Expressão diferencial de genes ao longo do crescimento de quatro bactérias em meio com glicose, petróleo e sem fonte de carbono

• Autor(a) principal: Fonseca, Marbella Maria Bernardes da
• Data de Publicação: 2023
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFRN
• Texto Completo: https://repositorio.ufrn.br/handle/123456789/55982
• topic: CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA; Expressão diferencial; Metatranscriptômica; Petróleo; RNA-seq; Metatranscriptomics; Differential expression; Petroleum

A microbiologia ambiental desempenha um papel crucial na compreensão das interações entre microrganismos e o meio ambiente. Como essas interações podem contribuir na mitigação da contaminação ambiental, uma preocupação crescente em todo o mundo. Este trabalho teve como objetivo estudar a flutuação na diversidade e na expressão gênica de quatro bactérias ao longo das três fases de crescimento (lag, log e estacionária) bacteriano, em ambiente produzido em laboratório. A fim de identificar padrões funcionais, essas bactérias foram submetidas ao crescimento em três diferentes situações: tendo como única fonte de carbono, ou glicose, ou petróleo, ou nenhuma fonte de carbono. O RNA total das bactérias presentes nesses ambientes foi sequenciado, e os dados submetidos às análises de bioinformática e de estatística. A distribuição binomial negativa foi utilizada para modelar os dados de contagem dos fragmentos de RNA. Para as análises de expressão diferencial foi usado a normalização TMM, o teste exato e modelos lineares generalizados com o teste da razão de verossimilhança. As quatro bactérias foram identificadas em todas as amostras, com predominância da bactéria do gênero Acinetobacter, independente da fonte de carbono utilizada e da fase de crescimento. Uma das categorias funcionais com maior abundância entre as amostras foi de genes envolvidos no metabolismo de RNA e de genes sem classificação hierárquica definida. Genes diferencialmente expressos foram identificados entre as amostras para funções envolvidas em metabolismo de resposta a estresse, de mobilidade celular, e degradação de fenol e oxidação do quinol, um derivado do benzeno. Além disso, entre os genes com expressão diferencial significativa estão proteínas hipotéticas. Apesar de não fornecerem informação sobre a função biológica, indicam potencial para descrição de vias metabólicas desconhecidas quando há presença de petróleo no meio em que a bactéria.