Identificação e caracterização de um novo putativo vírus da família Rhabdoviridae a partir de dados de sequenciamento de alto desempenho de mandioca (Manihot esculenta Crantz).

• Autor(a) principal: Santos, Lucas Nascimento dos
• Data de Publicação: 2022
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório institucional da Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE) (RI-UFRPE)
• Texto Completo: https://repository.ufrpe.br/handle/123456789/3224
• topic: Fitopatologia; Mandioca; Vírus; Genômica

A mandioca (Manihot esculenta Crantz.) é uma das culturas agrícolas mais importantes no mundo. Apresenta rusticidade, adaptabilidade e múltiplas aptidões na alimentação humana e animal, in natura ou após processamento industrial. Dentre os fatores limitantes à cultura da mandioca estão as doenças, sendo possível encontrar uma série de patologias causadas por diferentes organismos, dentre os quais, os vírus estão entre os principais. Para que técnicas de manejo de doenças possam ser estudadas e implementadas no campo, é necessário que o agente causal da doença seja devidamente identificado, e, neste sentido, muitas ferramentas de bioinformática têm auxiliado os estudos taxonômicos e têm ajudado a compreender a diversidade biológica que há dentro de diferentes organismos. Deste modo, este trabalho objetivou realizar a identificação e caracterização in silico de sequências virais em dados de sequenciamento de alto desempenho (High-throughput sequencing, HTS) de mandioca disponíveis no NCBI. Os arquivos brutos de sequenciamento de mandioca foram obtidos do repositório SRA do NCBI. Os reads foram trimados no Trimmomatic v.0.36 e analisados quanto a qualidade com a ferramenta FastQC v.0.11.9. A montagem do genoma foi realizada através do SPAdes v.3.15 (k21, 33,55, 77, 99; --careful), e os contigs foram identificados através da ferramenta tBlastX. Os contigs foram estendidos através de mapeamentos consecutivos utilizando a ferramenta BBmap implementada dentro do software Geneious v.R11. O genoma completo foi caracterizado com base em motivos descritos na literatura (espaçadores intergênicos, motivos para início da transcrição e sinais de poliadenilação), além de regiões repetitivas. As ORFs foram identificadas através de análises realizadas com os bancos de dados do UniProt e Pfam. Além disso, foram identificados motivos conservados na proteína L (RdRp) através do alinhamento com sequências de outros gêneros dentro da subfamília Betarhabdovirinae. Também foram determinados possíveis sítios de glicosilação dentro da glicoproteína (G) utilizando a ferramenta NetNGlyc 1.0. O software SDTv1.2 foi utilizado para o alinhamento global de sequências do gene L (nt) de todos os representantes da subfamília Betarhabdovirinae. A pipeline utilizada neste trabalho foi eficiente para a montagem e caracterização da nova sequência viral encontrada nos dados de HTS de mandioca. O genoma viral montado apresenta um genoma estruturalmente característico à família Rhabdoviridae, porém, com a presença de uma ORF extra anterior ao gene L. Com base nos resultados obtidos, provavelmente, trata-se de uma nova espécie de um novo gênero dentro da família Rhabdoviridae. Estudos futuros deverão ser realizados para a confirmação da descoberta desta provável nova espécie viral.