A influência do índice de confiança, pipeline de clusterização e classificadores em análises de metabarcoding

• Autor(a) principal: Coutinho, Laura Bezerra
• Data de Publicação: 2019
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFRGS
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/230686
• topic: Microbiota; Cluster

As complexas comunidades microbiológicas presentes nos mais diversos ambientes inclusive o corpo humano - são o que chamamos de microbiota e a compreensão de sua composição e funcionamento é alvo de grande interesse científico, tendo em vista a gama de interações e funções nas quais ela está envolvida. O​ metabarcoding ​ a partir do 16S rDNA é, hoje, um método amplamente aplicado em estudos de composição da microbiota. Nesse contexto, as análises bioinformáticas dos dados gerados enfrentam o grande desafio da garantia de qualidade e reprodutibilidade dos resultados. ​Pipelines ​ de análise padronizadas são uma alternativa para essa questão, no entanto, o uso de parâmetros apropriados podem gerar impacto direto nos resultados obtidos. O objetivo deste trabalho foi, portanto, elucidara influência de parâmetros de análise nos resultados de análises de dados de 16S rDNA referentes à microbiota intestinal humana, utilizando como referência o ​pipeline ​ do BMP - Brazilian Microbiome Project. Para isso foram comparados os resultados de diferentes combinações entre índices de confiabilidade, classificadores e ​pipelines ​ para clusterização. Nossos resultados indicam diferenças claras entre a aplicação de diferentes parâmetros ao pipeline, gerando diferentes efeitos na quantidade de taxa identificados, de OTUs classificadas e na precisão da classificação. Resultados de combinações de classificadores e índices de confiança apresentam variações entre os dois ​pipelines de clusterização, no USEARCH havendo pouca diferenciação com a alteração dos classificadores e no VSEARCH apresentando maiores disparidades- com destaque para o Mothur, cujos resultados de número de taxa identificados e OTUs classificadas foram acima dos demais, não respondendo inclusive ao aumento do índice de confiança. Destacamos ainda o papel da remoção de sequências quiméricas na qualidade dos resultados. Com isso, salientamos a importância da inclusão em estudos de microbiota de detalhes dos parâmetros e métodos aplicados, garantindo a validação, qualidade e reprodutibilidade do resultado. Compreender os​ pipelines aplicados e os efeitos de seus parâmetros é essencial. Testar diferentes​ pipelines e variações dos parâmetros é recomendável.