Estratégias de finalização da montagem do genoma da Bactéria Diazotrófica Endofítica Herbaspirillum Seropedicae SmR1
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Data de Publicação: | 2010 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFPR |
Texto Completo: | http://hdl.handle.net/1884/23540 |
Resumo: | Resumo: Herbaspirillum seropedicae SmR1 e Herbaspirillum rubrisubalbicans M1 são bactérias diazotróficas endofíticas associadas a diversos grupos de plantas, principalmente gramíneas de importância agrícola. Neste trabalho foram utilizadas diferentes estratégias visando o fechamento do genoma do H. seropedicae estirpe SmR1. O genoma completo do H. seropedicae SmR1 finalizado contem 5.513.887 pb e 63,4%G+C . Foram identificados 4.737 genes compreendendo 88% do genoma, 55 tRNAS e três operons de RNA ribossomais. Os padrões de fragmentação in silico do DNA genômico do H. seropedicae em sítios de restrição específicos concordaram com análises por eletroforese em campo pulsado (PFGE), apoiando a ordenação da sequência genômica obtida. A sequência parcial do genoma do H. rubrisubalbicans analisado apresenta 3.291.242 pb, e um conteúdo GC de 61,3%, distribuídos em 2.703 sequências contíguas. A anotação deste genoma foi realizada com base em análises comparativas, utilizando o genoma de H. seropedicae como referência. Foram identificados 1.569 genes, 10 tRNAS e 1 operon de RNA ribossomal. Os produtos de tradução dos genes de ambos os genomas foram classificados em categorias funcionais de acordo com o banco de dados COG. A análise de códon mostrou uma forte tendência no uso de códons sinônimos contendo G e C na terceira base, refletindo o ao alto conteúdo de GC no genoma de H. seropedicae. Finalmente, os aminoácidos glicina, alanina e valina apresentam as maiores freqüências nas proteínas codificadas pelo genoma de H. seropedicae. |
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Weiss, Vinicius Almir, 1984-Universidade Federal do Paraná. Setor de Ciencias Biológicas. Programa de Pós-Graduaçao em BioquímicaRaittz, Roberto TadeuCruz, Leonardo Magalhaes2010-05-26T19:52:51Z2010-05-26T19:52:51Z2010-05-26T19:52:51Zhttp://hdl.handle.net/1884/23540Resumo: Herbaspirillum seropedicae SmR1 e Herbaspirillum rubrisubalbicans M1 são bactérias diazotróficas endofíticas associadas a diversos grupos de plantas, principalmente gramíneas de importância agrícola. Neste trabalho foram utilizadas diferentes estratégias visando o fechamento do genoma do H. seropedicae estirpe SmR1. O genoma completo do H. seropedicae SmR1 finalizado contem 5.513.887 pb e 63,4%G+C . Foram identificados 4.737 genes compreendendo 88% do genoma, 55 tRNAS e três operons de RNA ribossomais. Os padrões de fragmentação in silico do DNA genômico do H. seropedicae em sítios de restrição específicos concordaram com análises por eletroforese em campo pulsado (PFGE), apoiando a ordenação da sequência genômica obtida. A sequência parcial do genoma do H. rubrisubalbicans analisado apresenta 3.291.242 pb, e um conteúdo GC de 61,3%, distribuídos em 2.703 sequências contíguas. A anotação deste genoma foi realizada com base em análises comparativas, utilizando o genoma de H. seropedicae como referência. Foram identificados 1.569 genes, 10 tRNAS e 1 operon de RNA ribossomal. Os produtos de tradução dos genes de ambos os genomas foram classificados em categorias funcionais de acordo com o banco de dados COG. A análise de códon mostrou uma forte tendência no uso de códons sinônimos contendo G e C na terceira base, refletindo o ao alto conteúdo de GC no genoma de H. seropedicae. Finalmente, os aminoácidos glicina, alanina e valina apresentam as maiores freqüências nas proteínas codificadas pelo genoma de H. seropedicae.application/pdfTesesBacterias nitrificantesDNAMapeamento cromossômicoEstratégias de finalização da montagem do genoma da Bactéria Diazotrófica Endofítica Herbaspirillum Seropedicae SmR1info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisporreponame:Repositório Institucional da UFPRinstname:Universidade Federal do Paraná (UFPR)instacron:UFPRinfo:eu-repo/semantics/openAccessORIGINALVINICIUS ALMIR WEISS.pdfapplication/pdf1868416https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/23540/1/VINICIUS%20ALMIR%20WEISS.pdfb005d41f8d275d9620dc58979207ff48MD51open accessTEXTVINICIUS ALMIR WEISS.pdf.txtVINICIUS ALMIR WEISS.pdf.txtExtracted Texttext/plain98166https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/23540/2/VINICIUS%20ALMIR%20WEISS.pdf.txt0fd9d098dd2b813f88e856d150b5b11eMD52open accessTHUMBNAILVINICIUS ALMIR WEISS.pdf.jpgVINICIUS ALMIR WEISS.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1184https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/23540/3/VINICIUS%20ALMIR%20WEISS.pdf.jpg451a62a190717e2cc3a9e3e02040715dMD53open access1884/235402016-04-07 03:27:58.961open accessoai:acervodigital.ufpr.br:1884/23540Repositório de PublicaçõesPUBhttp://acervodigital.ufpr.br/oai/requestopendoar:3082016-04-07T06:27:58Repositório Institucional da UFPR - Universidade Federal do Paraná (UFPR)false |
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