Alport autossômica: um estudo de duas famílias norte-rio-grandenses
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Data de Publicação: | 2019 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFRN |
Texto Completo: | https://repositorio.ufrn.br/jspui/handle/123456789/28765 |
Resumo: | Síndrome de Alport (SA) é uma patologia geneticamente rara, heterogênea e hereditária associada a mutações germinativas nos genes de colágeno tipo IV (COL4A3, COL4A4 e COL4A5). Caracterizada por provocar perda progressiva das funções renais, auditiva e lesões oculares durante a primeira infância, o progresso da doença evolui para uma doença renal terminal frequentemente associada à falência renal. Estudos que visam diagnosticar precocemente indivíduos com essa nefropatia pode levar ao tratamento adequado e, portanto, melhorar a expectativa de vida. Atualmente tem surgido esforços, focados no genoma dos pacientes, para a criação de testes de diagnósticos de doenças/síndromes raras. Sob esse olhar, conhecer mutações, genes e vias metabólicas envolvidas com a patologia é crucial para o entendimento da complexidade dessas doenças. Pensando em corroborar com os achados e estudos a respeito da SA foi realizado o sequenciamento do exoma de duas famílias do Rio Grande do Norte (RN), ambas compostas por quatro indivíduos. Através dos softwares GATK e VARSCAN2 foi realizada a chamada de variantes seguida de uma varredura por variantes deletérias identificadas por um script in house. Os resultados apontaram duas variantes deletérias inéditas nos genes que formam as cadeias α3 e α4 do colágeno tipo IV (um stop codon no COL4A3 e frameshift em COL4A4) levando a um truncamento prematuro da proteína. Ambas variantes foram detectadas em estado de homozigose nos probandos e em heterozigose nos demais membros da família. Adicionalmente foi detectado uma ampla região de Runs of Homozigosity (ROH) envolvendo os genes COL4A3 e COL4A4 em ambos os probandos das duas famílias. De acordo com os achados das variantes deletérias nos genes COL4A3 e COL4A4 em regiões de ROH, essas variantes passam a estar relacionadas a SA de forma que observações semelhantes possam servir como suporte para possíveis alvos na criação de novos testes de diagnóstico e para o serviço de Aconselhamento Genético. |
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Falcão, Raul MaiaJerônimo, Selma Maria BezerraBalbino, ValdirSouza, Jorge Estefano Santana de2020-04-07T17:18:11Z2020-04-07T17:18:11Z2019-12-19FALCÃO, Raul Maia. Alport autossômica: um estudo de duas famílias norte-rio-grandenses. 2019. 48f. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Instituto Metrópole Digital, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, 2019.https://repositorio.ufrn.br/jspui/handle/123456789/28765Síndrome de Alport (SA) é uma patologia geneticamente rara, heterogênea e hereditária associada a mutações germinativas nos genes de colágeno tipo IV (COL4A3, COL4A4 e COL4A5). Caracterizada por provocar perda progressiva das funções renais, auditiva e lesões oculares durante a primeira infância, o progresso da doença evolui para uma doença renal terminal frequentemente associada à falência renal. Estudos que visam diagnosticar precocemente indivíduos com essa nefropatia pode levar ao tratamento adequado e, portanto, melhorar a expectativa de vida. Atualmente tem surgido esforços, focados no genoma dos pacientes, para a criação de testes de diagnósticos de doenças/síndromes raras. Sob esse olhar, conhecer mutações, genes e vias metabólicas envolvidas com a patologia é crucial para o entendimento da complexidade dessas doenças. Pensando em corroborar com os achados e estudos a respeito da SA foi realizado o sequenciamento do exoma de duas famílias do Rio Grande do Norte (RN), ambas compostas por quatro indivíduos. Através dos softwares GATK e VARSCAN2 foi realizada a chamada de variantes seguida de uma varredura por variantes deletérias identificadas por um script in house. Os resultados apontaram duas variantes deletérias inéditas nos genes que formam as cadeias α3 e α4 do colágeno tipo IV (um stop codon no COL4A3 e frameshift em COL4A4) levando a um truncamento prematuro da proteína. Ambas variantes foram detectadas em estado de homozigose nos probandos e em heterozigose nos demais membros da família. Adicionalmente foi detectado uma ampla região de Runs of Homozigosity (ROH) envolvendo os genes COL4A3 e COL4A4 em ambos os probandos das duas famílias. De acordo com os achados das variantes deletérias nos genes COL4A3 e COL4A4 em regiões de ROH, essas variantes passam a estar relacionadas a SA de forma que observações semelhantes possam servir como suporte para possíveis alvos na criação de novos testes de diagnóstico e para o serviço de Aconselhamento Genético.Alport syndrome (AS) is a genetically rare, heterogeneous and hereditary pathology associated with germline mutations in collagen type IV genes (COL4A3, COL4A4 and COL4A5). Characterized by progressive loss of renal function, hearing and eye damage during early childhood, the progression of the disease progresses to a terminal renal disease often associated with renal failure. Studies aimed at early diagnosing individuals with this nephropathy may lead to appropriate treatment and thus improve life expectancy. Efforts are currently underway, focused on the genome of patients, to create diagnostic tests for rare diseases/syndromes. From this perspective, mutations, genes and metabolic pathways involved with the pathology is crucial to understanding the complexity of these diseases. Thinking about corroborating the findings and studies about AS, the exome sequencing of two families from Rio Grande do Norte (RN), both composed of four individuals, was performed. Through the GATK and VARSCAN2 software, variants were called followed by a screening of deleterious variants identified by an in house script. The results pointed to two novels deleterious variants in the genes that form the type IV collagen α3 and α4 chains (a stop codon in COL4A3 and frameshift in COL4A4) leading to premature protein truncation. Both variants were detected in homozygous state in the probands and heterozygous in the other family members. Additionally, a broad region of Runs of Homozigosity (ROH) involving the COL4A3 and COL4A4 genes was detected in both probands of both families. According to the findings of deleterious variants in the COL4A3 and COL4A4 genes in ROH regions, these variants are now related to SA so that similar observations can serve as support for possible targets in the creation of new diagnostic tests and for the service of Genetic Counseling.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICASSíndrome de AlportWhole exome sequecingRuns of homozigosityDoença renalColágeno tipo IVAlport autossômica: um estudo de duas famílias norte-rio-grandensesinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisPROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOINFORMÁTICAUFRNBrasilinfo:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UFRNinstname:Universidade Federal do Rio Grande do Norte (UFRN)instacron:UFRNTEXTAlportautossomicaestudo_Falcão_2019.pdf.txtAlportautossomicaestudo_Falcão_2019.pdf.txtExtracted texttext/plain71728https://repositorio.ufrn.br/bitstream/123456789/28765/2/Alportautossomicaestudo_Falc%c3%a3o_2019.pdf.txt39c7a26ed2d7a763d1230a4708c2b93eMD52Alportautossomicaestudo_Falcao_2019.pdf.txtAlportautossomicaestudo_Falcao_2019.pdf.txtExtracted texttext/plain71728https://repositorio.ufrn.br/bitstream/123456789/28765/4/Alportautossomicaestudo_Falcao_2019.pdf.txt39c7a26ed2d7a763d1230a4708c2b93eMD54THUMBNAILAlportautossomicaestudo_Falcão_2019.pdf.jpgAlportautossomicaestudo_Falcão_2019.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1268https://repositorio.ufrn.br/bitstream/123456789/28765/3/Alportautossomicaestudo_Falc%c3%a3o_2019.pdf.jpgddf3c65299f8bd54e42cc0f0d415f246MD53Alportautossomicaestudo_Falcao_2019.pdf.jpgAlportautossomicaestudo_Falcao_2019.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1268https://repositorio.ufrn.br/bitstream/123456789/28765/5/Alportautossomicaestudo_Falcao_2019.pdf.jpgddf3c65299f8bd54e42cc0f0d415f246MD55ORIGINALAlportautossomicaestudo_Falcao_2019.pdfapplication/pdf1504700https://repositorio.ufrn.br/bitstream/123456789/28765/1/Alportautossomicaestudo_Falcao_2019.pdf5661c3edfa91ddc39c8d0fecfccf1492MD51123456789/287652020-05-10 04:30:04.746oai:https://repositorio.ufrn.br:123456789/28765Repositório de PublicaçõesPUBhttp://repositorio.ufrn.br/oai/opendoar:2020-05-10T07:30:04Repositório Institucional da UFRN - Universidade Federal do Rio Grande do Norte (UFRN)false |
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