Identificação de novos miRNAs em Phaseolus vulgaris e possíveis papéis na resposta a patógenos

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Hasse, Rafaela Marcondes
Data de Publicação: 2023
Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFSC
Texto Completo: https://repositorio.ufsc.br/handle/123456789/253492
Resumo: TCC (graduação) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Ciências Biológicas.
id UFSC_27cefe692f296f878fb767e29906a32b
oai_identifier_str oai:repositorio.ufsc.br:123456789/253492
network_acronym_str UFSC
network_name_str Repositório Institucional da UFSC
repository_id_str 2373
spelling Identificação de novos miRNAs em Phaseolus vulgaris e possíveis papéis na resposta a patógenosIdentification of new miRNAs in Phaseolus vulgaris and their possible roles in the response to pathogensInteração planta-patógenoPhaseolus vulgarismicroRNAplant-pathogen interactionTCC (graduação) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Ciências Biológicas.O feijão comum (Phaseolus vulgaris) é uma cultura de relevância econômica e nutricional global, frequentemente afetada por diversos estresses bióticos. miRNAs são conhecidos pelo seu papel na regulação de interações planta-patógeno, especialmente durante o estabelecimento do patógeno e nas respostas de defesas da planta. Dada a importância de P. vulgaris, este estudo buscou identificar in silico novos miRNAs e seus transcritos alvos relacionados ao estresse biótico. Para selecionar miRNAs envolvidos na resposta planta-patógeno, uma extensa pesquisa foi realizada nas bases de dados Web of Science, Scielo, Pubmed, Wiley, ScienceDirect e Google Acadêmico, utilizado os termos-chave "microRNA" e "pathogen" e nomes de plantas da família Fabaceae. Para evitar redundância, excluímos os miRNAs de P. vulgaris já validados. Após a filtragem, as sequências restantes foram submetidas a uma análise blastN, com um mismatch permitido, para selecionar sequências altamente similares para a análise de precursores de miRNA. Sequências resultantes (de aproximadamente 200 nucleotídeos) foram submetidas a testes de RNAfold via os softwares ViennaRNA Web Services e UNAFold. Com base na análise de dobramento, foram identificados 19 novos genes de miRNAs em feijão. Para compreender melhor as funções biológicas dos miRNAs previstos e explorar os caminhos prospectivos de novos miRNAs, os transcritos alvo foram identificados utilizando a ferramenta psRNATarget. Posteriormente, os alvos foram investigados quanto ao seu envolvimento nos processos celulares vegetais. Entre os miRNAs pvu-MIR-65, pvu-MIR-190, pvu-MIR-393, pvu-MIR-396, pvu-MIR-477, pvu-MIR-482, pvu-MIR-2111, pvu-MIR-503 e pvu-MIR-10405, foram preditos 34 transcritos alvos relacionados à resposta a estresses bióticos, incluindo processos celulares como morte celular programada, fechamento estomático, espessamento da parede celular e regulação de diferentes fitormônios. Não foi previsto nenhum alvo relacionado à resposta imune para os miRNAs: pvu-MIR-61; pvu-MIR-159; pvu-MIR-168; pvu-MIR-1512 e pvu-MIR-4416. Não foi previsto nenhum alvo relacionado à resposta imune para os miRNAs: pvu-MIR-61; pvu-MIR-159; pvu-MIR-168; pvu-MIR-1512 e pvu-MIR-4416. Considerando a importância dessa cultura, a identificação destes miRNAs pode contribuir para pesquisas futuras que os utilizem como ferramentas para melhorar a resistência e a produtividade das culturas durante estresses bióticos.Common bean (Phaseolus vulgaris) is a crop of global economic and nutritional relevance, frequently affected by various biotic stresses. MiRNAs are known for their role in regulating plant-pathogen interactions, especially during pathogen establishment and plant defense responses. Given the importance of P. vulgaris, this study sought to identify in silico new miRNAs and their target transcripts related to biotic stress. To select miRNAs involved in the plant-pathogen response, an extensive search was carried out in the Web of Science, Scielo, Pubmed, Wiley, ScienceDirect and Google Scholar databases, using the key terms "microRNA" and "pathogen" and plant names from the Fabaceae family. To avoid redundancy, we excluded already validated P. vulgaris miRNAs. After filtering, the remaining sequences were subjected to blastN analysis, with one mismatch allowed, to select highly similar sequences for miRNA precursor analysis. The resulting sequences (of approximately 200 nucleotides) were subjected to RNAfold testing via the online server ViennaRNA Web Services. Based on folding analysis, ten new miRNA genes were identified in beans. To better understand the predicted biological functions of miRNAs and explore prospective pathways of novel miRNAs, target transcripts were identified using the psRNATarget tool. Subsequently, the targets were investigated for their involvement in plant cellular processes. Among the miRNAs pvu-MIR-65, pvu-MIR-190, pvu-MIR-393, pvu-MIR-396, pvu-MIR-477, pvu-MIR-482, pvu-MIR-2111, pvu-MIR-503 and pvu-MIR-10405, 34 target transcripts related to the response to biotic stresses were predicted, including cellular processes such as programmed cell death, stomatal closure, cell wall thickening and regulation of different phytohormones. No target related to the immune response was predicted for the miRNAs: pvu-MIR-61; pvu-MIR-159; pvu-MIR-168; pvu-MIR-1512 and pvu-MIR-4416. No target related to the immune response was predicted for the miRNAs: pvu-MIR-61; pvu-MIR-159; pvu-MIR-168; pvu-MIR-1512 and pvu-MIR-4416. Considering the importance of culture, the identification of these miRNAs can contribute to future research that will use them as tools to improve crop resistance and productivity during biotic stresses.Florianópolis, SC.Kulcheski, Franceli RodriguesCabral, Sarah Kirchhofer de OliveiraUniversidade Federal de Santa Catarina.Hasse, Rafaela Marcondes2023-12-19T13:54:41Z2023-12-19T13:54:41Z2023-11-29info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesis77 f.application/pdfhttps://repositorio.ufsc.br/handle/123456789/253492Open Access.info:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UFSCinstname:Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)instacron:UFSC2023-12-19T13:54:41Zoai:repositorio.ufsc.br:123456789/253492Repositório InstitucionalPUBhttp://150.162.242.35/oai/requestopendoar:23732023-12-19T13:54:41Repositório Institucional da UFSC - Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)false
dc.title.none.fl_str_mv Identificação de novos miRNAs em Phaseolus vulgaris e possíveis papéis na resposta a patógenos
Identification of new miRNAs in Phaseolus vulgaris and their possible roles in the response to pathogens
title Identificação de novos miRNAs em Phaseolus vulgaris e possíveis papéis na resposta a patógenos
spellingShingle Identificação de novos miRNAs em Phaseolus vulgaris e possíveis papéis na resposta a patógenos
Hasse, Rafaela Marcondes
Interação planta-patógeno
Phaseolus vulgaris
microRNA
plant-pathogen interaction
title_short Identificação de novos miRNAs em Phaseolus vulgaris e possíveis papéis na resposta a patógenos
title_full Identificação de novos miRNAs em Phaseolus vulgaris e possíveis papéis na resposta a patógenos
title_fullStr Identificação de novos miRNAs em Phaseolus vulgaris e possíveis papéis na resposta a patógenos
title_full_unstemmed Identificação de novos miRNAs em Phaseolus vulgaris e possíveis papéis na resposta a patógenos
title_sort Identificação de novos miRNAs em Phaseolus vulgaris e possíveis papéis na resposta a patógenos
author Hasse, Rafaela Marcondes
author_facet Hasse, Rafaela Marcondes
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Kulcheski, Franceli Rodrigues
Cabral, Sarah Kirchhofer de Oliveira
Universidade Federal de Santa Catarina.
dc.contributor.author.fl_str_mv Hasse, Rafaela Marcondes
dc.subject.por.fl_str_mv Interação planta-patógeno
Phaseolus vulgaris
microRNA
plant-pathogen interaction
topic Interação planta-patógeno
Phaseolus vulgaris
microRNA
plant-pathogen interaction
description TCC (graduação) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Ciências Biológicas.
publishDate 2023
dc.date.none.fl_str_mv 2023-12-19T13:54:41Z
2023-12-19T13:54:41Z
2023-11-29
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/bachelorThesis
format bachelorThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://repositorio.ufsc.br/handle/123456789/253492
url https://repositorio.ufsc.br/handle/123456789/253492
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv Open Access.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Open Access.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv 77 f.
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Florianópolis, SC.
publisher.none.fl_str_mv Florianópolis, SC.
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFSC
instname:Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)
instacron:UFSC
instname_str Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)
instacron_str UFSC
institution UFSC
reponame_str Repositório Institucional da UFSC
collection Repositório Institucional da UFSC
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFSC - Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1808652280252071936

Registros relacionados