Transcriptomas em ambiente de rizosfera: uma revisão de literatura com ênfase na expressão de genes atuantes na interface raiz - solo

• Autor(a) principal: Farias, Ana Luiza Macena de
• Data de Publicação: 2023
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFRN
• Texto Completo: https://repositorio.ufrn.br/handle/123456789/57176
• topic: Rizosfera; Transcriptomas; NGS; RNA-seq; Rhizosphere; Transcriptom; NGS; RNA-seq

A interface raíz-solo constitui a rizosfera, um ambiente em que uma população importante de microrganismos interage entre si bem como com as raízes das plantas promovendo trocas bioquímicas importantes. Esta diversidade molecular é mediada pela expressão de inúmeros produtos da expressão gênica e é ainda pouco estudada. O objetivo deste trabalho foi de fazer uma revisão de literatura sobre este tema de estudo com foco nos dados de expressão gênica obtidos por sequenciamento de nova geração. Neste sentido, utilizou-se como ferramenta de busca o banco de dados público do NCBI, PUBMED, com questões restritivas a rizosfera e a RNA-seq para a obtenção de artigos. Os resultados obtidos permitiram o acesso a 35 trabalhos científicos dos quais 14 foram analisados mais precisamente uma vez que se encontravam diretamente relacionados com o objetivo proposto. Esta análise revelou estratégias de experimentos que simulam as interações raiz-solo, com o uso de exsudatos de raízes e de bactérias promotoras de crescimento, permitindo a obtenção de dados de expressão gênica robustos. Estes dados se prestam para análises por ferramentas de bioinformática que indicam quais genes e processos biológicos das rizobactérias e das plantas estão envolvidos na interface em estudo tais como aqueles para a formação do biofilme, por exemplo, entre muitos outros. Especificamente, esta revisão permitiu a identificação de genes cuja caracterização funcional está avançada com experimentos realizados in vivo e com perfil de expressão confirmado individualmente por PCR em tempo real ou obtenção de mutantes como para os genes AmrZ e FleQ de Pseudomonas ogarae, Varpa_0407 e Varpa_3832 de Variovorax paradoxos, os fatores de transcrição WRKY2 e WRKY40 de Paenibacillus polymyxa, e que são bons candidatos a experimentos a serem realizados visando a obtenção de bioinsumos para a agricultura.