Caracterização de uma proteína de união ao RNA da família RRM em Trypanosoma Cruzi e identificação dos MRNAs associados

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Slompo, Eloise Pavão Guerra
Data de Publicação: 2010
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFPR
Texto Completo: http://hdl.handle.net/1884/32368
Resumo: Orientador : Prof. Dr. Bruno Dallagiovanna
id UFPR_cc426b6ffc7002bf63fcd3513aef1816
oai_identifier_str oai:acervodigital.ufpr.br:1884/32368
network_acronym_str UFPR
network_name_str Repositório Institucional da UFPR
repository_id_str 308
spelling Slompo, Eloise Pavão GuerraUniversidade Federal do Paraná. Setor de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e MolecularDallagiovanna, Bruno2018-04-23T18:43:40Z2018-04-23T18:43:40Z2010http://hdl.handle.net/1884/32368Orientador : Prof. Dr. Bruno DallagiovannaDissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular. Defesa: Curitiba, 25/03/2013Bibliografia: fls.85-94Resumo: Além da importância médica como causador da doença de Chagas, o protozoário Trypanosoma cruzi é considerado um organismo modelo para o estudo de mecanismos pós-transcricionais na regulação da expressão gênica em eucariotos. Estes mecanismos são mediados por proteínas de união ao RNA (RBPs) e elementos regulatórios presentes nas regiões não traduzidas (UTRs) dos mRNAs, ambos associando-se em complexos ribonucleoproteína (RNPs). Nestes RNPs, mRNAs relacionados funcionalmente e RBPs se associam de modo combinatorial, definindo redes regulatórias conhecidas por "regulons" de RNA. A caracterização das proteínas presentes nos diferentes RNPs e seus respectivos alvos pode contribuir para a compreensão dos mecanismos pós-transcricionais em eucariotos. A ribonômica consiste na purificação de RNPs ou RBPs isoladas com seus transcritos associados, seguindo o isolamento dos mRNAs e hibridização em microarranjo para identificação. Neste trabalho foram selecionadas diversas RBPs com o domínio RRM (RNA Recognition Motif) expressas em formas epimastigotas de Trypanosoma cruzi e que apresentem algum grau de regulação durante a diferenciação. Uma das proteínas, denominada TcRBP40, foi caracterizada funcionalmente neste trabalho. Esta foi sintetizada fusionada a uma etiqueta de histidinas em sua forma solúvel, para utilizar em ensaios de purificação por afinidade de RNAs das formas epimastigotas. O gene codificante da proteína em estudo também foi clonado em vetor que contém sequências para etiquetas protéicas úteis para o ensaio de purificação sequencial por afinidade. Esta construção foi transfectada em T. cruzi e a proteína purificada para extração dos mRNAs associados. Os mRNAs alvos dos dois ensaios foram hibridados em microarranjo de T. cruzi e analisados. Cerca de 70% constituem proteínas hipotéticas, e metade delas contém uma sequência de inserção em membrana. O elemento de reconhecimento da TcRBP40 foi investigado por EMSA. Uma região rica em As e Gs foi apontada como candidata. O perfil de expressão dos alvos no ciclo de vida mostrou que a grande maioria está aumentada em metacíclicos, enquanto que estudos do perfil de expressão da proteína mostraram diminuição da sua expressão nesta fase. Um ensaio de superexpressão da TcRBP40 em T. cruzi mostrou que a expressão dos alvos foi diminuída. Estes dois resultados sugerem uma função de desestabilização dos mRNAs associados. A proteína mostrou localização celular na região dos reservossomos do parasita. Esta é a primeira evidência experimental de proteínas de regulação de mensageiros presente nesta estrutura. Futuras análises permitirão caracterizar o mecanismo de regulação dos mRNAs e determinar a relevância da proteína no processo de diferenciação celular.Abstract: Beyond the medical interest on Chagas disease, Trypanosoma cruzi can be considered as a model organism for studying the posttranscriptional mechanisms that regulate gene expression in eukaryotes. These mechanisms are mediated and facilitated by RNA binding proteins (RBPs) and regulatory elements present in the untranslated regions (UTR) of the mRNAs. In a combinatorial way, the UTRs associate in functionally related ribonucleoprotein complexes (RNPs) to define regulatory networks known as RNA regulons. Characterizing the proteins present in the different RNPs and their target mRNAs may contribute to the comprehension of posttranscriptional mechanisms in eukaryotes. The ribonomic approach consists in the purification of RNPs or RBPs, followed by isolation of the associated mRNAs and microarray hybridization to define their identity. Our interest was on the RBP protein family containing the RNA Recognition Motif (RRM). We have selected several proteins that are expressed in the epimastigote forms of T. cruzi and show some degree of regulation during differentiation. We characterized the function of one of these proteins, the TcRBP40. His-tagged and TAP-tagged recombinant TcRBP40 was used in pull-down assays with total RNA from epimastigote forms. The recovered RNAs were amplified and analyzed by the T. cruzi oligonucleotide microarray. 70% of the identified mRNAs correspond to hypothetical proteins, and half of these had a signal for trasmembrane localization. The TcRBP40 recognition element was investigated through EMSA and the results point to an A- and G-rich region as the strongest candidate. The expression profile of the TcRBP40 targets indicates that they are all more abundant in the metacyclic life stage of the trypanosome. On other hand, the corresponding protein expression decreases in the same life stage. The TcRBP40 over expression resulted in a decrease of its targets. These results suggest an mRNA destabilization function by the TcRBP40. In addition, we also found the protein localized to the parasite reservosomes. This is the first experimental evidence of a protein that controls transcript abundance localized to this organelle. Further analyses will help fully characterize the mechanism of target regulation by the protein and determine the relevance of the protein on cell differentiation process.103f. : il. [algumas color.], grafs., tabs.application/pdfDisponível em formato digitalDissertaçõesProteína de ligaçãoTripanossomoÁcido ribonucleicoBiologia celularCaracterização de uma proteína de união ao RNA da família RRM em Trypanosoma Cruzi e identificação dos MRNAs associadosinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisporreponame:Repositório Institucional da UFPRinstname:Universidade Federal do Paraná (UFPR)instacron:UFPRinfo:eu-repo/semantics/openAccessORIGINALR - D - ELOISE PAVAO GUERRA SLOMPO.pdfapplication/pdf17720817https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/32368/1/R%20-%20D%20-%20ELOISE%20PAVAO%20GUERRA%20SLOMPO.pdfe5dc8d31a2b6f3262003c2f398e1961fMD51open accessTEXTR - D - ELOISE PAVAO GUERRA SLOMPO.pdf.txtExtracted Texttext/plain190975https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/32368/2/R%20-%20D%20-%20ELOISE%20PAVAO%20GUERRA%20SLOMPO.pdf.txtf7958d92b4270038a75b059eceb94595MD52open accessTHUMBNAILR - D - ELOISE PAVAO GUERRA SLOMPO.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1241https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/32368/3/R%20-%20D%20-%20ELOISE%20PAVAO%20GUERRA%20SLOMPO.pdf.jpg787bb1fa49352705388def406a742027MD53open access1884/323682018-04-23 15:43:41.037open accessoai:acervodigital.ufpr.br:1884/32368Repositório de PublicaçõesPUBhttp://acervodigital.ufpr.br/oai/requestopendoar:3082018-04-23T18:43:41Repositório Institucional da UFPR - Universidade Federal do Paraná (UFPR)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Caracterização de uma proteína de união ao RNA da família RRM em Trypanosoma Cruzi e identificação dos MRNAs associados
title Caracterização de uma proteína de união ao RNA da família RRM em Trypanosoma Cruzi e identificação dos MRNAs associados
spellingShingle Caracterização de uma proteína de união ao RNA da família RRM em Trypanosoma Cruzi e identificação dos MRNAs associados
Slompo, Eloise Pavão Guerra
Dissertações
Proteína de ligação
Tripanossomo
Ácido ribonucleico
Biologia celular
title_short Caracterização de uma proteína de união ao RNA da família RRM em Trypanosoma Cruzi e identificação dos MRNAs associados
title_full Caracterização de uma proteína de união ao RNA da família RRM em Trypanosoma Cruzi e identificação dos MRNAs associados
title_fullStr Caracterização de uma proteína de união ao RNA da família RRM em Trypanosoma Cruzi e identificação dos MRNAs associados
title_full_unstemmed Caracterização de uma proteína de união ao RNA da família RRM em Trypanosoma Cruzi e identificação dos MRNAs associados
title_sort Caracterização de uma proteína de união ao RNA da família RRM em Trypanosoma Cruzi e identificação dos MRNAs associados
author Slompo, Eloise Pavão Guerra
author_facet Slompo, Eloise Pavão Guerra
author_role author
dc.contributor.other.pt_BR.fl_str_mv Universidade Federal do Paraná. Setor de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular
dc.contributor.author.fl_str_mv Slompo, Eloise Pavão Guerra
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Dallagiovanna, Bruno
contributor_str_mv Dallagiovanna, Bruno
dc.subject.por.fl_str_mv Dissertações
Proteína de ligação
Tripanossomo
Ácido ribonucleico
Biologia celular
topic Dissertações
Proteína de ligação
Tripanossomo
Ácido ribonucleico
Biologia celular
description Orientador : Prof. Dr. Bruno Dallagiovanna
publishDate 2010
dc.date.issued.fl_str_mv 2010
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2018-04-23T18:43:40Z
dc.date.available.fl_str_mv 2018-04-23T18:43:40Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/1884/32368
url http://hdl.handle.net/1884/32368
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.pt_BR.fl_str_mv Disponível em formato digital
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv 103f. : il. [algumas color.], grafs., tabs.
application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFPR
instname:Universidade Federal do Paraná (UFPR)
instacron:UFPR
instname_str Universidade Federal do Paraná (UFPR)
instacron_str UFPR
institution UFPR
reponame_str Repositório Institucional da UFPR
collection Repositório Institucional da UFPR
bitstream.url.fl_str_mv https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/32368/1/R%20-%20D%20-%20ELOISE%20PAVAO%20GUERRA%20SLOMPO.pdf
https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/32368/2/R%20-%20D%20-%20ELOISE%20PAVAO%20GUERRA%20SLOMPO.pdf.txt
https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/32368/3/R%20-%20D%20-%20ELOISE%20PAVAO%20GUERRA%20SLOMPO.pdf.jpg
bitstream.checksum.fl_str_mv e5dc8d31a2b6f3262003c2f398e1961f
f7958d92b4270038a75b059eceb94595
787bb1fa49352705388def406a742027
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFPR - Universidade Federal do Paraná (UFPR)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1801860453951864832

Registros relacionados