Caracterização filogenética de ureases

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Andreis, Fábio Carrer
Data de Publicação: 2013
Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFRGS
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/78073
Resumo: Ureases são enzimas níquel-dependentes que catalisam a hidrólise da uréia em amônia e carbamato. Apesar da aparente riqueza de informação sobre as ureases, vários aspectos cruciais acerca dessas enzimas permanecem desconhecidos, ou são objeto de debates correntes. Um desses é, certamente, a sua organização estrutural: ureases de plantas e fungos são unitárias, enquanto as de archaea e bactérias possuem estruturas de duas ou três cadeias. Entretanto, o estado primitivo dessas proteínas – uma ou três cadeias – é desconhecido, apesar de muitos esforços para tanto. Através de inferência filogenética utilizando três conjuntos distintos de dados e dois algoritmos diferentes, pudemos observar a transição no número de cadeias na forma 3-para-1. Nossos resultados sugerem que o estado ancestral para as ureases é a organização em três cadeias, sendo as ureases de uma cadeia derivadas delas. As variantes de duas cadeias não se mostraram como intermediários evolutivos. Um processo de fusão distinto dos já descritos pode explicar essa transição estrutural.
id UFRGS-2_8b9fdc154111a9b59f622541b1c6799c
oai_identifier_str oai:www.lume.ufrgs.br:10183/78073
network_acronym_str UFRGS-2
network_name_str Repositório Institucional da UFRGS
repository_id_str
spelling Andreis, Fábio CarrerVerli, HugoCarlini, Celia Regina Ribeiro da SilvaBraun, Rodrigo Ligabue2013-09-17T01:46:12Z2013http://hdl.handle.net/10183/78073000897159Ureases são enzimas níquel-dependentes que catalisam a hidrólise da uréia em amônia e carbamato. Apesar da aparente riqueza de informação sobre as ureases, vários aspectos cruciais acerca dessas enzimas permanecem desconhecidos, ou são objeto de debates correntes. Um desses é, certamente, a sua organização estrutural: ureases de plantas e fungos são unitárias, enquanto as de archaea e bactérias possuem estruturas de duas ou três cadeias. Entretanto, o estado primitivo dessas proteínas – uma ou três cadeias – é desconhecido, apesar de muitos esforços para tanto. Através de inferência filogenética utilizando três conjuntos distintos de dados e dois algoritmos diferentes, pudemos observar a transição no número de cadeias na forma 3-para-1. Nossos resultados sugerem que o estado ancestral para as ureases é a organização em três cadeias, sendo as ureases de uma cadeia derivadas delas. As variantes de duas cadeias não se mostraram como intermediários evolutivos. Um processo de fusão distinto dos já descritos pode explicar essa transição estrutural.Ureases are nickel-dependent enzymes which catalyze the hydrolysis of urea to ammonia and carbamate. Despite the apparent wealth of data on ureases, many crucial aspects regarding these enzymes are still unknown, or constitute matter for ongoing debates. One of these is most certainly their structural organization: ureases from plants and fungi have a single unit, while bacterial and archaean ones have two- or three-chained structures. However, the primitive state of these proteins - single- or three-chained - is yet unknown, despite many efforts in the field. Through phylogenetic inference using three different datasets and two different algorithms, we were able to observe chain number transitions displayed in a 3-to-1 fashion. Our results imply that the ancestral state for ureases is the three-chained organization, with single-chained ureases deriving from them. The two-chained variants are not evolutionary intermediates. A fusion process, different from those already described, may explain this structural transition.application/pdfporUreaseFilogenéticaUreasePhylogenetic treeStructural transitionEvolutionGene fusionGene disruptionCaracterização filogenética de ureasesinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisUniversidade Federal do Rio Grande do SulInstituto de BiociênciasPorto Alegre, BR-RS2013Biotecnologiagraduaçãoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFRGSinstname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)instacron:UFRGSORIGINAL000897159.pdf000897159.pdfTexto completoapplication/pdf6066329http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/78073/1/000897159.pdf5293a72c970e4e53037de75b21cf026cMD51TEXT000897159.pdf.txt000897159.pdf.txtExtracted Texttext/plain68040http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/78073/2/000897159.pdf.txt341a1ea44a0f688d42e1fadeb4c9fa61MD52THUMBNAIL000897159.pdf.jpg000897159.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1197http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/78073/3/000897159.pdf.jpga54268a0425571f696f2e21dfdf11f8fMD5310183/780732018-10-15 08:21:37.654oai:www.lume.ufrgs.br:10183/78073Repositório de PublicaçõesPUBhttps://lume.ufrgs.br/oai/requestopendoar:2018-10-15T11:21:37Repositório Institucional da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Caracterização filogenética de ureases
title Caracterização filogenética de ureases
spellingShingle Caracterização filogenética de ureases
Andreis, Fábio Carrer
Urease
Filogenética
Urease
Phylogenetic tree
Structural transition
Evolution
Gene fusion
Gene disruption
title_short Caracterização filogenética de ureases
title_full Caracterização filogenética de ureases
title_fullStr Caracterização filogenética de ureases
title_full_unstemmed Caracterização filogenética de ureases
title_sort Caracterização filogenética de ureases
author Andreis, Fábio Carrer
author_facet Andreis, Fábio Carrer
author_role author
dc.contributor.author.fl_str_mv Andreis, Fábio Carrer
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Verli, Hugo
dc.contributor.advisor-co1.fl_str_mv Carlini, Celia Regina Ribeiro da Silva
Braun, Rodrigo Ligabue
contributor_str_mv Verli, Hugo
Carlini, Celia Regina Ribeiro da Silva
Braun, Rodrigo Ligabue
dc.subject.por.fl_str_mv Urease
Filogenética
topic Urease
Filogenética
Urease
Phylogenetic tree
Structural transition
Evolution
Gene fusion
Gene disruption
dc.subject.eng.fl_str_mv Urease
Phylogenetic tree
Structural transition
Evolution
Gene fusion
Gene disruption
description Ureases são enzimas níquel-dependentes que catalisam a hidrólise da uréia em amônia e carbamato. Apesar da aparente riqueza de informação sobre as ureases, vários aspectos cruciais acerca dessas enzimas permanecem desconhecidos, ou são objeto de debates correntes. Um desses é, certamente, a sua organização estrutural: ureases de plantas e fungos são unitárias, enquanto as de archaea e bactérias possuem estruturas de duas ou três cadeias. Entretanto, o estado primitivo dessas proteínas – uma ou três cadeias – é desconhecido, apesar de muitos esforços para tanto. Através de inferência filogenética utilizando três conjuntos distintos de dados e dois algoritmos diferentes, pudemos observar a transição no número de cadeias na forma 3-para-1. Nossos resultados sugerem que o estado ancestral para as ureases é a organização em três cadeias, sendo as ureases de uma cadeia derivadas delas. As variantes de duas cadeias não se mostraram como intermediários evolutivos. Um processo de fusão distinto dos já descritos pode explicar essa transição estrutural.
publishDate 2013
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2013-09-17T01:46:12Z
dc.date.issued.fl_str_mv 2013
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/bachelorThesis
format bachelorThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10183/78073
dc.identifier.nrb.pt_BR.fl_str_mv 000897159
url http://hdl.handle.net/10183/78073
identifier_str_mv 000897159
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFRGS
instname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron:UFRGS
instname_str Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron_str UFRGS
institution UFRGS
reponame_str Repositório Institucional da UFRGS
collection Repositório Institucional da UFRGS
bitstream.url.fl_str_mv http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/78073/1/000897159.pdf
http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/78073/2/000897159.pdf.txt
http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/78073/3/000897159.pdf.jpg
bitstream.checksum.fl_str_mv 5293a72c970e4e53037de75b21cf026c
341a1ea44a0f688d42e1fadeb4c9fa61
a54268a0425571f696f2e21dfdf11f8f
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1801224452837474304