Web GAAT : a web tool for genome analysis and annotation

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Moraes, Carlos Emanuel de
Data de Publicação: 2017
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFPR
Texto Completo: https://hdl.handle.net/1884/69906
Resumo: Orientador: Prof. Dr. Alessandro Brawerman
id UFPR_416dc4c5164ee0206941790f839d27d9
oai_identifier_str oai:acervodigital.ufpr.br:1884/69906
network_acronym_str UFPR
network_name_str Repositório Institucional da UFPR
repository_id_str 308
spelling Moraes, Carlos Emanuel deCruz, Leonardo Magalhães, 1971-Universidade Federal do Paraná. Setor de Educação Profissional e Tecnológica. Programa de Pós-Graduação em BioinformáticaBrawerman, Alessandro, 1977-2022-05-09T19:50:25Z2022-05-09T19:50:25Z2017https://hdl.handle.net/1884/69906Orientador: Prof. Dr. Alessandro BrawermanCoorientador: Prof. Dr. Leonardo Magalhães CruzDissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Educação Profissional e Tecnológica, Programa de Pós-Graduação em Bioinformática. Defesa : Curitiba, 15/12/2016Inclui referências: p 89-93Área de concentração: BioinformáticaResumo: A grande quantidade de dados genômicos, obtidos através de sequenciadores automáticos de DNA de nova geração, os NGS, tem possibilitado o estudo de genomas em níveis inéditos. Embora existam diferentes programas de computador direcionados às diversas tarefas relacionadas ao estudo destes dados, o complexo processo de análise e anotação de genomas frente ao variado volume de informação tem sido um fator limitante em inúmeros casos. Não só os programas de computador utilizados precisam oferecer um processamento eficiente como precisam também ser intuitivos e de fácil utilização. Neste aspecto, a Visualização da Informação (VI), a qual se apoia nos limites da visão e percepção humana, para desenvolver métodos computacionais eficazes para interação e compreensão de dados em grande escala, se mostra como um diferencial para obtenção de melhores resultados. Após analisar as diferentes ferramentas disponíveis, suas interfaces, utilização e resultados gerados, este trabalho apresenta o desenvolvimento do Web GAAT, uma plataforma que tem como objetivo reunir os principais programas utilizados para análise e anotação de genomas em uma interface única, que faz uso de recursos de VI, possibilitando a fácil visualização e interação com genomas de procariotos, em projetos individuais ou colaborativos. Palavras-chave: Visualização de genomas. Anotação de genomas. Visualização da informação.Abstract: The large amount of genomic data obtained through next-generation sequencing, the NGS, has allowed the study of genomes in unprecedented levels. Although there are many computer programs targeted to the various tasks related to the study of these data, the complex process of genome analysis and annotation facing the vast amount of information has been a limiting factor in many cases. Computer programs not only must offer efficient processing but must also be intuitive and easy to use. In this aspect, the Information Visualization (VI), which rests within the limits of human perception and vision to develop effective computational methods for interaction and understanding of large-scale data, can possibly be a differentiator for obtaining better results. By analyzing the different tools available, their interfaces, use and outputs, this paper presents the development of Web GAAT, a platform that aims to bring together the main programs used in genome analysis and annotation. Under a single interface, based on VI technics, the platform provides easy visualization and interaction with prokaryotic genomes, in individual or collaborative projects. Keywords: Genome visualization. Genome annotation. Information visualization.1 recurso online : PDF.application/pdfGenomasVisualização da informaçãoBioinformáticaWeb GAAT : a web tool for genome analysis and annotationinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisporreponame:Repositório Institucional da UFPRinstname:Universidade Federal do Paraná (UFPR)instacron:UFPRinfo:eu-repo/semantics/openAccessORIGINALR - D - CARLOS EMANUEL DE MORAES.pdfapplication/pdf3184130https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/69906/1/R%20-%20D%20-%20CARLOS%20EMANUEL%20DE%20MORAES.pdf3a3683d73a4f61901b703069f53bbafdMD51open access1884/699062022-05-09 16:50:25.873open accessoai:acervodigital.ufpr.br:1884/69906Repositório de PublicaçõesPUBhttp://acervodigital.ufpr.br/oai/requestopendoar:3082022-05-09T19:50:25Repositório Institucional da UFPR - Universidade Federal do Paraná (UFPR)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Web GAAT : a web tool for genome analysis and annotation
title Web GAAT : a web tool for genome analysis and annotation
spellingShingle Web GAAT : a web tool for genome analysis and annotation
Moraes, Carlos Emanuel de
Genomas
Visualização da informação
Bioinformática
title_short Web GAAT : a web tool for genome analysis and annotation
title_full Web GAAT : a web tool for genome analysis and annotation
title_fullStr Web GAAT : a web tool for genome analysis and annotation
title_full_unstemmed Web GAAT : a web tool for genome analysis and annotation
title_sort Web GAAT : a web tool for genome analysis and annotation
author Moraes, Carlos Emanuel de
author_facet Moraes, Carlos Emanuel de
author_role author
dc.contributor.other.pt_BR.fl_str_mv Cruz, Leonardo Magalhães, 1971-
Universidade Federal do Paraná. Setor de Educação Profissional e Tecnológica. Programa de Pós-Graduação em Bioinformática
dc.contributor.author.fl_str_mv Moraes, Carlos Emanuel de
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Brawerman, Alessandro, 1977-
contributor_str_mv Brawerman, Alessandro, 1977-
dc.subject.por.fl_str_mv Genomas
Visualização da informação
Bioinformática
topic Genomas
Visualização da informação
Bioinformática
description Orientador: Prof. Dr. Alessandro Brawerman
publishDate 2017
dc.date.issued.fl_str_mv 2017
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2022-05-09T19:50:25Z
dc.date.available.fl_str_mv 2022-05-09T19:50:25Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://hdl.handle.net/1884/69906
url https://hdl.handle.net/1884/69906
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv 1 recurso online : PDF.
application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFPR
instname:Universidade Federal do Paraná (UFPR)
instacron:UFPR
instname_str Universidade Federal do Paraná (UFPR)
instacron_str UFPR
institution UFPR
reponame_str Repositório Institucional da UFPR
collection Repositório Institucional da UFPR
bitstream.url.fl_str_mv https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/69906/1/R%20-%20D%20-%20CARLOS%20EMANUEL%20DE%20MORAES.pdf
bitstream.checksum.fl_str_mv 3a3683d73a4f61901b703069f53bbafd
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFPR - Universidade Federal do Paraná (UFPR)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1801860861809131520

Registros relacionados