivíduos. Assim, dados acerca da variabilidade genética e padrões de fluxo gênico, foram obtidas, mediante uso dos marcadores de microssatélites (nucleares e plastidiais) e AFLP. As inferências filogenéticas confirmaram o monofiletismo do grupo, com topologia apresentando elevado suporte na maioria dos nós terminais do dendrogama. Adicionalmente, os dados revelaram a estreita relação de Dyckia com o grupo-irmão Encholirium, no entanto, os índices de consistência e de retenção (CI e RI) revelaram níveis significantes de homoplasia, onde politomias e baixa resolução foram observados, principalmente nos nós mais basais. No entanto o padrão genético/geográfico encontrado corroborou as hipóteses, de irradiação recente, no grupo. A associação dos marcadores revelaram níveis de variabilidade consideráveis para as populações de Pernambuco, provavelmente modeladas por deriva genética, apresentando acentuada riqueza alélica e haplotípica, quando comparadas a outros trabalhos populacionais em Bromeliaceae. Os dados de diferenciação genética revelaram estruturação populacional acentuada, com definida separação entre as populações de D. dissitiflora e do Grupo Pernambuco. Adicionalmente, os dados moleculares em conjunto com os morfológicos não puderam estabelecer a separação de D. limae das demais populações de D. pernambucana, sugerindo que este grupo Pernambuco é composto por apenas uma espécie. |
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