Construção de antígenos a partir de predição de epítopos como estratégia para o desenvolvimento de vacina de DNA contra o SARS-CoV-2
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Data de Publicação: | 2022 |
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Texto Completo: | https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/46130 |
Resumo: | O rápido agravamento da pandemia da COVID-19 impulsionou o desenvolvimento de plataformas vacinais de fácil edição, como as vacinas de DNA multiepítopo. Nesse cenário, é interessante investir em construções vacinais para comparar as estratégias vacinais com ampla conservação de epítopos e capacidade de cobertura populacional. O presente estudo objetivou construir antígenos multiepítopo do SARS-CoV-2, para produção de vacinas de DNA a partir de duas abordagens: epítopos descritos na literatura (I) e preditos a partir da sequência de referência (II). A abordagem I utilizou epítopos das proteínas S e N disponíveis na literatura que foram clonados in silico e verificados quanto aos seus valores de imunogenicidade, conservação, cobertura populacional e docking molecular. A construção vacinal com > 90% de cobertura incluiu 15 epítopos conservados com potencial imunogênico e que conseguiram se ancorar na fenda dos HLAs. Para a abordagem II foi feita a predição e análise de epítopos das proteínas estruturais, nsP1 e acessórias para identificar aqueles 100% conservados, com maiores valores de cobertura populacional e ancorados nos HLAs. Foram preditos entre 36 e 420 epítopos por proteína. Após as análises, 25 epítopos compuseram essa construção com 53,4% de cobertura. Portanto, este estudo gerou diferentes conjuntos de epítopos capazes de cobrir diferentes populações sendo destacada a segunda construção que conseguiu se manter totalmente conservada mesmo diante das variantes emergentes com potencial para validação futura em estudos in vitro e in vivo. |
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O presente estudo objetivou construir antígenos multiepítopo do SARS-CoV-2, para produção de vacinas de DNA a partir de duas abordagens: epítopos descritos na literatura (I) e preditos a partir da sequência de referência (II). A abordagem I utilizou epítopos das proteínas S e N disponíveis na literatura que foram clonados in silico e verificados quanto aos seus valores de imunogenicidade, conservação, cobertura populacional e docking molecular. A construção vacinal com > 90% de cobertura incluiu 15 epítopos conservados com potencial imunogênico e que conseguiram se ancorar na fenda dos HLAs. Para a abordagem II foi feita a predição e análise de epítopos das proteínas estruturais, nsP1 e acessórias para identificar aqueles 100% conservados, com maiores valores de cobertura populacional e ancorados nos HLAs. Foram preditos entre 36 e 420 epítopos por proteína. Após as análises, 25 epítopos compuseram essa construção com 53,4% de cobertura. Portanto, este estudo gerou diferentes conjuntos de epítopos capazes de cobrir diferentes populações sendo destacada a segunda construção que conseguiu se manter totalmente conservada mesmo diante das variantes emergentes com potencial para validação futura em estudos in vitro e in vivo.CNPqThe rapid worsening of the COVID-19 pandemic has spurred the development of easy-to-edit vaccine platforms, such as multiepitope DNA vaccines. In this scenario, it is interesting to invest in vaccine constructs to compare vaccine constructs with broad epitope conservation and population coverage capacity. The present study aimed to construct SARS-CoV-2 multiepitope antigens for the production of DNA vaccines using two approaches: epitopes described in the literature (I) and predicted from the reference sequence (II). The approach I used epitopes of S and N proteins available in the literature that were cloned in silico and verified for their immunogenicity, conservation, population coverage, and molecular docking values. The vaccine construction with > 90% coverage included 15 conserved epitopes with immunogenic potential that were able to anchor in the HLA cleft. For approach II, prediction and analysis of epitopes of structural, nsP1 and accessory proteins was performed to identify those 100% conserved, with higher population coverage values and anchored in HLAs. Between 36 and 420 epitopes per protein were predicted. After analysis, 25 epitopes composed this construction with 53.4% coverage. Therefore, this study generated different sets of epitopes capable of covering different populations, highlighting the second construction that managed to remain fully conserved even in the face of emerging variants with potential for future validation in in vitro and in vivo studies.porUniversidade Federal de PernambucoPrograma de Pos Graduacao em GeneticaUFPEBrasilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/embargoedAccessVírus - GenéticaSARS-COV-2VacinasConstrução de antígenos a partir de predição de epítopos como estratégia para o desenvolvimento de vacina de DNA contra o SARS-CoV-2info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesismestradoreponame:Repositório Institucional da UFPEinstname:Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)instacron:UFPEORIGINALDISSERTAÇÃO Maria da Conceição Viana Invenção.pdfDISSERTAÇÃO Maria da Conceição Viana Invenção.pdfapplication/pdf3714919https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/46130/1/DISSERTA%c3%87%c3%83O%20Maria%20da%20Concei%c3%a7%c3%a3o%20Viana%20Inven%c3%a7%c3%a3o.pdf2fc06fa883039070e7960619f53c7694MD51CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; 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