Modelagem da hidrólise total de poli- e oligogalacturonatos por endo- e exoenzimas pelos métodos de fingerprinting e Monte Carlo

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Pereira, Aline Bescrovaine
Data de Publicação: 2017
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFPR
Texto Completo: http://hdl.handle.net/1884/52645
Resumo: Orientador : Prof. Dr. David Alexander Mitchell
id UFPR_a91393533d0811da85866436f9a73d0a
oai_identifier_str oai:acervodigital.ufpr.br:1884/52645
network_acronym_str UFPR
network_name_str Repositório Institucional da UFPR
repository_id_str 308
spelling Pereira, Aline BescrovaineKrieger, NadiaUniversidade Federal do Paraná. Setor de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Ciências (Bioquímica)Mitchell, David Alexander2018-01-24T12:38:22Z2018-01-24T12:38:22Z2017http://hdl.handle.net/1884/52645Orientador : Prof. Dr. David Alexander MitchellCoorientadora : Profª. Drª. Nadia KriegerTese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ciências : Bioquímica. Defesa: Curitiba, 28/06/2017Inclui referências: f. 100-105Resumo: O Brasil é o maior produtor de suco de laranja do mundo e a previsão é que processe 12,85 milhões de toneladas da fruta na safra 2016/2017, o que representaria 62% do processamento mundial. Por consequência, o Brasil é o maior gerador de polpa cítrica, composta pelas cascas, resíduos da polpa e sementes (aproximadamente 50% da massa da fruta). Atualmente, a polpa cítrica é em grande parte descartada em aterros industriais, o que gera ônus econômico e ambiental. Em busca da solução, surgiu o conceito da biorrefinaria de polpa cítrica, com o objetivo de transformar essa biomassa em energia, biocombustíveis e químicos. Em torno de 25% da polpa cítrica é composta por pectina, um heteropolissacarídeo estrutural formado majoritariamente por ácido D-galacturônico, aproximadamente 70% dos seus monossacarídeos. Como a pectina possui pequena demanda no mercado em relação ao seu potencial de produção, sua hidrólise para obter ácido D-galacturônico é uma alternativa para viabilizar a biorrefinaria. O ácido D-galacturônico é um intermediário para a produção de ácido L-galactônico, ácido L-ascórbico e ácido múcico, compostos com aplicação na indústria de alimentos, cosméticos e fármacos. A obtenção do ácido D-galacturônico depende da hidrólise completa de substratos pécticos realizada pela ação de diferentes enzimas, uma vez que a hidrólise química pode degradar o monossacarídeo de interesse. A modelagem matemática da hidrólise enzimática é uma ferramenta para o dimensionamento e a otimização dessa etapa. Contudo, os atuais modelos da hidrólise completa de substratos pécticos são ferramentas limitadas, pois são demasiadamente simplificados. Um modelo útil como ferramenta de otimização deve individualizar a ação das diferentes pectinases e prever a concentração dos substratos, intermediários e produtos ao longo do tempo. Neste trabalho, foram realizadas as primeiras etapas do desenvolvimento desse modelo. Foram desenvolvidos dois modelos estocásticos, baseados no método Monte Carlo, para a ação de enzimas cruciais na produção de ácido D-galacturônico, as endo- e exopoligalacturonases. Esses modelos estão de acordo com a teoria da cinética enzimática clássica, fato que não ocorre em modelos estocásticos de reações similares já descritos na literatura. Os parâmetros cinéticos utilizados nos modelos são as constantes de especificidade relativas da enzima, tanto para cada substrato, como para cada reação possível com um mesmo substrato. A etapa final de uma sacarificação é a hidrólise de oligossacarídeos, e as especificidades das enzimas variam significantemente frente o tamanho do oligômero e a posição de clivagem. Para caracterizar essas especificidades, o método Fingerprinting foi estendido nesse trabalho para ser aplicado em esquemas de reação ramificados, como é o caso da hidrólise de oligossacarídeos. Esse método traz vantagens frente aos métodos já descritos na literatura, como ensaios de velocidade inicial e método da frequência de clivagem por ligação, uma vez que todas as especificidades relativas podem ser determinadas a partir de um único perfil completo de reação. Diante das limitações dos modelos matemáticos atuais, este trabalho lança bases para o desenvolvimento de um modelo matemático da hidrólise total de substratos pécticos por consórcio de enzimas. Palavras-chave: Biorrefinaria, Pectina, Ácido D-galacturônico, Hidrólise enzimática, Constantes de especificidade, Modelagem matemática.Abstract: Brazil is the largest producer of orange juice in the world and is expected to process 12.85 million tons of the fruit in the 2016/2017 harvest, which would represent 62% of the world's processing. As a consequence, Brazil is the largest producer of waste citrus, composed of peels, pulp residues and seeds (approximately 50% of fruit mass). Currently, most of the citrus waste is discharged in industrial landfills, which generates economic and environmental burden. In search of the solution, the concept of biorefinery of citrus waste emerged, with the objective of transforming this biomass into energy, biofuels and chemicals. About 25% of the citrus waste is composed of pectin, a structural heteropolysaccharide formed predominantly of D-galacturonic acid, approximately 70% of its monosaccharides. Since pectin has little market demand in relation to its production potential, its hydrolysis to obtain D-galacturonic acid is an alternative to enable biorefinery. D-galacturonic acid is an intermediate for the production of L-galactonic acid, L-ascorbic acid and mucic acid, compounds with application in the food, cosmetic and pharmaceutical industry. The production of D-galacturonic acid depends on the complete hydrolysis of pectic substrates carried out by the action of different enzymes, since the chemical hydrolysis can degrade the monosaccharide of interest. The mathematical modeling of enzymatic hydrolysis is a tool for the design and optimization of this hydrolysis step. However, the current models of complete hydrolysis of pectic substrates are limited tools, since they are too simplified. A useful model as an optimization tool should individualize the action of the different pectinases and predict the concentration of the substrates, intermediates and products over time. In this work, the first steps of the development of this model were taken. Two stochastic models, based on the Monte Carlo method, were developed for the action of crucial enzymes in the production of D-galacturonic acid, endo- and exopoligalacturonases. These models are in accordance with the theory of classical enzymatic kinetics, a fact that does not occur in stochastic models of similar reactions already described in the literature. The kinetic parameters used in the models are the relative specificity constants of the enzyme for each substrate, as well as for each possible reaction with the same substrate. The final step of a saccharification is the hydrolysis of oligosaccharides, and the specificities of the enzymes vary significantly against the size of the oligomer and the cleavage position. To characterize these specificities, the Fingerprinting method was extended in this work to be applied in branched reaction schemes, as is the case of oligosaccharide hydrolysis. This method has advantages over the methods already described in the literature, initial rate assays and bond cleavage frequency method, since all relative specificities can be determined from a single complete reaction profile. In view of the limitations of current mathematical models, this work lays the foundations for the development of a mathematical model of the total hydrolysis of pectic substrates by a consortium of enzymes. Keywords: Biorefinery, Pectin, D-galacturonic acid, Enzymatic hydrolysis, Specificity constants, Mathematical modeling.105 f. : gráfs., tabs.application/pdfDisponível em formato digitalBioquímicaPectinaBiomassa vegetalCítricosModelagem da hidrólise total de poli- e oligogalacturonatos por endo- e exoenzimas pelos métodos de fingerprinting e Monte Carloinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisporreponame:Repositório Institucional da UFPRinstname:Universidade Federal do Paraná (UFPR)instacron:UFPRinfo:eu-repo/semantics/openAccessORIGINALR - T - ALINE BESCROVAINE PEREIRA .pdfapplication/pdf2898010https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/52645/1/R%20-%20T%20-%20ALINE%20BESCROVAINE%20PEREIRA%20.pdf0e8c313d7136621c3b788e9eb574973cMD51open access1884/526452018-01-24 10:38:22.736open accessoai:acervodigital.ufpr.br:1884/52645Repositório de PublicaçõesPUBhttp://acervodigital.ufpr.br/oai/requestopendoar:3082018-01-24T12:38:22Repositório Institucional da UFPR - Universidade Federal do Paraná (UFPR)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Modelagem da hidrólise total de poli- e oligogalacturonatos por endo- e exoenzimas pelos métodos de fingerprinting e Monte Carlo
title Modelagem da hidrólise total de poli- e oligogalacturonatos por endo- e exoenzimas pelos métodos de fingerprinting e Monte Carlo
spellingShingle Modelagem da hidrólise total de poli- e oligogalacturonatos por endo- e exoenzimas pelos métodos de fingerprinting e Monte Carlo
Pereira, Aline Bescrovaine
Bioquímica
Pectina
Biomassa vegetal
Cítricos
title_short Modelagem da hidrólise total de poli- e oligogalacturonatos por endo- e exoenzimas pelos métodos de fingerprinting e Monte Carlo
title_full Modelagem da hidrólise total de poli- e oligogalacturonatos por endo- e exoenzimas pelos métodos de fingerprinting e Monte Carlo
title_fullStr Modelagem da hidrólise total de poli- e oligogalacturonatos por endo- e exoenzimas pelos métodos de fingerprinting e Monte Carlo
title_full_unstemmed Modelagem da hidrólise total de poli- e oligogalacturonatos por endo- e exoenzimas pelos métodos de fingerprinting e Monte Carlo
title_sort Modelagem da hidrólise total de poli- e oligogalacturonatos por endo- e exoenzimas pelos métodos de fingerprinting e Monte Carlo
author Pereira, Aline Bescrovaine
author_facet Pereira, Aline Bescrovaine
author_role author
dc.contributor.other.pt_BR.fl_str_mv Krieger, Nadia
Universidade Federal do Paraná. Setor de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Ciências (Bioquímica)
dc.contributor.author.fl_str_mv Pereira, Aline Bescrovaine
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Mitchell, David Alexander
contributor_str_mv Mitchell, David Alexander
dc.subject.por.fl_str_mv Bioquímica
Pectina
Biomassa vegetal
Cítricos
topic Bioquímica
Pectina
Biomassa vegetal
Cítricos
description Orientador : Prof. Dr. David Alexander Mitchell
publishDate 2017
dc.date.issued.fl_str_mv 2017
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2018-01-24T12:38:22Z
dc.date.available.fl_str_mv 2018-01-24T12:38:22Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/1884/52645
url http://hdl.handle.net/1884/52645
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.pt_BR.fl_str_mv Disponível em formato digital
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv 105 f. : gráfs., tabs.
application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFPR
instname:Universidade Federal do Paraná (UFPR)
instacron:UFPR
instname_str Universidade Federal do Paraná (UFPR)
instacron_str UFPR
institution UFPR
reponame_str Repositório Institucional da UFPR
collection Repositório Institucional da UFPR
bitstream.url.fl_str_mv https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/52645/1/R%20-%20T%20-%20ALINE%20BESCROVAINE%20PEREIRA%20.pdf
bitstream.checksum.fl_str_mv 0e8c313d7136621c3b788e9eb574973c
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFPR - Universidade Federal do Paraná (UFPR)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1813898860024561664

Registros relacionados