Análise do padrão de expressão de microRNAs e de potenciais genes alvo em resposta ao estresse salino em soja (Glycine max)

• Autor(a) principal: Salvati, Caroline
• Data de Publicação: 2015
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFRGS
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/183911
• topic: Expressão gênica; Estresse salino; Glycine max; Salt stress; Gene expression; MicroRNA; Soybean

Estresses por seca e salinidade são algumas das causas primárias de perdas na agricultura. O estresse salino reduz o crescimento das plantas e o rendimento de produção, devido a danos causados pelo potencial osmótico e toxicidade iônica, e atinge 6% das terras cultivadas mundialmente. A soja é uma das culturas amplamente prejudicada por este estresse, portanto o estudo dos processos regulatórios de expressão gênica em ambientes salinos é muito importante para aumentar o conhecimento e identificar possíveis alvos para o melhoramento genético. MicroRNAs são pequenos RNAs não codificadores, de aproximadamente 22 nucleotídeos, que modulam a expressão gênica por silenciamento através de inibição sequência-específica do RNA mensageiro alvo. O presente trabalho visa analisar a expressão gênica diferencial de microRNAs maduros e de seus potenciais genes alvos em resposta ao estresse salino em soja. Para tal objetivo, foram obtidas bibliotecas de RNA-seq de RNAs mensageiros e de pequenos RNAs de plântulas de soja trifolioladas incubadas com 200 mM de NaCl por 4h. Primeiramente, foi realizada uma análise do padrão de expressão dos microRNAs de soja utilizando o script isomirID e o pacote DESeq2 no ambiente R. Foram obtidos 87 microRNAs com padrão de expressão diferencial utilizando um nível de significância de 10-5. As bibliotecas de sequenciamento de RNA mensageiros foram analisadas com auxílios dos softwares TopHat2 e HTSeq-count. Com o uso do pacote DESeq2 foram identificados 3726 genes diferencialmente expressos (fold change maior que 2 e nível de significância de 0,01). Foram preditos genes alvos para os 87 microRNAs diferencialmente expressos utilizando a ferramenta psRNATarget. Com este resultado, foi organizada uma tabela contendo os microRNAs e seus genes alvos preditos, ou seja, aqueles que apresentaram padrão de expressão inverso. Três microRNAs (mir172k, mir5371 e mir1512abc) e seus respectivos alvos com funções de trealose-6-fosfate sintase, endoribonuclease L-PSP e U-box E3 ligase) foram selecionados. Os dados de expressão dos genes alvos potenciais foram confirmados por RT-qPCR. Este trabalho identificou microRNAs e seus respectivos genes alvo responsivos ao estresse salino, que podem possuir papel fundamental na tolerância a este estresse.