Filogenia de Seirinae (Collembola, Entomobryoidea, Entomobryidae) na região Neotropical baseada em genomas mitocondriais completos
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Data de Publicação: | 2017 |
Outros Autores: | |
Tipo de documento: | Tese |
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Título da fonte: | Repositório Institucional da UFRN |
Texto Completo: | https://repositorio.ufrn.br/jspui/handle/123456789/24522 |
Resumo: | Seirinae é uma das mais diversas subfamílias de Collembola, e grande parte dessa diversidade é devida a Seira Lubbock que possui, aproximadamente, 220 espécies reconhecidas. Até o momento, nenhuma filogenia interna foi proposta para o táxon, o que dificulta a organização do conhecimento para comparação, descrição de novas espécies e gêneros, além da própria compreensão dos seus padrões evolutivos. A quetotaxia dorsal é o principal componente morfológico utilizado para distinguir espécies, e embora comprovadamente diagnóstico, pode ser variável intraespecificamente. O principal objetivo deste trabalho é esclarecer as relações filogenéticas entre os Seirinae neotropicais, do ponto de vista molecular e morfológico, o que poderá resultar numa melhor organização interna da subfamília. Para tanto, foram sequenciadas 27 amostras de diferentes espécies de Entomobryidae e uma de Paronellidae. Para as análises moleculares, foi extraído e quantificado o DNA total de um indivíduo/amostra e bibliotecas foram construídas e sequenciadas por Next Generation Sequencing utilizando o HiSeq 2000. O genoma mitocondrial (DNAmt) completo das espécies foi reconstruído através de análises de bioinformática utilizando duas metodologias: SOAPdenovo_Trans e MIRA/MITOBim. Duas filogenias foram propostas: uma contendo somente os genomas reconstruídos neste trabalho e outra complementar, onde foram incluídos 11 DNAmt de Collembola disponibilizados em bancos de dados online. As filogenias foram feitas por análises Bayesianas utilizando os treze genes codificantes proteicos que correspondem a quase totalidade do DNAmt. Os resultados corroboram com a proposta atual que a ordem Poduromorpha é a mais basal de Collembola; a ordem Symphypleona aparece como grupo-irmão de Entomobryomorpha, que apresenta clara divisão em duas superfamílias, Isotomoidea e Entomobryoidea; o posicionamento dos gêneros Lepidocyrtoides Schött e Lepidosira Schött dentro de Entomobryinae corroboram com a mais recente filogenia publicada; a monofilia de Seirinae e seus grandes grupos internos foi comprovada pela primeira vez por dados moleculares com alto apoio nodal; o gênero Tyrannoseira Bellini & Zeppelini, recentemente descrito, foi validado filogeneticamente; Lepidocyrtinus Börner foi alçado a status de gênero; e três sinonímias de espécies foram propostas; por fim, algumas características morfológicas de Seirinae foram identificadas como diagnósticas e com sinal filogenético, como por exemplo, a quantidade de macroquetas no primeiro segmento abdominal. |
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Godeiro, Nerivânia Nuneshttp://lattes.cnpq.br/6152359947005239https://orcid.org/0000-0001-7881-9436http://lattes.cnpq.br/8609476121598138Lima, Sérgio Maia Queirozhttps://orcid.org/0000-0001-9365-4879http://lattes.cnpq.br/8316105480397252Baseia, Iuri Goularthttp://lattes.cnpq.br/1260730935714266Gama, Renata Antonacihttps://orcid.org/0000-0002-8026-6022http://lattes.cnpq.br/0179756405650744Zeppelini Filho, Douglashttp://lattes.cnpq.br/9831782694813481Sulzbacher, Marcelo AluisioBellini, Bruno Cavalcante2017-12-14T20:25:43Z2017-12-14T20:25:43Z2017-09-27GODEIRO, Nerivânia Nunes. Filogenia de Seirinae (Collembola, Entomobryoidea, Entomobryidae) na região Neotropical baseada em genomas mitocondriais completos. 2017. 231f. Tese (Doutorado em Sistemática e Evolução) - Centro de Biociências, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, 2017.https://repositorio.ufrn.br/jspui/handle/123456789/24522Seirinae é uma das mais diversas subfamílias de Collembola, e grande parte dessa diversidade é devida a Seira Lubbock que possui, aproximadamente, 220 espécies reconhecidas. Até o momento, nenhuma filogenia interna foi proposta para o táxon, o que dificulta a organização do conhecimento para comparação, descrição de novas espécies e gêneros, além da própria compreensão dos seus padrões evolutivos. A quetotaxia dorsal é o principal componente morfológico utilizado para distinguir espécies, e embora comprovadamente diagnóstico, pode ser variável intraespecificamente. O principal objetivo deste trabalho é esclarecer as relações filogenéticas entre os Seirinae neotropicais, do ponto de vista molecular e morfológico, o que poderá resultar numa melhor organização interna da subfamília. Para tanto, foram sequenciadas 27 amostras de diferentes espécies de Entomobryidae e uma de Paronellidae. Para as análises moleculares, foi extraído e quantificado o DNA total de um indivíduo/amostra e bibliotecas foram construídas e sequenciadas por Next Generation Sequencing utilizando o HiSeq 2000. O genoma mitocondrial (DNAmt) completo das espécies foi reconstruído através de análises de bioinformática utilizando duas metodologias: SOAPdenovo_Trans e MIRA/MITOBim. Duas filogenias foram propostas: uma contendo somente os genomas reconstruídos neste trabalho e outra complementar, onde foram incluídos 11 DNAmt de Collembola disponibilizados em bancos de dados online. As filogenias foram feitas por análises Bayesianas utilizando os treze genes codificantes proteicos que correspondem a quase totalidade do DNAmt. Os resultados corroboram com a proposta atual que a ordem Poduromorpha é a mais basal de Collembola; a ordem Symphypleona aparece como grupo-irmão de Entomobryomorpha, que apresenta clara divisão em duas superfamílias, Isotomoidea e Entomobryoidea; o posicionamento dos gêneros Lepidocyrtoides Schött e Lepidosira Schött dentro de Entomobryinae corroboram com a mais recente filogenia publicada; a monofilia de Seirinae e seus grandes grupos internos foi comprovada pela primeira vez por dados moleculares com alto apoio nodal; o gênero Tyrannoseira Bellini & Zeppelini, recentemente descrito, foi validado filogeneticamente; Lepidocyrtinus Börner foi alçado a status de gênero; e três sinonímias de espécies foram propostas; por fim, algumas características morfológicas de Seirinae foram identificadas como diagnósticas e com sinal filogenético, como por exemplo, a quantidade de macroquetas no primeiro segmento abdominal.Seirinae is one of the most diverse subfamilies of Collembola, and a considerable part of this diversity is comprised by Seira Lubbock, which currently gathers approximately 220 species. So far no internal phylogeny Seirinae was proposed, what leads to difficulties in the establishment of comparative knowledge, description of new taxa, and also the understanding of the evolutionary patterns within this taxon. The dorsal chaetotaxy is the main morphological component utilised to distinguish species, and although undoubtedly diagnostic, it can be variable interspecifically. The main aim of this work is to clarify the phylogenetic relations within the Neotropical Seirinae based on both molecular and morphological data, which might result in a better internal organization of the subfamily. For this aim, 27 samples of different species belonging to Entomobryidae and one of Paronellidae were sequenced. As for molecular analyses genomic DNA of one individual/sample was extracted and quantified and sequencing libraries were built and sequenced using Next-Generation Sequencing on HiSeq 2000. The whole mitochondrial genome (DNAmt) of the species was reconstructed by two methods: SOAPdenovo_Trans and MIRA/MITOBim. Two phylogenies were then proposed: one containing only genomes reconstructed in this study as well as a complementary one, where 11 Collembola DNAmt available in a public database were also included. The phylogenies were generated through Bayesian analyses using the thirteen protein coding genes that almost correspond to the entire DNAmt. The results corroborate the current proposal which claims the order Poduromorpha as the most basal order of Collembola; the order Symphypleona as the sister-group of Entomobryomorpha, which shows clear division into two superfamilies, Isotomoidea and Entomobryoidea; the placement of Lepidocyrtoides Schött and Lepidosira Schött genera inside Entomobryinae corroborates the most recently published phylogeny; the monophyly of the internal groups of Seirinae based on molecular evidence was confirmed for the first time showing high nodal support; Tyrannoseira Bellini & Zeppelini, recently described, was validated phylogenetically; Lepidocyrtinus Börner was elevated to genus status; and three species synonyms were proposed; finally some morphological characteristics of Seirinae were identified as diagnostic and having phylogenetic signal, for instance, the quantity of macrochaetae on the first abdominal segment.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)porCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS: SISTEMÁTICA E EVOLUÇÃODNA mitocondrialFilogenia molecularLepidocyrtinusMapeamento de caracteresNext generation sequencingSeiraTyrannoseiraFilogenia de Seirinae (Collembola, Entomobryoidea, Entomobryidae) na região Neotropical baseada em genomas mitocondriais completosinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisPROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM SISTEMÁTICA E EVOLUÇÃOUFRNBrasilinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFRNinstname:Universidade Federal do Rio Grande do Norte (UFRN)instacron:UFRNORIGINALNerivaniaNunesGodeiro_TESE.pdfNerivaniaNunesGodeiro_TESE.pdfapplication/pdf42721245https://repositorio.ufrn.br/bitstream/123456789/24522/1/NerivaniaNunesGodeiro_TESE.pdf04d75abb5818f14f71b78446bc9bac96MD51TEXTNerivaniaNunesGodeiro_TESE.pdf.txtNerivaniaNunesGodeiro_TESE.pdf.txtExtracted texttext/plain259072https://repositorio.ufrn.br/bitstream/123456789/24522/2/NerivaniaNunesGodeiro_TESE.pdf.txt77af058bd82ec4d9f11e1111e52284f1MD52THUMBNAILNerivaniaNunesGodeiro_TESE.pdf.jpgNerivaniaNunesGodeiro_TESE.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg7556https://repositorio.ufrn.br/bitstream/123456789/24522/3/NerivaniaNunesGodeiro_TESE.pdf.jpgbe5a8288caba9cc5ef2bc466993b81fbMD53TEXTNerivaniaNunesGodeiro_TESE.pdf.txtNerivaniaNunesGodeiro_TESE.pdf.txtExtracted texttext/plain259072https://repositorio.ufrn.br/bitstream/123456789/24522/2/NerivaniaNunesGodeiro_TESE.pdf.txt77af058bd82ec4d9f11e1111e52284f1MD52THUMBNAILNerivaniaNunesGodeiro_TESE.pdf.jpgNerivaniaNunesGodeiro_TESE.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg7556https://repositorio.ufrn.br/bitstream/123456789/24522/3/NerivaniaNunesGodeiro_TESE.pdf.jpgbe5a8288caba9cc5ef2bc466993b81fbMD53123456789/245222022-05-23 16:40:03.78oai:https://repositorio.ufrn.br:123456789/24522Repositório de PublicaçõesPUBhttp://repositorio.ufrn.br/oai/opendoar:2022-05-23T19:40:03Repositório Institucional da UFRN - Universidade Federal do Rio Grande do Norte (UFRN)false |
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