Transcriptomas em ambiente de rizosfera: uma revisão de literatura com ênfase na expressão de genes atuantes na interface raiz - solo
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Data de Publicação: | 2023 |
Tipo de documento: | Trabalho de conclusão de curso |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFRN |
Texto Completo: | https://repositorio.ufrn.br/handle/123456789/57176 |
Resumo: | A interface raíz-solo constitui a rizosfera, um ambiente em que uma população importante de microrganismos interage entre si bem como com as raízes das plantas promovendo trocas bioquímicas importantes. Esta diversidade molecular é mediada pela expressão de inúmeros produtos da expressão gênica e é ainda pouco estudada. O objetivo deste trabalho foi de fazer uma revisão de literatura sobre este tema de estudo com foco nos dados de expressão gênica obtidos por sequenciamento de nova geração. Neste sentido, utilizou-se como ferramenta de busca o banco de dados público do NCBI, PUBMED, com questões restritivas a rizosfera e a RNA-seq para a obtenção de artigos. Os resultados obtidos permitiram o acesso a 35 trabalhos científicos dos quais 14 foram analisados mais precisamente uma vez que se encontravam diretamente relacionados com o objetivo proposto. Esta análise revelou estratégias de experimentos que simulam as interações raiz-solo, com o uso de exsudatos de raízes e de bactérias promotoras de crescimento, permitindo a obtenção de dados de expressão gênica robustos. Estes dados se prestam para análises por ferramentas de bioinformática que indicam quais genes e processos biológicos das rizobactérias e das plantas estão envolvidos na interface em estudo tais como aqueles para a formação do biofilme, por exemplo, entre muitos outros. Especificamente, esta revisão permitiu a identificação de genes cuja caracterização funcional está avançada com experimentos realizados in vivo e com perfil de expressão confirmado individualmente por PCR em tempo real ou obtenção de mutantes como para os genes AmrZ e FleQ de Pseudomonas ogarae, Varpa_0407 e Varpa_3832 de Variovorax paradoxos, os fatores de transcrição WRKY2 e WRKY40 de Paenibacillus polymyxa, e que são bons candidatos a experimentos a serem realizados visando a obtenção de bioinsumos para a agricultura. |
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Farias, Ana Luiza Macena dehttp://lattes.cnpq.br/8301201882084757Sousa, Jacira Maria Andrade dehttp://lattes.cnpq.br/7638624358027104Blaha, Carlos Alfredo Galindohttp://lattes.cnpq.br/2307806644081146Lúcio, Paulo Sérgio Marinho2024-01-04T21:22:08Z2024-01-04T21:22:08Z2023-12-15FARIAS, Ana Luiza Macena de. Transcriptomas em ambiente de rizosfera: uma revisão de literatura com ênfase na expressão de genes atuantes na interface raiz - solo. Orientador: Paulo Sérgio Marinho Lúcio. 2023. 31 f. Monografia (Graduação em Ciências Biológicas) – Centro de Biociências, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, 2023.https://repositorio.ufrn.br/handle/123456789/57176A interface raíz-solo constitui a rizosfera, um ambiente em que uma população importante de microrganismos interage entre si bem como com as raízes das plantas promovendo trocas bioquímicas importantes. Esta diversidade molecular é mediada pela expressão de inúmeros produtos da expressão gênica e é ainda pouco estudada. O objetivo deste trabalho foi de fazer uma revisão de literatura sobre este tema de estudo com foco nos dados de expressão gênica obtidos por sequenciamento de nova geração. Neste sentido, utilizou-se como ferramenta de busca o banco de dados público do NCBI, PUBMED, com questões restritivas a rizosfera e a RNA-seq para a obtenção de artigos. Os resultados obtidos permitiram o acesso a 35 trabalhos científicos dos quais 14 foram analisados mais precisamente uma vez que se encontravam diretamente relacionados com o objetivo proposto. Esta análise revelou estratégias de experimentos que simulam as interações raiz-solo, com o uso de exsudatos de raízes e de bactérias promotoras de crescimento, permitindo a obtenção de dados de expressão gênica robustos. Estes dados se prestam para análises por ferramentas de bioinformática que indicam quais genes e processos biológicos das rizobactérias e das plantas estão envolvidos na interface em estudo tais como aqueles para a formação do biofilme, por exemplo, entre muitos outros. Especificamente, esta revisão permitiu a identificação de genes cuja caracterização funcional está avançada com experimentos realizados in vivo e com perfil de expressão confirmado individualmente por PCR em tempo real ou obtenção de mutantes como para os genes AmrZ e FleQ de Pseudomonas ogarae, Varpa_0407 e Varpa_3832 de Variovorax paradoxos, os fatores de transcrição WRKY2 e WRKY40 de Paenibacillus polymyxa, e que são bons candidatos a experimentos a serem realizados visando a obtenção de bioinsumos para a agricultura.The root-soil interface constitutes the rhizosphere, an environment in which an important population of microorganisms interacts with each other as well as with plant roots, promoting important biochemical exchanges. This molecular diversity is mediated by the expression of numerous gene expression products and is still little studied. The objective of this work was to review the literature on this topic of study with a focus on gene expression data obtained by next generation sequencing. In this sense, the NCBI public database, PUBMED, was used as a search tool, with restrictive questions on the rhizosphere and RNA-seq to obtain articles. The results obtained allowed access to 35 scientific works, 14 of which were analyzed more precisely as they were directly related to the proposed objective. This analysis revealed experimental strategies that simulate root-soil interactions, using root exudates and growth-promoting bacteria, allowing robust gene expression data to be obtained. These data lend themselves to analysis using bioinformatics tools that indicate which genes and biological processes of rhizobacteria and plants are involved in the interface under study, such as those for biofilm formation, for example, among many others. Specifically, this review allowed the identification of genes whose functional characterization is advanced with experiments carried out in vivo and with an expression profile confirmed individually by real-time PCR or obtaining mutants, such as the AmrZ and FleQ genes from Pseudomonas ogarae, Varpa_0407 and Varpa_3832 from Variovorax paradoxes, the transcription factors WRKY2 and WRKY40 from Paenibacillus polymyxa, and which are good candidates for experiments to be carried out aiming to obtain bioinputs for agriculture.Universidade Federal do Rio Grande do NorteCiências BiológicasUFRNBrasilBiociênciasAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/openAccessRizosferaTranscriptomasNGSRNA-seqRhizosphereTranscriptomNGSRNA-seqTranscriptomas em ambiente de rizosfera: uma revisão de literatura com ênfase na expressão de genes atuantes na interface raiz - soloTranscryptomes in the rhizosphere environment: a literature review with emphasis on the expression of genes acting at the root - soil interfaceinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisporreponame:Repositório Institucional da UFRNinstname:Universidade Federal do Rio Grande do Norte (UFRN)instacron:UFRNLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81484https://repositorio.ufrn.br/bitstream/123456789/57176/3/license.txte9597aa2854d128fd968be5edc8a28d9MD53ORIGINALtccAna.pdftccAna.pdfapplication/pdf5563512https://repositorio.ufrn.br/bitstream/123456789/57176/1/tccAna.pdfaed9c5cd4907a07fe8efb30f677e8292MD51CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-8811https://repositorio.ufrn.br/bitstream/123456789/57176/2/license_rdfe39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34MD52123456789/571762024-01-04 18:22:08.507oai:https://repositorio.ufrn.br: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Repositório de PublicaçõesPUBhttp://repositorio.ufrn.br/oai/opendoar:2024-01-04T21:22:08Repositório Institucional da UFRN - Universidade Federal do Rio Grande do Norte (UFRN)false |
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