Sequenciamento de novo de peptídeos utilizando grafos para espectros de massa multiplex

• Autor(a) principal: Damaso, José Cláudio Garcia
• Data de Publicação: 2017
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFRJ
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/11422/9797
• topic: CNPQ::ENGENHARIAS::ENGENHARIA CIVIL; Engenharia civil; Espectro multiplex; Espectro de massa

Esta tese apresenta uma abordagem para sequenciamento de novo (in silico) de peptídeos em espectros MS2 multiplex, adquiridos em espectrômetros de massa, que contêm fragmentos de mais de um peptídeo na mesma janela de fragmentação. Foi desenvolvido um método simples e expedito, denominado DNbuilder, para o sequenciamento de novo de peptídeos com uma pontuação que considera as intensidades dos fragmentos do tipo y. O problema foi modelado através de grafos e adotou-se o algoritmo de busca DFS (Depth-first search) para se obter as sequências candidatas dos peptídeos. Identificadas as massas sobre cargas (m/z) dos íons peptídeos monoisotópicos de carga +2 presentes na janela selecionada para fragmentação do primeiro espectro de massa, MS1 . A metodologia multiplex fundamenta-se na alteração das intensidades dos picos fragmentos do segundo espectro, MS2 , para cada novo peptídeo a ser sequenciado da janela, podendo incluir a retirada, ou atenuação, de picos do espectro correspondentes a fragmentos do tipo y ou b dos peptídeos já identificados. Os programas de sequenciamento de novo usados para validar programa DNbuilder e a metodologia multiplex foram o Peaks 8, pNovoPlus e Novor 1.3.489. Espectros de uma amostra de tireoide adquiridos em janelas de 20 m/z foram usados nos testes de avaliação da metodologia multiplex. Os resultados mostram que a metodologia, mesmo que simples, melhora o sequenciamento de novo dos peptídeos presentes nos espectros multiplex MS2 , aumentando o número de resíduos de aminoácidos corretamente posicionados nas sequências encontradas, mostrando que há um caminho possível para o sequenciamento de novo de peptídeos em espectros multiplex para janelas amplas.